用于确定患有BRAF‑阳性癌症的患者为BRAF抑制剂非响应者且为MAPK/ERK抑制剂响应者的工具和方法技术

本发明专利技术涉及诊断学领域，特别是癌症诊断。更具体地，本发明专利技术涉及用于确定患有BRAF‑阳性癌症的对象是否为BRAF抑制剂的非响应者，和/或MAPK/ERK抑制剂的响应者，涉及用于诊断癌症的方法，涉及用于评估对象对目标疗法的响应性的方法，以及涉及用于评估对象的癌症的方法。此外，本发明专利技术还涉及用于诊断癌症的试剂盒和设备。进一步地，本发明专利技术涉及MAPK/ERK抑制剂，其用于治疗患有BRAF‑阳性癌症的对象。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于确定患有BRAF-阳性癌症的患者为BRAF抑制剂非响应者且为MAPK/ERK抑制剂响应者的工具和方法本专利技术涉及诊断学领域，特别是癌症诊断。更具体地，本专利技术涉及用于确定患有BRAF-阳性癌症的对象是否为BRAF抑制剂的非响应者，和/或MAPK/ERK抑制剂的响应者，用于诊断癌症的方法，用于评估对象对靶向疗法的响应性的方法，以及用于评估对象的癌症的方法。此外，本专利技术还涉及用于诊断癌症的试剂盒和设备。进一步地，本专利技术涉及MAPK/ERK抑制剂，其用于治疗患有BRAF-阳性癌症的对象。用于晚期疾病的黑素瘤疗法在最近几年取得了巨大的进展1-3，但一些患者对靶向疗法原生内在抗性，以及在大多数其他患者中的延迟获得性抗性的发作，仍构成转移性黑素瘤的临床管理的主要挑战4。然而，下一代测序(NGS)技术的出现允许解决常规疗法如何影响患者体内遗传变异的异质情形，以及确定治疗抗性的来源的问题。除了阐明癌症进展的新机制，NGS应用还提供了用于随时间的克隆多样性变化的量化和建模的大型数据集。在一些癌症中，整体遗传多样性量度已显示预示肿瘤进展5。特别地，转移性黑素瘤具有任何癌症中最高的突变率之一本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于确定患有BRAF‑阳性癌症的对象是否为BRAF抑制剂非响应者和/或为MAPK/ERK抑制剂响应者的方法，所述方法包括以下步骤：(a) 测定所述对象的样品中是否至少在NRAS基因中存在至少一个突变；和(b) 如果已测定出在NRAS基因中的所述至少一个突变，则将所述对象确定为BRAF抑制剂非响应者和MAPK/ERK抑制剂响应者。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.07.14 EP 14176944.81.用于确定患有BRAF-阳性癌症的对象是否为BRAF抑制剂非响应者和/或为MAPK/ERK抑制剂响应者的方法，所述方法包括以下步骤：(a)测定所述对象的样品中是否至少在NRAS基因中存在至少一个突变；和(b)如果已测定出在NRAS基因中的所述至少一个突变，则将所述对象确定为BRAF抑制剂非响应者和MAPK/ERK抑制剂响应者。2.权利要求1的方法，其中所述方法进一步包括测定BRAF基因中至少一个突变的存在与否，由此所述至少一个突变的存在进一步将所述对象确定为BRAF抑制剂非响应者和MAPK/ERK抑制剂响应者。3.权利要求1或2的方法，其中所述BRAF-阳性癌症是黑素瘤癌症。4.权利要求1至3中任一项的方法，其中所述BRAF-阳性癌症由源自单细胞克隆的细胞群组成。5.权利要求4的方法，其中所述细胞群的细胞在其基因组中包含在BRAF基因中的至少一个突变和在NRAS基因中的至少一个突变。6.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述BRAF-抑制剂是BRAF活性的小分子抑制剂，并且优选LGX818、PLX4032和/或GSK2118436。