生物样本库应用管理系统技术方案

本发明专利技术公开了一种生物样本库应用管理系统，包括样本数据采集子系统、样本数据管理子系统、样本数据挖掘子系统、样本数据应用子系统和生物样本数据仓库；样本数据采集子系统用于采集样本数据并上传至生物样本数据仓库；样本数据管理子系统用于记录在运输和储存样本的过程中所产生的管理数据并上传至生物样本数据仓库；样本数据挖掘子系统用于调取样本数据和/或管理数据并进行数据挖掘，产生辅助决策依据；样本数据应用子系统用于根据辅助决策依据制定应用策略。本发明专利技术弥补了现有技术中处于各阶段的样本及相关数据不能相互关联的不足，将各个子系统结合在一起，提高了生物样本库运行管理的质量，明确了生物样本库的应用转化方向。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及医疗、生物和健康管理领域，尤其涉及一种生物样本库应用管理系统。
技术介绍
生物样本库作为医学研究、生命健康研究的重要资源，是转化医学、精准医学、个体化医学等研究的基石。建立高质量的生物样本库对于揭示生命健康，疾病发生发展的原因、机制，探索新的治疗途径及健康预警与指导，开拓新的诊治手段，优化医药研发的资源配置都有极其重要的意义。近年来，恶性肿瘤、心脑血管病、内分泌和代谢病等慢性病的发病率逐年上升，亚健康人群的大规模增加、人口老龄化趋势不断蔓延，都是当今重要的公共卫生议题；建立大规模、以人群为基础的生物样本库，成为当前医学研究、提高生命健康水平的重要基础性工作之一。因此建立一种高质量、全方位、立体化的生物样本库应用管理系统，成为生物样本库建立、运行、管理、成果转化的必要条件。但由于目前信息系统的局限，导致生物样本库建设、高速发展遇到如下瓶颈:1、在样本采集时，现有系统没有实时对接样本采集全过程数据，导致样本采集阶段数据形成孤岛，未来的数据使用时，只能通过从体检或LIS(实验室信息管理系统)或单独开发的调查问卷系统导出历史数据进行查询，这样的数据对生物样本库来说是片段式的，也对将来数据应用造成了阻碍。2、在样本库运行管理过程中，往往是不同软件厂商完成了不同的功能，没有很好的集成。样本存储定位是一套系统、样本实验室检验单独的系统、样本库监控报警独立系统、样本库的液氮罐温度监控又是一套系统。各个系统独立运行，对样本整体管理造成阻碍。举例来说，样本全生命周期的温度记录采用的是分段监控、通常是冷链运输、出入库等几个系统单独记录存储数据，不能很好的针对单一样本串联全生命周期的温度曲线，这导致不能对样本流转过程中的每一步，进行温度预警报警处置，对样本未来使用质量的追溯，造成阻碍。3、样本数据挖掘时，由于异地、大规模的生物样本库群的数据不仅包括样本源本身的位置信息，同时也包括了与其相对应的子样本数据、各类实验室数据、样本源的各类临床数据、随访数据、查体数据等，其数据量相当之大，而现有的样本库管理系统，功能单一，对如此大量的数据扩展能力不足，导致数据仓库的建立受阻，无法对样本进行多维度的数据查询统计，不利于生物样本库整体数据的挖掘、样本源数据模型的建立。举例来说想要分析存储者的综合健康水平，需要得到存储者的诸如影像资料、住院资料、心电等生理检查、体格检查、诊断信息、处方信息、实验室检测、以及基本存储者的基本信息，才可以完成统计学模型。4、样本数据应用时，由于没有一整套完整的系统，以及多维度的样本源数据仓库，导致数据共享、数据转化难以实现高产值回报。
技术实现思路
本专利技术要解决的技术问题是为了克服现有技术中处于各阶段的样本及相关数据不能相互关联的缺陷，提供一种生物样本库应用管理系统。本专利技术是通过下述技术方案解决上述技术问题的:一种生物样本库应用管理系统，其特点是，包括一样本数据采集子系统、一样本数据管理子系统、一样本数据挖掘子系统、一样本数据应用子系统和一生物样本数据仓库；所述样本数据采集子系统用于采集样本数据并将样本数据上传至所述生物样本数据仓库；所述样本数据管理子系统用于记录在运输和储存样本的过程中所产生的管理数据并将管理数据上传至所述生物样本数据仓库；所述样本数据挖掘子系统用于从所述生物样本数据仓库中调取样本数据和/或管理数据并进行数据挖掘，产生辅助决策依据；所述样本数据应用子系统用于根据所述辅助决策依据制定应用策略。本技术方案通过样本数据采集子系统、样本数据管理子系统二者有机科学结合，扩大生物样本库数据采集的范围，提高样本库的管理效率和质量；通过样本数据挖掘子系统，以生物信息学的挖掘技术，找到数据之间的组织关系，发现数据价值金矿；通过样本数据应用子系统，将样本库的成果转化，促进整个健康产业的发展。