确定群体中受到选择作用的位点的方法和装置制造方法及图纸

本发明专利技术公开一种确定群体中受到选择作用的位点的方法，方法包括以下步骤：获得群体样本的核酸测序数据，群体样本来自一个物种的多个个体，群体样本能够依据n对预定指标分成2n个一级亚群体，n为自然数；基于核酸测序数据，检测以获得群体SNP数据，群体SNP数据包括多个一级亚群体SNP数据；基于群体SNP数据，比较不同一级亚群体的多态性的差异，以确定受到选择作用的SNP，受到选择作用的SNP即为所称的受到选择作用的位点。本发明专利技术还提供一种确定群体中受到选择作用位点的装置和系统。利用本发明专利技术的方法、装置和/或系统，能够准确判定出群体中受到选择作用的位点。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物学领域，特别地，涉及群体遗传学领域，更特别地，本专利技术涉及一种确定群体中受到选择作用的位点的方法和一种确定群体中受到选择作用的位点的装置。
技术介绍
随着二代测序(nextgenerationsequencing，NGS)技术的成熟和成本的逐步降低，各项以此为基础、用于不同目的的研究技术层出不穷。RNA-Seq是一种基于NGS，通过对样品的转录组(transcriptome)进行测序，主要用于揭示样本中基因表达规律的技术，现已被广泛运用。同时，RNA-Seq的测序数据也可用于检测整个基因组转录区域的多态性位点，包括SNP位点。
技术实现思路
依据本专利技术的一方面，本专利技术提供一种确定群体中受到选择作用的位点的方法，所述选择作用包括人工选择作用和自然选择作用的至少一种，该方法包括以下步骤：(1)获得群体样本的核酸测序数据，所述群体样本来自一个物种的多个个体，任选的，所述群体样本来自一个物种多个个体的相同组织或者一个物种的多个个体的相同部位，所述群体样本能够依据n对预定指标划分成2n个一级亚群体，n为自然数；(2)基于(1)中的核酸测序数据，检测以获得群体SNP数据本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种确定群体中受到选择作用的位点的方法，所述选择作用包括人工选择作用和自然选择作用的至少一种，其特征在于，包括以下步骤：(1)获得群体样本的核酸测序数据，所述群体样本来自一个物种的多个个体，任选的，所述群体样本来自一个物种多个个体的相同组织或者一个物种的多个个体的相同部位，所述群体样本能够依据n对预定指标划分成2n个一级亚群体，n为自然数；(2)基于(1)中的核酸测序数据，检测以获得群体SNP数据，所述群体SNP数据包括多个一级亚群体SNP数据；(3)基于(2)中的群体SNP数据，比较不同一级亚群体的多态性的差异，以确定受到选择作用的SNP，所述受到选择作用的SNP为所述受到选择作用的位点。

【技术特征摘要】
1.一种确定群体中受到选择作用的位点的方法，所述选择作用包括人工选择作用和自然选择作用的至少一种，其特征在于，包括以下步骤：(1)获得群体样本的核酸测序数据，所述群体样本来自一个物种的多个个体，任选的，所述群体样本来自一个物种多个个体的相同组织或者一个物种的多个个体的相同部位，所述群体样本能够依据n对预定指标划分成2n个一级亚群体，n为自然数；(2)基于(1)中的核酸测序数据，检测以获得群体SNP数据，所述群体SNP数据包括多个一级亚群体SNP数据；(3)基于(2)中的群体SNP数据，比较不同一级亚群体的多态性的差异，以确定受到选择作用的SNP，所述受到选择作用的SNP为所述受到选择作用的位点。2.权利要求1的方法，其特征在于，在进行(3)之前或者进行(3)之后，包括：基于所述群体SNP数据，对所述群体进行群体结构分析，获得群体结构分析结果；任选的，进行所述群体结构分析包括构建系统发育树、主成分分析和STRUCTURE分析中的至少之一。3.权利要求2的方法，其特征在于，基于所述群体结构分析结果，对所述群体样本进行划分，以获得的划分结果替代所述一级亚群体。4.权利要求1-3任一方法，其特征在于，所述群体样本的核酸测序数据由组成群体样本的每个个体样本的核酸测序数据组成，每个个体样本的核酸测序数据不少于4G。5.权利要求1-3任一方法，其特征在于，所述核酸测序数据为转录本测序数据。6.权利要求1-3任一方法，其特征在...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈伟芬，余胜，王莹，王崇志，何伟明，
申请(专利权)人：深圳华大基因科技服务有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44