一种用于预测牙龈癌的miRNA组合物制造技术

本发明专利技术公开了一种用于预测牙龈癌的miRNA组合物，具体地，所述组合物包括hsa‑miRNA‑21，hsa‑miRNA‑27a，hsa‑miRNA‑25a，hsa‑miRNA‑93，hsa‑miRNA‑34a，hsa‑miRNA‑223a，hsa‑miRNA‑181a，hsa‑miRNA‑121，hsa‑miRNA‑97，hsa‑miR‑107、hsa‑miR‑192、hsa‑miR‑196a、hsa‑miR‑197、hsa‑miR‑148a、hsa‑miR‑30c、hsa‑miR‑30d、hsa‑miR‑7、hsa‑miR‑181a、hsa‑miR‑181b、hsa‑miR‑203、hsa‑miR‑210，本发明专利技术提供一种用于预测牙龈癌的miRNA组合物，miRNA是细胞的基因调控系统中的重要组成，miRNA作为癌症标记物是一种非侵入性取样，可以在无创条件下通过单独的miRNA或miRNA组合物的表达谱来辅助诊断被试者是否罹患癌症，提高诊断的准确率。

A miRNA composition for predicting gingival cancer

The invention discloses a miRNA composition for predicting gingival cancer, and specifically, the composition includes HSA miRNA 21, HSA miRNA 27a, HSA miRNA 25A 25A, HSA miRNA miRNA 93. MiR 192, HSA 196a, HSA miR HSA, HSA miR 148A, HSA miR 30C, HSA, 148A, 203 and 210. The important component of miRNA, as a cancer marker, is a noninvasive sample that can assist in diagnosing cancer and improving the diagnostic accuracy of a single miRNA or miRNA composition under noninvasive conditions.

