用于筛选肠癌和/或胃癌的基因标志物的方法、用该方法筛选的基因标志物及其用途技术

本发明专利技术涉及用于检测肠癌或胃癌的基因标志物及其用途。本发明专利技术还涉及使用所述基因标志物对肠癌或胃癌进行检测的方法。

Methods for screening genetic markers for colorectal cancer and / or gastric cancer, genetic markers screened by this method and their uses

The invention relates to a genetic marker for detecting intestinal cancer or gastric cancer and uses thereof. The invention also relates to a method for detecting intestinal cancer or gastric cancer using the gene marker.

【技术实现步骤摘要】
用于筛选肠癌和/或胃癌的基因标志物的方法、用该方法筛选的基因标志物及其用途
本专利技术涉及通过高通量测序筛选基因标志物的领域。具体地，本专利技术涉及通过高通量测序对肠癌和/或胃癌的基因标志物进行筛选的方法，以及利用该方法筛选出的基因标志物及其用途。
技术介绍
随着生活环境和习惯的改变，近些年来癌症的发病率在世界范围内逐年升高，人们对其关注也随之增加。胃癌和肠癌分别是我国第二大和第三大高发癌，属于发病率和病死率都非常高的恶性肿瘤，它们的发生和发展是一个多因素参与和多阶段累积致癌的复杂过程。本着现有通行的癌症早发现早治疗方案，越早期发现，越有可能早期控制甚至治愈癌症。如何对胃癌和肠癌进行早期诊断，及时治疗，正确地判断预后，逐渐受到人们重视。传统筛查方法有胃肠镜检查和大便隐血试验，但都有自身不可克服的缺点。胃肠镜加病理活检被认为是胃肠癌症筛查和诊断的金标准，但是因为镜检的侵入性和肠道准备的不适，很多病人不愿意接受肠胃镜检查。最近有研究表明肠镜对右侧结肠内常见的扁平息肉的诊断效果不好，肠镜筛查并不能降低右侧结肠癌的发病率。大便隐血试验是另一种临床上常用的大肠癌筛查方法，该法有完全无创和廉价等优点，但是其检测肿瘤的准确性低，通过免疫化学的改进方法也仅能检测到50-60％的大肠癌和30％左右的癌前腺瘤。并且，该检测方法假阳性率较高，故很难得到推广和普及。除以上传统筛查方法以外，人们还在不断探索其他方法，以提高早期诊断率，肿瘤标志物是其中之一。例如，通过DHPLC分析发现T1151A作为错配修复基因hMLH1上的一个多态位点，可作为胃及大肠肿瘤，尤其是低龄胃及大肠肿瘤高危人群筛选的候选指标(参见张晓梅等，《肿瘤》，2005，25(1)：62-65)。采用CA19-9(糖类胃肠癌相关抗原)和SA(唾液酸)的肿瘤标志物联合检测对结/直肠癌和胃/贲门癌的检测阳性率分别可以达到76.7％和82.5％(参见蔡发成等，《实用医技杂志》，2005，12(3B)：722-723)。此外，我国还开发了C12蛋白芯片检测系统，通过分析血清中CA19-9、神经元特异性烯醇化酶(NSE)、癌胚抗原(CEA)、糖原242(CA242)、糖原125(CA125)、糖原153(CA15-3)、甲胎蛋白(AFP)、铁蛋白、人绒毛膜促性腺激素(HCG)、人生长激素(HGH)中这十种肿瘤标志物的表达水平，以实现肿瘤的早期诊断和监测。然而，大多数发现的肿瘤标志物还停留在研究阶段，并没有发展到临床诊断阶段；或者已经应用在临床诊断上，但检测准确度或灵敏度不高。例如，研究发现，上述C12系统对胃肠癌患者的总体诊断率为39.21％，I、II、III、IV期患者的诊断率分别为13.73％、33.33％、38.30％、58.03％，表明C12检测系统对晚期胃肠癌的诊断有一定的价值，但对早期的敏感性不高(参见杨雪琴等，《南京医科大学学报(自然科学版)》，2008(10)：1285-1289)。近期，在现有常规基因标记物的基础上又发展了另外两种肠癌的体外诊断方法：来自美国ExactSciences公司的Cologuard技术和来自Epigenomics公司的EpiproColon技术。前者主要检测粪便中的异常DNA变化及人类粪便中存在的潜血红蛋白；后者检测血液游离DNA中的SEPT9甲基化标记物。大规模临床实验表明，Cologuard的检出率效果较好，但需要操作粪便，用户体验较差；而SEPT9甲基化属于液体活检，虽然用户体验较好，但是特异性和灵敏度都较差(分别为80％和72％)。因此迫切需要具有高特异性和高灵敏度并可供临床检测使用的胃肠癌的基因标志物，使能够以无创或微创、快捷的方法有效诊断胃肠癌，以改善病人接受长期监测的意愿。
技术实现思路
专利技术人通过对正常样品和肠癌或胃癌样品进行高通量测序，并对其中各基因上的5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)含量进行分析，出乎意料地发现了多个极具信息的可用于检测肠癌或胃癌的基因标志物。因此，本专利技术的第一个方面涉及用于检测肠癌的基因标志物，包括一个或多个选自以下的基因：ADAM金属肽酶域20(ADAM20)、F盒和富亮氨酸重复蛋白7(FBXL7)、卵泡抑素(FST)、TP53凋亡效应器(PERP)、普列克底物蛋白同源相似域家族A成员3(PHLDA3)、Runt相关转录因子1移动伴侣1(RUNX1T1)、互养蛋白γ2(SNTG2)、精子相关抗原4(SPAG4)、硫酸酯酶1(SULF1)和NME/NM23核苷二磷酸激酶(NME3)。优选的，所述基因标志物包括至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个或十个选自以下的基因：ADAM20、FBXL7、FST、PERP、PHLDA3、RUNX1T1、SNTG2、SPAG4、SULF1和NME3。更优选的，所述基因标志物包括ADAM20、FBXL7、FST、PERP、PHLDA3、RUNX1T1、SNTG2、SPAG4、SULF1和NME3。本专利技术的第二个方面涉及用于检测胃癌的基因标志物，包括一个或多个选自以下的基因：RhoGTP酶激活蛋白28(ARHGAP28)、BMP结合内皮调控者(BMPER)、染色体9开放读码框92(C9orf92)、钙依赖分泌激活者2(CADPS2)、钙粘蛋白11(CDH11)、F盒和富亮氨酸重复蛋白7(FBXL7)、间质同源框2(MEOX2)、氧化一氮合成酶1(NOS1)、抑瘤素M受体(OSMR)、细胞膜调控蛋白paralemmin2(PALM2)、磷酸二酯酶10A(PDE10A)、RNA结合模体单链相互作用蛋白3(RBMS3)、硫酸酯酶1(SULF1)、wntlessWnt配体分泌调节者(WLS)、Wilms瘤1作用蛋白(WTIP)、锌指蛋白518B(ZNF518B)、锌指蛋白714(ZNF714)和Rad52模体包含1(RDM1)。优选的，所述基因标志物包括至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个或18个选自以下的基因：ARHGAP28、BMPER、C9orf92、CADPS2、CDH11、FBXL7、MEOX2、NOS1、OSMR、PALM2、PDE10A、RBMS3、SULF1、WLS、WTIP、ANF518B、ZNF714和RDM1。更优选的，所述基因标志物包括ARHGAP28、BMPER、C9orf92、CADPS2、CDH11、FBXL7、MEOX2、NOS1、OSMR、PALM2、PDE10A、RBMS3、SULF1、WLS、WTIP、ANF518B、ZNF714和RDM1。本专利技术还涉及上述基因标志物在检测肠癌或胃癌中的用途。本专利技术还涉及利用上述基因标志物进行肠癌或胃癌检测的试剂盒，其包括用于测定上述基因标志物的5-hmC含量的试剂和说明书。本专利技术的第三个方面涉及用于检测胃癌或肠癌的方法，包括以下步骤：(a)测定正常样品和受试者样品中本专利技术所述的基因标志物的5-hmC的含量；(b)用正常样品中所述基因标志物的5-hmC含量作为参照，将受试者样品中对应的基因标志物的5-hmC含量标准化；(c)本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于检测胃癌的基因标志物，包括一个或多个选自以下的基因：Rho GTP酶激活蛋白28(ARHGAP28)、BMP结合内皮调控者(BMPER)、染色体9开放读码框92(C9orf92)、钙依赖分泌激活者2(CADPS2)、钙粘蛋白11(CDH11)、F盒和富亮氨酸重复蛋白7(FBXL7)、间质同源框2(MEOX2)、氧化一氮合成酶1(NOS1)、抑瘤素M受体(OSMR)、细胞膜调控蛋白paralemmin2(PALM2)、磷酸二酯酶10A(PDE10A)、RNA结合模体单链相互作用蛋白3(RBMS3)、硫酸酯酶1(SULF1)、wntles8Wnt配体分泌调节者(WLS)、Wilms瘤1作用蛋白(WTIP)、锌指蛋白518B(ZNF518B)、锌指蛋白714(ZNF714)和Rad52模体包含1(RDM1)。

