一种快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒及方法技术

本发明专利技术公开了一种快速检测Y染色体SNP位点的试剂盒及方法，该方法应用于法医学上快速进行男性个体Y染色体单倍型谱系鉴定。所述的快速检测东亚男性Y染色体单倍体谱系鉴定的特征位点的试剂盒包括用于扩增检测Y染色体SNP特征位点所对应的引物和代表SNP位点的两种突变类型序列特征的探针。使用方法是将PCR反应体系混合好之后，样品加入96或384孔板放在PCR仪进行扩增反应；完成扩增之后，将板子放入带SDS扫描功能的定量PCR仪中读取荧光信号；仪器据荧光信号自动分析样本的Y‑SNP单倍型，以电子表格形式输出结果。本发明专利技术所述的快速检测东亚Y染色体单倍型谱系决定的SNP特征位点的试剂盒，一步法扩增就能完成检测，不需要纯化和模版制备，简化了Y‑SNP的检测流程。

【技术实现步骤摘要】
一种快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒及方法
本专利技术属于检测
，具体涉及一种快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒及方法。
技术介绍
目前实现个体谱系识别对Y染色体和线粒体SNP检测的方法有一下几种：1．测序法（一代测序）：对目标位点区段进行PCR扩增，之后利用纯化试剂盒对PCR产物进行纯化去除反应体系中的各种组分，再基于PCR产物为模板利用测序引物和测序试剂盒进行测序反应，测序反应产物经纯化试剂盒纯化之后再经与去离子甲酰胺混合变性之后上测序仪测序。该技术涉及步骤较多，很难实现大规模的高通量快速检测，同时成本也很高。2.测序法（二代测序）：二代测序可以实现大样本的高通量检测，但是该技术需要非常复杂的建库和测序过程，最终产生大量的数据，数据分析必须要专业人士才能完成。该技术目前成本很高，很难大规模推广使用。3.SNP芯片检测法：芯片技术是将需要检测位点信息设计成为探针，并在一个芯片上集中多个位点信息，实现大规模的快速检测，但是芯片杂交和数据读取以及数据解读都需要非常专业的技术人员独立分工完成。目前该方法成本也相对较高，很少用于个体谱系识别对Y染色体SNP检测。4.PCR产物限制性酶切法：该技术利用突变位点序列特征设计限制性内切酶酶切位点，通过PCR扩增实现酶切位点的引入，对PCR产物进行酶切之后电泳分型，根据酶切结果判断突变类型。该技术有很多缺陷，有些突变位点很难引入酶切位点，限制性内切酶活性也影响了酶切效果而产生假阴性结果，往往需要测序结果来检验数据质量。该技术应用上涉及很多步骤及电泳图像读取不能实现自动化，不可能实现大样本的高通量检测。5.基于多重PCR扩增的Snapshot检测法：该方法是目前法医学上个体谱系识别对Y染色体SNP检测的主要方法，该方法可以实现多个位点的快速检测。Snapshot技术需要PCR制备Snapshot反应模板，经酶法纯化备用。利用各个突变位点信息设计Snapshot反应引物，为区分不同位点将Snapshot反应引物设计为有长度差异，以便区分不同位点信息。利用Snapshot模板、引物和试剂盒完成单个碱基扩增反应，之后再经一轮酶纯化，与去离子甲酰胺和Liz内标混合变性，用一代测序仪分离片段大小以及读取单碱基扩增时引入的荧光信号，以区分不同位点的SNP变异信息。该技术实验步骤繁琐，多重扩增经常出现有些位点信息缺失，需要补数据。还有多重扩增需要花大量时间去优化反应体系，以实现各个位点荧光信号的均一性。该技术产生的数据读取存在一定误差，需要实验人员手动检查原始数据，由于信号强度差异，会出现假阴性。所以需要对数据抽样测序确认。目前决定个体Y染色体谱系识别的SNP单倍型分析的常用技术是Snapshot技术，该技术是最近几年才逐渐成熟应用于法医检查，也已经有多项相关专利。该技术根据引物长度分辨不同SNP信息，以带荧光末端双脱氧核苷酸信号判定每个SNP的单倍型信息，可以实现多重扩增。该技术也是一项理想的Y-SNP分型手段，但是Snapshot技术存在一些自身的不足。首先，Snapshot技术需要进行两步PCR扩增（一步检测产物扩增和一步延伸反应扩增），同时需要进行两步酶法纯化（一步检测扩增产物纯化和一步延伸产物纯化）；其次，多重扩增的体系需要根据情况来调整引物和模版的配比，才能使最终检测信号强度保持一致；第三，Snapshot检测结果，需要人工检查原始数据的可靠性，才能对数据质量有一个保障；第四，多重扩增过程中，经常出现部分位点信息缺失，需要耗时费力地重复实验补充大量的缺失位点信息。因此，开发一种能解决上述技术问题的产品是非常必要的。
技术实现思路
本专利技术的第一目的在于提供一种快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒；第二目的在于提供所述的快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒的使用方法。本专利技术的第一目的是这样实现的，所述的快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒包括用于扩增检测Y染色体SNP特征位点所对应的引物和代表SNP位点两种突变类型序列特征的探针。本专利技术的第二目的是这样实现的，包括以下步骤：1）将PCR反应体系混合好之后，样品加入96或384孔板放在PCR仪进行扩增反应；2）完成扩增之后，将板子放入带SDS扫描功能的定量PCR仪中读取荧光信号；3）仪器据荧光信号自动分析样本的Y-SNP单倍型，以电子表格形式输出结果。本专利技术所述的快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒，即TaqMan探针法快速检测决定个体谱系识别的Y染色体SNP特征位点的法医学试剂盒，是一步法扩增就能完成检测，不需要纯化和模版制备，简化了Y-SNP的检测流程；其次，TaqMan探针法只检测荧光信号的有和无，不存在调整实验体系配比来优化信号强度；第三，不需要人工核对原始数据；第四，偶尔有个别样本信号缺失，补充起来也很方便快捷。TaqMan探针法简化了实验流程，排除了干扰数据准确性的实验因数和步骤，缩短了检测时间，节省了工作量和实验成本。本专利技术所述的快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒检测法（TaqMan探针快速检测法）与现有对Y染色体SNP检测方法的差别为：1.TaqMan探针快速检测法利用医学检验上成熟的TaqMan探针技术，结合累计荧光读取，实现了实验步骤的简便化，单次扩增，不用对产物进行任何纯化和处理，直接对产物扫描读取荧光信号，信号收集可以自动化完成，10秒左右就能完成一个96孔或384孔板扫描，数据自动产生一个Excel表格，实现了实验步骤的快捷简便操作，同时具备高通量检测特性。2.因为反应体系较小，实现了微量样本的检测，同时也降低了检测成本。3.由于MGB探针特性，PCR产物实现100bp以下扩增，实现了对降解和陈旧性DNA模板的检出。4.该方法实现了节约试剂耗材，节约了检测时间和工作量，并对法医上很难用常规方法检测的微量或陈旧性DNA实现检测。5.TaqMan技术利用序列特异匹配才能出现荧光信号的特征，数据准确可靠。6.该技术只需要普通PCR仪和带SDS功能的定量PCR仪，设备要求低，技术简单，易于操作，可以大规模推广使用。本专利技术所述的快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒，即TaqMan探针法快速检测决定个体谱系识别的Y染色体SNP特征位点的法医学试剂盒，跳出了传统检测技术的思路，采用一个简便快捷的方式实现了高通量的检测目标，降低了检测成本和劳动力。同时对设备要求不高，实验简单易于操作，有利于广泛应用。同时，这个技术基于成熟的TaqMan探针检测平台，数据准确可靠，可实现自动化收集数据。有广泛的市场需求和应用前景。TaqMan探针法快速检测决定个体谱系识别的Y染色体SNP特征位点的法医学试剂盒，简化了法医学利用谱系筛查锁定嫌疑人的遗传检测步骤，实现了低成本的高通量检测，实验简单易于操作，将对现有利用多个STR进行个体身份确认的体系具有高度的互补性，同时，也方便法医对犯罪重点检测对象的数据库建设。TaqMan探针法快速检测决定个体谱系识别的Y染色体SNP特征位点的法医学试剂盒，跳出了传统检测技术的思路。实验技术简单易于操作，简单本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种快速检测Y染色体SNP特征位点用于法医学确定Y染色体单倍型谱系的试剂盒，其特征在于所述的快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒包括用于扩增检测Y染色体SNP特征位点所对应的引物和代表SNP位点两种突变类型序列特征的探针。

