用于检测和鉴定MREJ型xxi的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的序列制造技术

本发明专利技术的发明专利技术名称是用于检测和鉴定MREJ型xxi的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的序列。本文提供用于检测和鉴定包含多态性SCCmec右侧末端(MREP)型xxi序列的金黄色葡萄球菌菌株的组合物和方法。

Sequence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) for detection and identification of MREJ XXI

The inventive name of the invention is a sequence for detecting and identifying methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) of MREJ type xxi. This paper provides a method for the detection and identification of Staphylococcus aureus strains containing polymorphic SCCmec right-terminal (MREP) XXI sequences.

【技术实现步骤摘要】
用于检测和鉴定MREJ型xxi的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的序列本申请是分案申请，原申请的申请日为2013年3月14日、申请号为201380029724.2(PCT/IB2013/000900)、专利技术名称为“用于检测和鉴定MREJ型xxi的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的序列”。对序列表、表或计算机程序列表的引用本申请连同电子格式的序列表一起提交。序列表作为名称为GENOM.114A.txt的文件提供，2013年3月14日最后保存，大小为85.6kb。信息以其全部通过引用被并入本文。专利技术背景领域本文公开的实施方式涉及用于耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)检测的分子诊断工具。相关技术凝固酶阳性的物种金黄色葡萄球菌(S.aureus)被充分纪录为人机会致病菌(Murrayetal.Eds,1999,ManualofClinicalMicrobiology,第七版,ASMPress,Washington,D.C.)。金黄色葡萄球菌引起的医院交叉感染是发病率和死亡率的主要原因。金黄色葡萄球菌引起的最常见的感染中的一些涉及皮肤，并且它们包括疖或痂、蜂窝织炎、脓疱病和在多种部位的手术后伤口感染。金黄色葡萄球菌引起的更严重的感染中的一些是菌血症、肺炎、骨髓炎、急性心内膜炎、心肌炎、心包炎、脑炎、脑膜炎、烫伤样皮肤综合征和多种脓肿。葡萄球菌肠毒素引起的食物中毒是与金黄色葡萄球菌有关的另一种重要的综合征。中毒性休克综合征，一种社区获得性疾病(community-acquireddisease)，也已归于产毒的金黄色葡萄球菌的感染或定居。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)作为医院中主要的临床和流行病学问题出现于20世纪80年代(Oliveiraetal.,(2002)LancetInfectDis.2:180-9)。MRSA抵抗所有的β-内酰胺，包括青霉素、头孢菌素、碳青霉烯和单酰胺菌素，它们是治愈金黄色葡萄球菌感染最常使用的抗生素。MRSA感染仅可用毒性的和更昂贵的抗生素治疗，其通常用作最后的防御线。由于MRSA可通过人员在患者之间容易地播散，世界上的医院都面对控制MRSA的问题。不久前，知道菌株抗性的唯一方法是进行手动抗菌敏感性试验。抗菌敏感性试验具有许多缺点，包括获得结果之前延长的时间(至少48小时)、缺少再现性、缺少过程标准化和使用者的错误。因此，需要发展快速和简单的MRSA检测和/或鉴定的筛选或诊断试验以减少其传播和提高感染患者的诊断和治疗。对快速和灵敏检测MRSA的组合物和方法存在需求。概述本文公开的实施方式部分基于这样的发现：金黄色葡萄球菌的某些菌株，包括包含mecA同系物基因，mecALGA251的那些菌株，共有位于MRSA核酸SCCmec区右侧末端(rightextremity)的相同序列，即，多态性右侧末端连接。本文提供可用于检测这些MRSA菌株的方法和组合物，其是迄今通过常规的商品化基于分子的测定不可检测的。本文还提供组合物和方法，其通常允许除MRSA菌株外的金黄色葡萄球菌的进一步(例如，同时或连续)检测，和/或mecA和/或mecALGA251的进一步检测。因此，本文提供用于检测包含MREJ型xxi序列的MRSA的方法和组合物。一些实施方式提供用于检测具有MREJ型xxi核酸的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的组合物。MRSA可包括包含mecA同系物(mecALGA251或mecC)的葡萄球菌(Staphylococcal)盒染色体mec(SCCmec)元件，其中SCCmec盒被插入金黄色葡萄球菌染色体DNA，从而产生多态性右侧末端连接(MREJ)型xxi序列，其包括来自右侧末端的多态性序列和靠近多态性右侧末端的染色体DNA。组合物可包括第一扩增引物，其长度在10和45个核苷酸之间，并且在标准PCR条件下与MREJ型xxi核酸的多态性右侧末端序列特异地杂交。在一些实施方式中，第一扩增引物在所述标准PCR条件下与SEQIDNO:1的核酸序列或其互补物特异地杂交。本文公开的组合物可进一步包括长度在10和45个核苷酸之间的第二扩增引物，其在标准PCR条件下与位于距SCCmec元件进入染色体DNA的插入点1千碱基内的金黄色葡萄球菌染色体序列特异地杂交。优选，第一和第二扩增引物在标准PCR条件下在存在包括MREJ型xxi核酸的MRSA的情况下一起产生MREJ型xxi核酸右侧末端连接的扩增子。因此，在一些实施方式中，第二扩增引物在标准PCR条件下与orfX特异地杂交。本文公开的组合物可进一步包括探针，例如，包括荧光发射体部分和荧光猝灭剂部分的寡核苷酸探针，其在标准PCR条件下与MREJ型xxi核酸的扩增子特异地杂交。本文公开的组合物可包括一种或多种长度在10和45个核苷酸之间的另外的扩增引物，其与一种或多种来自MREJ型i至xxMRSA的多态性SCCmec右侧末端序列，即，与一种或多种选自SEQIDNOs:5至29的多态性SCCmec右侧末端序列特异地杂交。方法和组合物还可包括另外的寡核苷酸，即，其被配置以特异地扩增mecA和/或mecALGA251/mecC序列，和/或其被配置以特异地扩增金黄色葡萄球菌特异性序列。因此，一些实施方式提供组合物，其中第一扩增引物与SEQIDNO:2至少80％相同。在一些实施方式中，组合物可包括第二扩增引物，其与SEQIDNO:3至少80％相同。在一些实施方式中，组合物可包括探针，其中探针与SEQIDNO:4或82至少80％相同。在一些实施方式中，本文公开的组合物以干燥形式，例如，冻干的或类似形式提供。本文还提供用于检测包括MREJ型xxi核酸的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)和用于检测MREJ型xxi核酸的方法，其中金黄色葡萄球菌包括包含mecA同系物(mecALGA251或mecC)的葡萄球菌盒染色体mec(SCCmec)元件。SCCmec盒可插入金黄色葡萄球菌染色体DNA，从而产生多态性右侧末端连接(MREJ)型xxi序列，其包括来自右侧末端(MREP序列)的多态性序列和靠近多态性右侧末端的染色体DNA。因此，在一些实施方式中，方法可包括以下步骤：提供测试样品；将样品与长度在10和45个核苷酸之间的第一扩增引物接触，所述第一扩增引物在标准PCR条件下与MREJ型xxi序列的多态性右侧末端序列特异地杂交；其中接触在这样的条件下进行，其中如果包括MREJ型xxi核酸的金黄色葡萄球菌存在于样品中，那么MREJ型xxi核酸的mec右侧末端连接的扩增子产生。方法还可包括测定接触步骤之后MREJ型xxi核酸扩增子是否产生的步骤。在一些实施方式中，第一扩增引物在所述标准PCR条件下与SEQIDNO:1的核酸序列特异地杂交。在一些实施方式中，方法可包括将样品与长度在10和45个核苷酸之间的第二扩增引物接触，所述第二扩增引物在标准PCR条件下与金黄色葡萄球菌的orfX基因杂交，其中所述第一和第二扩增引物在标准PCR条件下在存在MREJ型xxi核酸的情况下一起产生MRSA的SCCmec右侧末端连接的SCCmec右侧末端连接(MREJ)区序列的扩增子。权利要求15的方法，进一步包括将样品与探针接触，其中所述探针在标准P本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.检测包括MREJ型xxi核酸的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)(MRSA)的组合物，所述金黄色葡萄球菌包括包含mecA同系物(mecALGA251)的葡萄球菌盒染色体mec(SCCmec)元件，所述SCCmec盒被插入所述金黄色葡萄球菌染色体DNA，从而产生多态性右侧末端连接(MREJ)型xxi序列，所述多态性右侧末端连接(MREJ)型xxi序列包括来自右侧末端的多态性序列和靠近所述多态性右侧末端的染色体DNA，所述组合物包括:第一扩增引物，所述第一扩增引物长度在10和45个核苷酸之间，其中所述第一扩增引物在标准PCR条件下与所述MREJ型xxi核酸的多态性右侧末端序列特异地杂交。