【技术特征摘要】
1.用于检测胃癌的基因标志物，包括一个或多个选自以下的基因：RhoGTP酶激活蛋白28(ARHGAP28)、BMP结合内皮调控者(BMPER)、染色体9开放读码框92(C9orf92)、钙依赖分泌激活者2(CADPS2)、钙粘蛋白11(CDH11)、F盒和富亮氨酸重复蛋白7(FBXL7)、间质同源框2(MEOX2)、氧化一氮合成酶1(NOS1)、抑瘤素M受体(OSMR)、细胞膜调控蛋白paralemmin2(PALM2)、磷酸二酯酶10A(PDE10A)、RNA结合模体单链相互作用蛋白3(RBMS3)、硫酸酯酶1(SULF1)、wntles8Wnt配体分泌调节者(WLS)、Wilms瘤1作用蛋白(WTIP)、锌指蛋白518B(ZNF518B)、锌指蛋白714(ZNF714)和Rad52模体包含1(RDM1)。2.权利要求1所述的基因标志物，包括ARHGAP28、BMPER、C9orf92、CADPS2、CDH11、FBXL7、MEOX2、NOS1、OSMR、PALM2、PDE10A、RBMS3、SULF...

【专利技术属性】
技术研发人员：陆星宇，宋艳群，
申请(专利权)人：上海易毕恩基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31