7.权利要求1至6中任一项的方法，其中所述MAPK/ERK抑制剂是MEK或ERK活性的小分子抑制剂，并且优选GSK1120212、MEK162，并且所述ERK活性的抑制剂是SCH772984。8.权利要求1至7中任一项的方法，其中所述NRAS基因的突变导致在对应于人NRAS蛋白的外显子2的氨基酸61的位置的氨基酸取代。9.权利要求8的方法，其中所述氨基酸取代是谷氨酰胺至赖氨酸的取代(Q61K)、谷氨酰胺至精氨酸的取代(Q61R)，或谷氨酰胺至亮氨酸的取代(Q61L)。10.权利要求2至9中任一项的方法，其中所述BRAF基因的突变导致在对应于人BRAF蛋白的外显子15的氨基酸600的位置的氨基酸取代。11.权利要求10的方法，其中所述氨基酸取代是缬氨酸至谷氨酸的取代(V600E)、缬氨酸至赖氨酸的取代(V600K)、缬氨酸至精氨酸的取代(V600R)，或缬氨酸至天冬氨酸的取代(V600D)。12.权利要求1至11中任一项的方法，其中通过以下测定NRAS核酸的催化亚基的外显子2中的所述至少一个突变的存在：a)使来自所述对象的样品中的核酸接触一种或多种选自以下的基因座特异性寡核苷酸：GGTGAAACCTGTTTGTTGGACAT(SEQIDNO:7)；TGTATTGGTCTCTCATGGCACTGT(SEQIDNO:8)；GATAGGCAGAAATGGGCTTGA(SEQIDNO:9)；和ATCATCCTTTCAGAGAAAATAATGC(SEQIDNO:10)；b)在允许所述寡核苷酸与其在NRAS核酸中的靶序列的特异性杂交的条件下温育所述样品；c)检测所述杂交；和d)基于步骤c)中检测的所述杂交测定所述至少一个突变。13.权利要求12的方法，其中步骤b)进一步包括生成包含NRAS核酸内的靶序列的扩增产物的步骤，其通过使用以下寡核苷酸引物中的一个或两个扩增样品中的NRAS核酸：具有SEQIDNO:11的正向寡核苷酸引物和具有SEQIDNO:12的反向寡核苷酸引物。14.权利要求2至13中任一项的方法，其中通过以下测定BRAF核酸的催化亚基的外显子15中的所述至少一个突变的存在：a)使来自所述对象的样品中的核酸接触一种或多种选自以下的基因座特异性寡核苷酸：CTAAGAGGAAAGATGAAGTACTATG(SEQIDNO:1)；CTAGTAACTCAGCAGCATCTCAG(SEQIDNO:2)；CTACTGTTTTCCTTTACTTACTACACCTCAGA(SEQIDNO:3)；和ATCCAGACAACTGTTCAAACTGAT(SEQIDNO:4)；b)在允许所述寡核苷酸与其在BRAF核酸中的靶序列的特异性杂交的条件下温育所述样品；c)检测所述杂交；和d)基于步骤c)中检测的所述杂交测定所述至少一个突变。15.权利要求14的方法，其中步骤b)进一步包括生成包含BRAF核酸内的靶序列的扩增产物的步骤，其通过使用以下寡核苷酸引物中的一个或两个扩增样品中的NRAS核酸：具有SEQIDNO:5的正向寡核苷酸引物和具有SEQIDNO:6的反向寡核苷酸引物。16.权利要求1至15中任一项的方法，其中所述方法进一步包括如果所述对象已经被确定为BRAF抑制剂非响应者和MAPK/ERK抑制剂响应者，则向所述对象推荐MAPK/ERK抑制剂药物的施用。17.MAPK/ERK抑制剂，其用于治疗患有BRAF-阳性癌症的对象，由此已发现所述癌症：(i)至少具有在NRAS基因中的至少一个突变，或(ii)至少具...

【专利技术属性】
技术研发人员：MP莱韦斯克，R杜默，D维德默，MIG拉伊吉马克斯，
申请(专利权)人：苏黎世大学医学与自然科学院，
类型：发明
国别省市：瑞士,CH