较佳地，所述样本数据采集子系统还用于通过开放的数据接口实时地将样本数据上传至所述生物样本数据仓库；所述样本数据管理子系统还用于通过开放的数据接口实时地将管理数据上传至所述生物样本数据仓库。本技术方案保证了样本数据和管理数据的快速上传，有利于数据的共享。较佳地，所述样本数据采集子系统还用于将经过ETL (用来描述将数据从来源端经过抽取(extract)、转换(transform)、加载(load)至目的端的过程)处理的样本数据上传至所述生物样本数据仓库；所述样本数据管理子系统还用于将经过ETL处理的管理数据上传至所述生物样本数据仓库。其中，经过ETL处理的样本数据和管理数据能够保证生物样本数据仓库中的数据的准确性，为样本数据挖掘子系统和样本数据应用子系统的顺利实现提供良好的保障。较佳地，每个样本具有唯一标识的样本米集ID (身份识别号码)。本技术方案有利于样本的识别，防止数据出现混乱。较佳地，所述样本数据采集子系统还包括一健康查体模块、一逻辑判断模块、一样本米集模块、一数据接口模块、一综合报告模块和一收费模块；所述健康查体模块用于通过健康查体、调查问卷的形式，获取样本源的基础信息及临床信息；所述逻辑判断模块用于根据健康查体模块获取的基础信息及临床信息，对样本源进行存储前的合格性判断；所述样本采集模块用于从样本源采集样本，获得样本数据，并将样本移交冷链运输；所述数据接口模块用于将样本数据上传至所述生物样本数据仓库；所述综合报告模块用于输出样本源的综合报告；所述收费模块用于根据实际情况收取样本采集费用。较佳地，所述样本数据管理子系统还包括一冷链运输模块、一样本接收模块、一样本处理模块、一样本冻存管理模块、一实验室检测模块、一环境监控模块、一样本质控模块和一样本审批模块；所述冷链运输模块用于样本冷链运输的管理；所述样本接收模块用于样本接收的管理；所述样本处理模块用于样本分装和样本暂存的管理；所述样本冻存管理模块用于进行样本定位查询、出入库和移库的管理；所述实验室检测模块用于进行实验室检测、样本培养、样本复苏、样本污染检测的管理；所述环境监控模块用于样本存储温度、氧浓度和二氧化碳浓度检测的管理；所述样本质控模块用于样本污染检测的管理；所述样本审批模块用于样本操作步骤的权限控制以及数据签名的控制管理。较佳地，所述样本数据挖掘子系统包括一数据挖掘模块和一辅助决策模块；所述数据挖掘模块用于通过OLAP (联机分析处理)服务，使用挖掘算法对基因树、遗传背景与基因的关系、全基因的测序、家庭的生活习惯与饮食以及遗传因素中的一种或几种数据进行挖掘； 所述辅助决策模块用于通过对生物样本数据仓库的挖掘，建立生物样本库运行管理辅助决策模型，产生辅助决策依据；较佳地，所述样本数据应用子系统包括一知识库模块和一数据共享模块；所述知识库模块用于通过辅助决策依据，形成知识库并数据再利用；所述数据共享模块用于数据资源的申请与使用。在符合本领域常识的基础上，上述各优选条件，可任意组合，即得本专利技术各较佳实例。本专利技术的积极进步效果在于:本专利技术提高了生物样本库运行管理的质量，明确了生物样本库的应用转化方向，突破了生物样本库高投资成本的商业成果转化难题，规范了样本库数据采集、管理的要素，促进了个性化医学、精准医学、转化医学的发展，保障受益者的健康，缓解老龄化社会带来的健康问题。【附图说明】图1为本专利技术的实施例的生物样本库应用管理系统的系统示本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种生物样本库应用管理系统，其特征在于，包括一样本数据采集子系统、一样本数据管理子系统、一样本数据挖掘子系统、一样本数据应用子系统和一生物样本数据仓库；所述样本数据采集子系统用于采集样本数据并将样本数据上传至所述生物样本数据仓库；所述样本数据管理子系统用于记录在运输和储存样本的过程中所产生的管理数据并将管理数据上传至所述生物样本数据仓库；所述样本数据挖掘子系统用于从所述生物样本数据仓库中调取样本数据和/或管理数据并进行数据挖掘，产生辅助决策依据；所述样本数据应用子系统用于根据所述辅助决策依据制定应用策略。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：许琳，刘晓童，何晓文，王琳娜，黄壮之，
申请(专利权)人：上海原能细胞医学技术有限公司，北京原能细胞医学研究院有限公司，上海原能细胞科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31