诊断方法技术

一种用于分析受试者的疾病状态的方法，所述方法包括用遗传分析仪，例如，脱氧核糖核酸(DNA)测序仪表征受试者在两个或更多个时间点或两个或更多个情况下的遗传信息，和使用来自两个或更多个时间点或两个或更多个情况的信息产生受试者的遗传信息的表征中的调整的测试结果。

diagnostic method

A method for analysis of disease status of subjects, the method includes the use of genetic analysis, for example, deoxyribonucleic acid (DNA) genetic information in two or more time points or two or more cases of the syndrome subjects sequencing instrument, test results and characterization of genetic information from two one or more time points or two or more of the information subjects in adjustment.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】诊断方法交叉引用本申请要求于2015年5月1日提交的美国临时申请第62/155,755号的权益，该申请通过引用并入本文。背景癌症为全世界疾病的主要原因。每年，在世界各地有数千万人被诊断为患有癌症，并且多于一半的患者最终因其而死亡。在许多国家，癌症列为继心血管疾病之后第二大最常见的死亡原因。为了检测癌症，有几种筛选测试可得。身体检查和历史记录调查了一般健康征象，包括检查疾病征象，诸如肿块或其他不寻常的身体症状。患者的健康习惯和过去的疾患和治疗的历史也将被收集。实验室测试为另一种筛选测试，并且在进行实验室测试之前，可能需要医学程序以取得组织、血液、尿液或身体中其他物质的样品。成像程序通过生成身体内部区域的视觉表示来筛选癌症。遗传测试检测与一些类型癌症相关的某些基因的有害突变。遗传测试对于许多诊断方法为特别有用的。用于癌症筛选的一种方法可以包括监测源自无细胞核酸的样品，所述无细胞核酸即可以在不同类型的体液中被发现的多核苷酸群体。在一些情况下，可以基于检测遗传变异，诸如一个或更多个核酸序列的拷贝数变异和/或序列变异的改变，或其他某些稀有遗传改变的发展，来表征或检测疾病。无细胞DNA(“cfDN本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于分析受试者的疾病状态的方法，所述方法包括：(a)使用遗传分析仪由所述受试者在(i)两个或更多个时间点或(ii)基本上相同的时间点获得的生物样品中的核酸分子生成遗传数据，其中所述遗传数据与所述受试者的遗传信息相关，并且其中所述生物样品包括无细胞生物样品；(b)接收来自所述遗传分析仪的遗传数据；(c)用一个或更多个编程的计算机处理器，使用所述遗传数据产生所述受试者的遗传信息的表征中的调整的测试结果；以及(d)将所述调整的测试结果输出到计算机存储器中。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.05.01 US 62/155,7551.一种用于分析受试者的疾病状态的方法，所述方法包括：(a)使用遗传分析仪由所述受试者在(i)两个或更多个时间点或(ii)基本上相同的时间点获得的生物样品中的核酸分子生成遗传数据，其中所述遗传数据与所述受试者的遗传信息相关，并且其中所述生物样品包括无细胞生物样品；(b)接收来自所述遗传分析仪的遗传数据；(c)用一个或更多个编程的计算机处理器，使用所述遗传数据产生所述受试者的遗传信息的表征中的调整的测试结果；以及(d)将所述调整的测试结果输出到计算机存储器中。2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述遗传数据包括当前序列读段和先前序列读段，并且其中(c)包括将所述当前序列读段与所述先前序列读段进行比较，和相应地更新关于所述受试者的遗传信息的表征的诊断置信度指示，所述诊断置信度指示指示在所述受试者的生物样品中鉴定到一个或更多个遗传变异的概率。3.根据权利要求2所述的方法，所述方法还包括生成所述当前序列读段的置信区间。4.根据权利要求3所述的方法，所述方法还包括将所述置信区间与一个或更多个先前的置信区间进行比较和基于重叠的置信区间确定疾病进展。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品在包括第一时间点和第二时间点的两个或更多个时间点获得，并且其中(c)包括如果来自所述第一时间点的信息证实了来自所述第二时间点的信息，则增加随后表征或先前表征中的诊断置信度指示。6.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品在包括第一时间点和第二时间点的两个或更多个时间点获得，并且其中(c)包括如果来自所述第一时间点的信息证实了来自所述第二时间点的信息，则增加随后表征中的诊断置信度指示。7.根据权利要求1所述的方法，其中在所述遗传数据中检测到第一共变量变异，并且其中(c)包括如果检测到第二共变量变异，则增加随后表征中的诊断置信度指示。8.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品在包括第一时间点和第二时间点的两个或更多个时间点获得，并且其中(c)包括如果来自第一时间点的信息与来自所述第二时间点的信息冲突，则降低随后表征中的诊断置信度指示。9.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括获得随后表征和在所述随后表征中保留诊断置信度指示不变用于从头信息。10.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括确定在所述遗传数据中包括的序列读段的集合中检测到的一个或更多个遗传变体的频率，和至少部分地通过将所述一个或更多个遗传变体在两个或更多个时间点的频率进行比较来产生调整的测试结果。11.