一种预测待测猪的初生窝重遗传性能的SNP位点组合及方法技术

本发明专利技术公开了一种预测待测猪的初生窝重遗传性能的SNP位点组合及方法。本发明专利技术所提供的SNP位点组合，由猪基因组中序列表中序列1自5’末端起第501位核苷酸、序列表中序列2自5’末端起第501位核苷酸、序列表中序列3自5’末端起第501位核苷酸、序列表中序列4自5’末端起第501位核苷酸和序列表中序列5自5’末端起第501位核苷酸组成。实验证明，采用本发明专利技术筛选的5个SNP位点预测可靠性值为0.033，相比BLUP方法提高了129.7％。因此，利用5个SNP位点来预测待测大白猪的初生窝重的遗传值，可以加快遗传进展，为育种者带来经济效益，具有重要的应用价值。

SNP loci combination and method for predicting the genetic performance of newborn litter weight in pigs

The invention discloses a SNP locus combination and method for predicting the genetic property of the newborn litter weight of a pig to be tested. SNP site provided by the invention, the pig genome sequence 1 in the sequence list from the 5 'end of 501st, the nucleotide sequence 2 in the sequence table from 5' end, 501st nucleotide sequence 3 in the sequence table from 5 'end, 501st nucleotide sequence 4 in the sequence table from the 5' end at the end of 501st and nucleotide sequence 5 in the sequence table from the 5 'end of 501st nucleotides. The experimental results show that the reliability value of 5 SNP loci screened by this method is 0.033, which is 129.7% higher than that of BLUP method. Therefore, to predict the measured large pig litter weight genetic value by 5 SNP loci, the genetic progress can be accelerated, and bring economic benefits for breeders, has important application value.

【技术实现步骤摘要】
一种预测待测猪的初生窝重遗传性能的SNP位点组合及方法
本专利技术涉及生物信息学领域及家畜育种领域，具体涉及一种预测待测猪的初生窝重遗传性能的SNP位点组合及方法。
技术介绍
在猪产业中，初生窝重是一个重要的经济指标，但初生窝重遗传力较低，表型选择、单标记选择都难以取得良好的选择效果。近年来，有研究者采用全基因组选择的方法来提高初生窝重性状的选择准确性，但全基因组选择需要覆盖整个基因组的遗传标记。目前在群体中进行大规模的全基因组遗传标记检测仍是一笔较大的开支。标记辅助最佳线性无偏预测(marker-assistedbestlinearunbiasedprediction，MBLUP)是对动物实施标记辅助选择(marker-assistedselection，MAS)的一种重要方法，其可以利用较少数量的遗传标记来提高传统的最佳线性无偏预测(BestLinearUnbiasedPrediction，BLUP)选择的准确性，在家畜育种中更具成本优势和推广前景。MBLUP的实施首先要获得目标性状关联位点。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是如何预测待测猪的初生窝重的遗传性能。1、为解决本文档来自技高网...

【技术保护点】
与猪的初生窝重遗传性能相关的SNP位点组合，由SNP1位点、SNP2位点、SNP3位点、SNP4位点和SNP5位点组成；所述SNP1位点为猪基因组中序列表中序列1自5’末端起第501位核苷酸；所述SNP2位点为猪基因组中序列表中序列2自5’末端起第501位核苷酸；所述SNP3位点为猪基因组中序列表中序列3自5’末端起第501位核苷酸；所述SNP4位点为猪基因组中序列表中序列4自5’末端起第501位核苷酸；所述SNP5位点为猪基因组中序列表中序列5自5’末端起第501位核苷酸。

【技术特征摘要】
1.与猪的初生窝重遗传性能相关的SNP位点组合，由SNP1位点、SNP2位点、SNP3位点、SNP4位点和SNP5位点组成；所述SNP1位点为猪基因组中序列表中序列1自5’末端起第501位核苷酸；所述SNP2位点为猪基因组中序列表中序列2自5’末端起第501位核苷酸；所述SNP3位点为猪基因组中序列表中序列3自5’末端起第501位核苷酸；所述SNP4位点为猪基因组中序列表中序列4自5’末端起第501位核苷酸；所述SNP5位点为猪基因组中序列表中序列5自5’末端起第501位核苷酸。2.预测待测猪的初生窝重遗传性能的系统，包括检测待测猪的所述SNP位点组合中各个SNP位点的基因型的试剂。3.如权利要求2所述的系统，其特征在于：所述系统还可包括将待测猪的所述SNP位点组合中各个SNP位点的基因型转换为待测猪的所述SNP位点组合的效应值的系统。4.权利要求1所述SNP位点组合在预测待测猪的初生窝重遗传性能中的应用。5.权利要求2或3所述系统在预测待测猪的初生窝重遗传性能中的应用。6.如序列表中的序列1所示的分子标记甲、或、如序列表中的序列2所示的分子标记乙、如序列表中的序列3所示的分子标记丙、或、如序列表中的序列4所示的...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑华，苗泽圃，魏强，蒙小云，杨漫漫，陈茜，李勇，方铭，陈涛，
申请(专利权)人：深圳华大基因研究院，深圳市农牧实业有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44