【技术特征摘要】
1.一种快速检测Y染色体SNP特征位点用于法医学确定Y染色体单倍型谱系的试剂盒，其特征在于所述的快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒包括用于扩增检测Y染色体SNP特征位点所对应的引物和代表SNP位点两种突变类型序列特征的探针。2.根据权利要求1所述的快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒，其特征在于所述的用于扩增检测Y染色体SNP特征位点所对应的上下游引物以2个为一组进行复合扩增。3.根据权利要求1所述的快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒，其特征在于所述的Y染色体SNP特征位点都对应一对上、下游引物和两条突变类型序列特征的探针。4.根据权利要求3所述的快速检测用于鉴定Y染色体单倍型谱系的SNP特征位点的试剂盒，其特征在于所述的Y染色体SNP特征位点对应的上、下游引物以及探针的序列如下：rs2267802，上下游引物SEQID：No.1~2，探针SEQID：No.3~4；rs3212291，上下游引物SEQID：No.5~6，探针SEQID：No.7~8；rs9306841，上下游引物SEQID：No.9~10，探针SEQID：No.11~12；rs35284970，上下游引物SEQID：No.13~14，探针SEQID：No.15~16；rs2032597，上下游引物SEQID：No.17~18，探针SEQID：No.19~20；rs9341278，上下游引物SEQID：No.,21~22，探针SEQID：No.23~24；rs16981290，上下游引物SEQID：No.,25~26，探针SEQID：No.27~28；rs72613040，上下游引物SEQID：No.29~30，探针S...

【专利技术属性】
技术研发人员：石宏，
申请(专利权)人：云南序源生物技术开发有限公司，
类型：发明
国别省市：云南,53