一种鉴定鹿茸品种的分子标记、鉴定方法及应用技术

本发明专利技术公开了一种鉴定鹿茸品种的分子标记，包括16个SNP，其序列分别如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.16所示。本发明专利技术还公开了一种鉴定鹿茸品种的方法和应用。本发明专利技术首次发现SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.16所示的分子标记，可以很好的区分马鹿茸、梅花鹿茸和杂交鹿茸，5代以内的杂交茸鉴定成功率为95％以上，可靠性高，为保证消费者合法权利提供了一种最经济有效的分子鉴定新途径，还可用于杂交鹿分子标记辅助选择育种和品种鉴定。

A molecular marker, identification method and application for identification of pilose antler varieties

The invention discloses a molecular marker identification of deer species, including 16 SNP, the sequences were ID such as SEQ NO.1 SEQ ID shown in NO.16. The present invention also discloses a method and application for identifying pilose antler varieties. The invention first discovered the molecular marker SEQ ID NO.1 SEQ ID NO.16 shows, it can distinguish the horse velvet, velvet antler and antler velvet hybrid, hybrid identification within 5 generations of the success rate is over 95%, high reliability, and provides a new way for molecular identification of the most economical and effective to ensure the legitimate rights of consumers, but also can be used for molecular marker assisted selection of hybrid deer breeding and variety identification.

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定鹿茸品种的分子标记、鉴定方法及应用
本专利技术属于分子生物学
，具体涉及一种鉴定鹿茸品种的分子标记、鉴定方法及应用。
技术介绍
鹿茸是雄鹿未骨化而带茸毛的幼角，是名贵药材。鹿茸中含有磷脂、糖脂、胶脂、激素、脂肪酸、氨基酸、蛋白质及钙、磷、镁、钠等成分，其中氨基酸成分占总成分的一半以上。根据《中国药典》的记载，可入药的鹿茸品种有鹿茸有马鹿茸和梅花鹿茸。马鹿茸是由马鹿长出的鹿茸，一般都偏大，重量一般在10-50斤之间，马鹿茸的颜色偏黑，且只体较大，茸毛长而黑；梅花鹿茸是梅花鹿长出的鹿茸，形状一般为单支，二杠，三叉，观赏价值高，而且梅花鹿茸的经济价值也比马鹿的高。马鹿和梅花鹿是两个鹿种，能够正反杂交并且后代能够繁育，成为杂交鹿。杂交鹿长出的杂交茸外观具有梅花鹿茸特征，但是其市场价格低于梅花鹿茸，所以容易被不法分子充作梅花鹿茸贩售，欺骗消费者。现有技术中，大多从色泽、质地、气味定方面鉴定鹿茸质量的优劣，判断鹿茸种别，但仍缺乏一种科学的鉴定方法。因此，专利技术一种鉴定梅花鹿和马鹿杂交茸的方法势在必行。
技术实现思路
本专利技术提供的一种鉴定鹿茸品种的分子标记、鉴定方法及应用，能够鉴定不同的梅花鹿、马鹿和杂交鹿的鹿茸品种。本专利技术的第一个目的是提供一种鉴定鹿茸品种的分子标记，包括16个SNP，其序列分别如SEQIDNO.1-SEQIDNO.16所示。本专利技术的第二个目的是提供一种利用上述分子标记鉴定鹿茸品种的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1，提取待鉴定材料基因组DNA；S2，分别利用SEQIDNO.1-SEQIDNO.16各自对应的引物进行PCR扩增，分别得到16组扩增产物；其中，获得SEQIDNO.1-SEQIDNO.16的分子标记所对应使用的引物序列分别如SEQIDNO.17-SEQIDNO.18、SEQIDNO.19-SEQIDNO.20、SEQIDNO.21-SEQIDNO.22、SEQIDNO.23-SEQIDNO.24、SEQIDNO.25-SEQIDNO.26、SEQIDNO.27-SEQIDNO.28、SEQIDNO.29-SEQIDNO.30、SEQIDNO.31-SEQIDNO.32、SEQIDNO.33-SEQIDNO.34、SEQIDNO.35-SEQIDNO.36、SEQIDNO.37-SEQIDNO.38、SEQIDNO.39-SEQIDNO.40、SEQIDNO.41-SEQIDNO.42、SEQIDNO.43-SEQIDNO.44、SEQIDNO.45-SEQIDNO.46、SEQIDNO.47-SEQIDNO.48所示；(1)PCR扩增体系为10μL：包括DNA0.2μL、正向引物0.5μL、反向引物0.5μL；2×TapPCRMasterMix5.0μL；ddH2O3.8μL；(2)PCR扩增条件：94℃预变性3min；94℃变性30s，60℃退火45s，72℃延伸45s；循环35次；72℃终延伸10min，4℃冷却10min；16组扩增产物分别在2％琼脂糖凝胶上100V电泳35min，并于凝胶成像系统下观察，分别回收16组101bp的扩增产物；S3，测序鉴定分别测序鉴定16组扩增产物核苷酸序列，相应SNP位点的基因型如果均与梅花鹿纯合子基因型相同，则待测材料为梅花鹿；如果均与马鹿纯合子基因型相同，则待测材料为马鹿；如果均为杂合子，则待测材料为杂交鹿。本专利技术的第三个目的是提供一种上述鉴定鹿茸品种的分子标记在杂交鹿选育中的应用。本专利技术的第三个目的是提供一种上述鉴定鹿茸品种的方法在杂交鹿分子标记辅助选育中的应用。与现有技术相比，本专利技术提供的一种鉴定鹿茸品种的分子标记、鉴定方法及应用，具有以下有益效果：现有技术中，大多从色泽、质地、气味定方面鉴定鹿茸质量的优劣，判断鹿茸种别，但仍缺乏一种科学的鉴定方法。因此，专利技术一种鉴定梅花鹿和马鹿杂交茸的方法势在必行。本专利技术首次发现SEQIDNO.1-SEQIDNO.16所示的分子标记，可以很好的区分马鹿茸、梅花鹿茸和杂交鹿茸，5代以内的杂交茸鉴定成功率为95％以上，可靠性高，为保证消费者合法权利提供了一种最经济有效的分子鉴定新途径。还可用于杂交鹿分子标记辅助选择育种和品种鉴定。具体实施方式下面结合具体实施例对本专利技术进行详细说明，但不应理解为本专利技术的限制。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。本专利技术提供的一种鉴定鹿茸品种的分子标记，包括16个SNP，其序列分别如SEQIDNO.1-SEQIDNO.16所示。其中“[]”内的两个碱基表示SNP位点，若待测样品的基因型为与“/”前碱基相同的纯合子，则该待测样品为梅花鹿；若待测样品的基因型为与“/”后碱基相同的纯合子，则该待测样品为马鹿；若待测样品的基因型为“[]”内两个碱基的杂合子，则该待测样品为梅花鹿与马鹿的杂交后代，即杂交鹿。一、分子标记的获得：S1，分别提取梅花鹿、马鹿正反杂交后得到的后代杂交鹿一和杂交鹿二的鹿茸基因组，提取梅花鹿、马鹿的鹿茸基因组DNA；另提取取其他96只杂交鹿的基因组DNA，上述梅花鹿、马鹿母本和父本均为市售。S2，通过简化基因组测序(dd-RADseq)的Reads在参考基因组上的定位结果，利用GATK软件进行局部重比对(LocalRealignment)和变异检测，同时采用STACKS软件进行变异检测，取GATK软件和STACKS软件两种方法得到的交集变异位点等步骤，以保证检测得到的SNP(singlenucleotidepolymorphism，单核苷酸多态性)的准确性，通过大样本检测梅花鹿、马鹿和杂交鹿基因组上的物种特异SNP位点，同时检测SNP位点的连锁情况，最终共计筛选出在参考基因组上距离相差远而不易发生连锁的16个SNP作为鉴定杂交茸的候选位点。S3，不同鹿茸品种的SNP分析对梅花鹿、马鹿、杂交鹿一和杂交鹿二的鹿茸的SNP基因型如表1所示。表1不同鹿茸品种的SNP分析SNP序列梅花鹿马鹿杂交鹿一杂交鹿二SEQIDNO.1TGT/GT/GSEQIDNO.2GAG/AG/ASEQIDNO.3TCT/CT/CSEQIDNO.4TCT/CT/CSEQIDNO.5AGA/GA/GSEQIDNO.6TGT/GT/GSEQIDNO.7TCT/CT/CSEQIDNO.8TGT/GT/GSEQIDNO.9AGA/GA/GSEQIDNO.10AGA/GA/GSEQIDNO.11ACA/CA/CSEQIDNO.12GAG/AG/ASEQIDNO.13GAG/AG/ASEQIDNO.14CAC/AC/ASEQIDNO.15TCT/CT/CSEQIDNO.16TCT/CT/C二、利用上述SNP分子鉴定鹿茸品种的方法的具体步骤如下：S1、利用CTAB法提取待鉴定材料基因组DNA，4℃冰箱保存备用。使用时，用0.8％的琼脂糖检测DNA的浓度，稀释到工作浓度用于PCR扩增。S2、分别利用SEQIDNO.1-SEQIDNO.16各自对应的引物进行PCR扩增，分别得到16组扩增产物。其中，获得SEQIDNO.1-SEQIDNO.16的分子标记所对应使用的引物序列分别如SEQIDNO.17-SEQIDNO.18本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种鉴定鹿茸品种的分子标记，其特征在于，包括16个SNP，其序列分别如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.16所示。