【技术实现步骤摘要】
一种用于预测牙龈癌的miRNA组合物
本专利技术涉及疾病预测领域，具体地涉及一种用于预测牙龈癌的miRNA组合物。
技术介绍
头颈部肿瘤是指自颅底到锁骨上，颈椎以前这样一个解剖范围的肿瘤，以恶性肿瘤为主。颈部肿瘤在综合性医院属于普通外科，比较常见的就是甲状腺肿瘤；耳鼻喉科肿瘤常见的有喉癌、副鼻窦癌等；口腔颌面部肿瘤常见的为各种口腔癌，如舌癌、牙龈癌、颊癌等。因此，头颈部所发生的肿瘤，其原发部位和病理类型之多，居全身肿瘤之首。头颈部恶性肿瘤因其发病部位很多，因此其发病率在不同的国家、地区以及人种间都不相同。在美国华人中，男性发病率较高的是鼻咽癌，其次是甲状腺癌、口腔癌；女性发病率较高的是甲状腺癌，其次是鼻咽癌和涎腺肿瘤。在日本，男性发病率较高的是喉癌，其次是口腔癌；女性发病率较高的是甲状腺癌，其次是口腔癌。在我国，北京男性头颈部肿瘤发病率以喉癌占首位，其次为鼻咽癌和口腔癌；女性头颈部肿瘤发病率以甲状腺癌占首位，其次为口腔癌。而上海市统计资料显示，男性头颈部肿瘤发病率首位是鼻咽癌，其次为喉癌。女性头颈部肿瘤发病率首位是甲状腺癌，其次是鼻咽癌，头颈部肿瘤因其解剖复杂，组织病理类型繁多，一般常见鳞状上皮细胞癌，其次为各类腺癌、肉瘤少见。癌症细胞的早期发现对于癌症的治疗及预防有十分重要的作用，本专利技术提供一种通过血清检测即可预测癌症的组合物，具有取样方便、检测方法简易、检测结果特异性高等特点，适用于日常体检、临床治疗等多种场景。
技术实现思路
为了解决上述技术问题，本专利技术提供一种用于预测牙龈癌的microRNA组合物。本专利技术是以如下技术方案实现的：本专利技术提供一种用于预测牙龈癌的miRNA组合物，所述组合物包括hsa-miRNA-21，hsa-miRNA-27a，hsa-miRNA-25a，hsa-miRNA-93，hsa-miRNA-34a，hsa-miRNA-223a，hsa-miRNA-181a，hsa-miRNA-121，hsa-miRNA-97，hsa-miR-107、hsa-miR-192、hsa-miR-196a、hsa-miR-197、hsa-miR-148a、hsa-miR-30c、hsa-miR-30d、hsa-miR-7、hsa-miR-181a、hsa-miR-181b、hsa-miR-203、hsa-miR-210。进一步地，所述miRNA组合物的筛选方法为：收集样本，样本类型为血清，血清以新鲜采集分离为好，采血6小时内分离、收集血清，并将血清转移至一次性使用无RNA酶的无菌微量离心管中；获得甲状腺癌、口腔癌、喉癌、腭癌、牙龈癌、舌癌、唇癌以及来自正常样品的RNA由6个样品来源的RNA混合组成，血清样本于2℃-8℃可稳定保存7天；使用RNA提取试剂盒提取样品总RNA，然后在miRNA微阵列芯片上进行RNA标记和杂交，具体步骤如下：用5μg生物素标记来自各样品的RNA，该芯片包含多个探针，使用Perkin-ElmerScanArrayXL5K对链霉素-Alexa647缀合物进行基于生物素结合的杂交信号进行检测，用Quantarray软件定量扫描图像，微阵列数据的统计学和生物信息学分析使用软件SiliconGenetics对原始数据进行标准化和分析；将表达数据以中位数集中，用ANOVA进行统计比较，使用PAM软件和SupportVectorMachine软件确定用于预测牙龈癌的miRNA，两种算法都用交叉验证和Test-set检测，最终获得在牙龈癌中上调表达的miRNAhsa-miRNA-21，hsa-miRNA-27a，hsa-miRNA-25a，hsa-miRNA-93，hsa-miRNA-34a，hsa-miRNA-223a，hsa-miRNA-181a，hsa-miRNA-121，hsa-miRNA-97，hsa-miR-107、hsa-miR-192、hsa-miR-196a、hsa-miR-197、hsa-miR-148a、hsa-miR-30c、hsa-miR-30d、hsa-miR-7、hsa-miR-181a、hsa-miR-181b、hsa-miR-203、hsa-miR-210。进一步地，所述组合物用于检测牙龈癌的用途，包括使用探针组合物对样品进行RT-PCT，所述探针包括hsa-miRNA-97、hsa-miR-107、hsa-miR-192、hsa-miR-196a、hsa-miR-197、hsa-miR-148a、hsa-miR-30c的互补序列或包含上述互补序列的核苷酸序列的组合物。进一步地，所述组合物用于检测牙龈癌的检测样品优选地为血清样本。本专利技术的有益效果是：本专利技术提供一种用于预测牙龈癌的miRNA组合物，miRNA是细胞的基因调控系统中的重要组成，miRNA作为癌症标记物是一种非侵入性取样，可以在无创条件下通过单独的miRNA或miRNA组合物的表达谱来辅助诊断被试者是否罹患癌症，提高诊断的准确率。具体实施方式为使本专利技术的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将对本专利技术作进一步地详细描述。实施例1：牙龈癌相关miRNA的筛选头颈癌样品来自南京医科大学收集的283个样本，样本类型为血清，血清以新鲜采集分离为好，采血6小时内分离、收集血清，并将血清转移至一次性使用无RNA酶的无菌微量离心管中。获得了如下样本：甲状腺癌82例、口腔癌23例、喉癌31例、腭癌25例、牙龈癌59例、舌癌33例、唇癌30例。来自正常样品的RNA由6个样品来源的RNA混合（各来自6个正常的牙龈组织）组成，血清样本于2℃-8℃可稳定保存7天。使用RNA提取试剂盒（QiagenmiRNeasyMiniKit试剂盒）提取样品总RNA，遵守厂商说明进行操作。然后在miRNA微阵列芯片上进行RNA标记和杂交。具体步骤如下：用5μg生物素标记来自各样品的RNA，该芯片包含323个探针，包含245个人和小鼠miRNA基因。使用Perkin-ElmerScanArrayXL5K对链霉素-Alexa647缀合物进行基于生物素结合的杂交信号进行检测；用Quantarray软件(PerkinElmer)定量扫描图像，微阵列数据的统计学和生物信息学分析使用软件SiliconGenetics对原始数据进行标准化和分析。将表达数据以中位数集中，用ANOVA(方差分析)进行统计比较。使用PAM软件(PredictionAnalysisofMicroarrays,获得自http://www.stat.stanford.edu/tibs/PAM/index.html)(Tibshirani,R.,等人Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.99:6567-6572(2002))和SupportVectorMachine(Furey,T.S.,等人Bioinformatics16:906-914(2000))软件确定用于预测牙龈癌的miRNA，两种算法都用交叉验证和Test-set检测。根据微阵列分析获得与癌症进程有一定相关性的miRNA共计156种，筛选出在牙龈癌中上调表达的miRNA，具体地，如下所述hsa-miRNA-21，hsa-miRNA-27a，hsa-miRNA-25a，hsa-miRNA-93，h本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于预测牙龈癌的miRNA组合物，其特征在于，所述组合物包括hsa‑miRNA‑21，hsa‑miRNA‑27a，hsa‑miRNA‑25a，hsa‑miRNA‑93，hsa‑miRNA‑34a，hsa‑miRNA‑223a，hsa‑miRNA‑181a，hsa‑miRNA‑121，hsa‑miRNA‑97，hsa‑miR‑107、hsa‑miR‑192、hsa‑miR‑196a、hsa‑miR‑197、hsa‑miR‑148a、hsa‑miR‑30c、hsa‑miR‑30d、hsa‑miR‑7、hsa‑miR‑181a、hsa‑miR‑181b、hsa‑miR‑203、hsa‑miR‑210。