【技术特征摘要】
2012.04.06 US 61/621,3681.检测包括MREJ型xxi核酸的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)(MRSA)的组合物，所述金黄色葡萄球菌包括包含mecA同系物(mecALGA251)的葡萄球菌盒染色体mec(SCCmec)元件，所述SCCmec盒被插入所述金黄色葡萄球菌染色体DNA，从而产生多态性右侧末端连接(MREJ)型xxi序列，所述多态性右侧末端连接(MREJ)型xxi序列包括来自右侧末端的多态性序列和靠近所述多态性右侧末端的染色体DNA，所述组合物包括:第一扩增引物，所述第一扩增引物长度在10和45个核苷酸之间，其中所述第一扩增引物在标准PCR条件下与所述MREJ型xxi核酸的多态性右侧末端序列特异地杂交。2.权利要求1所述的组合物，其中所述第一扩增引物与SEQIDNO:1的核酸序列或其互补物在所述标准PCR条件下特异地杂交。3.权利要求1所述的组合物，进一步包括：第二扩增引物，所述第二扩增引物长度在10和45个核苷酸之间，其中所述第二扩增引物在标准PCR条件下与位于距所述SCCmec元件进入所述染色体DNA的插入点1千碱基内的金黄色葡萄球菌染色体序列特异地杂交，并且其中所述第一和第二扩增引物一起在标准PCR...

【专利技术属性】
技术研发人员：C·梅纳德，C·罗杰达勒姆波特，
申请(专利权)人：基因欧姆科技加拿大公司，
类型：发明
国别省市：加拿大,CA