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括确定在所述遗传数据中包括的序列读段的集合中检测到的一个或更多个遗传基因座处的拷贝数变异的量，和至少部分地通过将在两个或更多个时间点的所述量进行比较来产生调整的测试结果。12.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括使用所述调整的测试结果以向所述受试者提供(i)治疗干预或(ii)健康或疾病的诊断。13.根据权利要求1所述的方法，其中所述遗传数据包括来自包含疾病相关或癌症相关遗传变体的基因组的部分的序列数据。14.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括通过增加来自所述受试者的样品中的多核苷酸的读段深度来使用所述调整的测试结果增加检测遗传变体的灵敏度。15.根据权利要求1所述的方法，其中所述遗传数据包括第一组遗传数据和第二组遗传数据，其中所述第一组遗传数据处于或低于检测阈值，并且所述第二组遗传数据高于所述检测阈值。16.根据权利要求15所述的方法，其中所述检测阈值为噪声阈值。17.根据权利要求15所述的方法，所述方法还包括，在(c)中，当在多于一个采样情况或时间点的所述第一组遗传数据和所述第二组遗传数据中检测到相同遗传变体时，将所述受试者的诊断从阴性或不确定性调整为阳性。18.根据权利要求15所述的方法，所述方法还包括，在(c)中，当在较早时间点的所述第一组遗传数据中和在随后时间点的所述第二组遗传数据中检测到相同遗传变体时，将来自较早时间点的表征中的所述受试者的诊断从阴性或不确定性调整为阳性。19.根据权利要求1所述的方法，其中所述疾病状态为癌症，并且所述遗传分析仪为核酸测序仪。20.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品包括至少两种不同类型的生物样品。21.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品包括相同类型的生物样品。22.根据权利要求21所述的方法，其中所述生物样品为血液样品。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述核酸分子为无细胞脱氧核糖核酸(DNA)。24.一种检测来自受试者的生物样品中的癌症多核苷酸的量随时间推移的趋势的方法，所述方法包括：使用一个或更多个编程的计算机处理器确定所述癌症多核苷酸在多于一个时间点的每一个的频率；确定在所述多于一个时间点的每一个的频率的误差范围，以提供在第一时间点的至少第一误差范围和在继所述第一时间点之后的第二时间点的第二误差范围；以及确定(1)所述第一误差范围是否与所述第二误差范围重叠，该重叠指示所述癌症多核苷酸在多于一个时间点的频率的稳定性；(2)所述第二误差范围是否大于所述第一误差范围，从而指示所述癌症多核苷酸在多于一个时间点的频率的增加，或(3)所述第二误差范围是否少于所述第一误差范围，从而指示所述癌症多核苷酸在多于一个时间点的频率的降低。25.根据权利要求24所述的方法，其中所述DNA为无细胞DNA。26.一种检测受试者中一个或更多个遗传变异和/或遗传变异的量的方法，所述方法包括：用遗传分析仪对所述受试者的无细胞核酸样品中的核酸分子进行测序以生成在第一时间点的第一组序列读段；将所述第一组序列读段与至少在所述第一时间点之前的第二时间点获得的至少第二组序列读段进行比较，以产生第一组序列读段和所述至少第二组序列读段的比较；使用所述比较来相应地更新诊断置信度指示，该诊断置信度指示指示在所述受试者的无细胞核酸样品中鉴定到一个或更多个遗传变异的概率；以及基于所述诊断置信度指示，检测所述受试者的无细胞核酸样品中的核酸分子中所述一个或更多个遗传变异的存在或不存在和/或遗传变异的量。27.根据权利要求26所述的方法，所述方法还包括从所述受试者获得所述无细胞核酸分子。28.根据权利要求26所述的方法，所述方法还包括(i)如果从在所述第一时间点的所述第一组序列读段获得的信息证实了从在所述第二时间点的所述至少第二组序列读段获得的信息，则增加所述诊断置信度指示，(ii)如果从在所述第一时间点的所述第一组序列读段获得的信息未证实从在所述第二时间点的所述至少第二组序列读段获得的信息或与从在所述第二时间点的所述至少第二组序列读段获得的信息冲突，则降低所述诊断置信度指示，或(iii)在随后表征中保留所述诊断置信度指示不变用于从头信息。29.一种用于检测受试者的无细胞核酸样品中的突变的方法，所述方法包括：(a)通过将从遗传分析仪获得的当前序列读段与来自先前时间段的先前序列读段进行比较以产生比较来确定共有序列，并且基于所述比较更新诊断置信度指示，其中每一个共有序列对应于源自所述无细胞核酸样品的一组加标签的亲本多核苷酸中的独特多核苷酸，以及(b)基于所述诊断置信度，生成所述受试者中的细胞外多核苷酸的遗传谱，其中所述遗传谱包含由拷贝数变异或突变分析得到的数据。30.根据权利要求29所述的方法，所述方法还包括：使用所述共有序列以将每一个可映射的碱基位置的变异的比率或频率归一化，并且确定实际或潜在的稀有变体或突变；以及将具有潜在的稀有变体或突变的每一个区域的所得数目与来自参考样品的类似地得到的数目进行比较。31.一种检测异常细胞活性的方法，所述方法包括：提供源自受试者的生物样品的至少一组加标签的亲本多核苷酸；扩增所述组中的加标签的亲本多核苷酸以产生对应的一组扩增的子代多核苷酸；使用遗传分析仪对该组扩增的子代多核苷酸的亚组进行测序以产生一组测序读段；以及通过将当前序列读段与来自至少一个先前时间段的先前序列读段进行比较，使该组测序读段叠并以生成一组共有序列，并相应地更新诊断置信度指示，该诊断置信度指示指示在所述受试者的生物样品中鉴定到一个或更多个遗传变异的概率，其中每一个共有序列对应于该组加标签的亲本多核苷酸中的独特多核苷酸。32.根据权利要求31所述的方法，所述方法还包括(i)如果在所述至少一个先前时间段中鉴定到该组测序读段，则增加所述诊断置信度指示，(ii)如果在所述至少一个先前时间段中未鉴定到该组测序读段，则降低所述诊断置信度指示，或(iii)如果在所述至少一个先前时间段中鉴定到...

【专利技术属性】
技术研发人员：埃尔米·埃尔图凯，阿米尔阿里·塔拉萨兹，
申请(专利权)人：夸登特健康公司，
类型：发明
国别省市：美国,US