【技术特征摘要】
1.一种鉴定鹿茸品种的分子标记，其特征在于，包括16个SNP，其序列分别如SEQIDNO.1-SEQIDNO.16所示。2.一种利用权利要求1所述的分子标记鉴定鹿茸品种的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1，提取待鉴定材料基因组DNA；S2，分别利用SEQIDNO.1-SEQIDNO.16各自对应的引物进行PCR扩增，分别得到16组扩增产物；其中，获得SEQIDNO.1-SEQIDNO.16的分子标记所对应使用的引物序列分别如SEQIDNO.17-SEQIDNO.18、SEQIDNO.19-SEQIDNO.20、SEQIDNO.21-SEQIDNO.22、SEQIDNO.23-SEQIDNO.24、SEQIDNO.25-SEQIDNO.26、SEQIDNO.27-SEQIDNO.28、SEQIDNO.29-SEQIDNO.30、SEQIDNO.31-SEQIDNO.32、SEQIDNO.33-SEQIDNO.34、SEQIDNO.35-SEQIDNO.36、SEQIDNO.37-SEQIDNO.38、SEQIDNO.39-SEQIDNO.40、SEQ...

【专利技术属性】
技术研发人员：巴恒星，李春义，
申请(专利权)人：中国农业科学院特产研究所，
类型：发明
国别省市：吉林,22