【技术特征摘要】
1.一种用于预测牙龈癌的miRNA组合物，其特征在于，所述组合物包括hsa-miRNA-21，hsa-miRNA-27a，hsa-miRNA-25a，hsa-miRNA-93，hsa-miRNA-34a，hsa-miRNA-223a，hsa-miRNA-181a，hsa-miRNA-121，hsa-miRNA-97，hsa-miR-107、hsa-miR-192、hsa-miR-196a、hsa-miR-197、hsa-miR-148a、hsa-miR-30c、hsa-miR-30d、hsa-miR-7、hsa-miR-181a、hsa-miR-181b、hsa-miR-203、hsa-miR-210。2.根据权利要求1所述的组合物，其特征在于，所述miRNA组合物的筛选方法为：收集样本，样本类型为血清，血清以新鲜采集分离为好，采血6小时内分离、收集血清，并将血清转移至一次性使用无RNA酶的无菌微量离心管中；获得甲状腺癌、口腔癌、喉癌、腭癌、牙龈癌、舌癌、唇癌以及来自正常样品的RNA由6个样品来源的RNA混合组成，血清样本于2℃-8℃可稳定保存7天；使用RNA提取试剂盒提取样品总RNA，然后在miRNA微阵列芯片上进行RNA标记和杂交，具体步骤如下：用5μg生物素标记来自各样品的RNA，该芯片包含多个探针，使用Perkin-ElmerScanArrayXL5K对链霉素-Alexa647缀合物进行基于生物素结合的杂交信号进行检测，用Quantarray软件定量扫描图像，微阵列数据的统计...

【专利技术属性】
技术研发人员：董秋月，
申请(专利权)人：杭州更蓝生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江,33