用于治疗听力障碍和平衡障碍的双链寡核苷酸化合物制造技术

本申请涉及双链核酸化合物、包含所述双链核酸化合物的组合物以及在有此需要的受试者中用其治疗听力损失的方法。所述化合物优选地是化学合成的且修饰的dsRNA分子，其抑制选自由以下组成的组中表达的基因的表达：HES1、HES5、HEY1、HEY2、ID1、ID2、ID3、CDKN1B以及NOTCH1。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于治疗听力障碍和平衡障碍的双链寡核苷酸化合物相关申请本申请要求2011年8月3日提交的标题为“Compounds, Compositions andMethods For Treating Hearing Loss” 的美国临时申请系列号 61/514, 541 和 2012 年 I 月12 日提交的标题为“Compounds, Compositions and Methods For Treating Hearing Loss”的美国临时申请系列号61/585，672的权益，为了所有目的将所述临时申请通过引用整体并入本文。序列表本申请通过引用并入存在于名为“ 120803_2094_84407_PCT_Sequence_Listing_BI”的文 件中的核苷酸和/或氨基酸序列，该文件大小为5.097兆，且以具有与MS-Windows的操作系统兼容性的IBM-PC机格式创建于2012年8月3日，并随本申请提交。专利
本专利技术涉及化合物、包含所述化合物的药物组合物以及使用其下调包含HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKNlB或N0TCH1的与听力损失有关的基因的方法，所述基因的抑制有益于用于治疗听力损失，治疗平衡障碍(balance impairment)，促进替代、再生或保护内耳耳毛(感觉)细胞或实现听力恢复/再生。专利技术背景siRNA 和 RNA 干扰RNA干扰(RNAi )是涉及双链(ds) RNA-依赖的基因特异性转录后沉默的现象。_9] 听力障碍/听力损失后天性听力障碍/听力损失可由几个因素引起，包含例如，暴露于有害噪声水平、机械性内耳创伤、衰老过程、暴露于毒性药物诸如但不限于顺钼和氨基糖苷类抗生素以及衰老。属于本申请的受让人的PCT申请公布号W02007084684和W02009/147684涉及在治疗听力障碍和听力疾病中有用的化合物及组合物。属于本申请的受让人的美国专利号7，825，099涉及p53寡核苷酸抑制剂用于治疗听力障碍的用途。需要在治疗或减弱听力损失，治疗平衡损伤，促进替代、再生或保护内耳耳(感觉)毛细胞和或实现听力恢复/再生有用的分子、组合物、方法及药盒。专利技术概沭本文中提供用于下调HESl、HES5、HEYl、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKNlB 或 NOTCHl 表达的核酸分子、包含所述核酸分子的组合物以及药盒及其使用方法。该组合物、方法及药盒可涉及应用核酸分子(例如，短干扰核酸(siNA)、短干扰RNA (siRNA)、双链RNA (dsRNA)、微小 RNA (miRNA)或短发夹 RNA (shRNA))，其结合编码 HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、⑶KNlB或N0TCH1的核苷酸序列(例如mRNA序列)或其部分，例如，用于人HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDU ID2、ID3、或 CDKNlB 的 mRNA 编码序列(SEQ ID NO: 1-11)，编码一种或多种由SEQ ID NO: 12-22列举的蛋白质或蛋白质亚基。在某些优选的实施方案中，本文中公开的分子、组合物、方法及药盒下调或抑制HES1、HES5、HEYU HEY2、IDU ID2、ID3、CDKNlB基因的表达。在各种实施方案中，所述核酸分子选自由以下组成的组中:未修饰的或化学修饰的dsRNA 化合物，例如，下调 HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDU ID2、ID3、CDKNlB 或 NOTCHl 表达的siRNA 或 shRNA。在一些优选的实施方案中，所述抑制剂是下调HESl表达的合成的、化学修饰的双链RNA (dsRNA)化合物。在某些优选的实施方案中，“HES1”是指人HESl。在一些优选的实施方案中，所述抑制剂是下调HES5表达的合成的、化学修饰的双链RNA(dsRNA)化合物。在某些优选的实施方案中，“HES5 ”是指人HES5。在一些优选的实施方案中，所述抑制剂是下调HEYl表达的合成的、化学修饰的双链RNA (dsRNA)化合物。在某些优选的实施方案中，“HEY1”是指人HEYl。在一些优选的实施方案中，所述抑制剂是下调HEY2表达的合成的、化学修饰的双链RNA (dsRNA)化合物。在某些优选的实施方案中，“HEY2”是指人HEY2。在一些优选的实施方案中，所述抑制剂是下调IDl表达的合成的、化学修饰的双链RNA (dsRNA)化合物。在某些优选的实施方案中，“ID1”是指人ID1。在一些优选的实施方案中，所述抑制剂是下调ID2表达的合成的、化学修饰的双链RNA (dsRNA)化合物。在某些优选的实施方案中，“ID2”是指人ID2。在一些优选的实施方案中，所述抑制剂是下调ID3表达的合成的、化学修饰的双链RNA (dsRNA)化合物。在某些优选的实施方案中，“ID3”是指人ID3。在一些优选的实施方案中，所述抑制剂是下调CDKNlB表达的合成的、化学修饰的双链RNA(dsRNA)化合物。在某些优选的实施方案中，“⑶KN1B”是指人⑶KN1B。在一些优选的实施方案中，所述抑制剂是下调NOTCHl表达的合成的、化学修饰的双链RNA (dsRNA)化合物。在某些优选的实施方案中，NOTCHl ”是指人NOTCHl。在各种实施方案中，优选针对两个或多个靶基因的dsRNA组合。在某些优选的实施方案中，“靶基因”是指人基因HESl、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKNlB或NOTCHl。在一些实施方案中，优选的靶基因选自由以下组成的组中:HES1、HES5、HEY2、CDKNlB 和 N0TCH1。当与相应的未修饰的核酸分子相比时，本文中提供的化学修饰的核酸分子及组合物显示包含以下的至少一种的有益的性质:增加的血清稳定性、提高的细胞摄取、降低的脱靶(off-target)活性、降低的免疫原性、提高内体释放、提高的至靶组织或细胞的特异递送以及的增加敲低/下调活性。本文中还公开了在有此需要的受试者中用于治疗或预防病症、疾病、损伤或病况的发生或严重程度的方法，其中所述疾病或病况和/或与其相关的症状或病理与HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKNlB或NOTCHl基因的表达相关，例如，内耳的病症、疾病、损伤、病况或病理。在一些实施方案中，所述受试者是哺乳动物。在优选的实施方案中，所述受试者是人受试者。在具体的实施方案中，本文中提供了靶向HES1、HES5、HEY1、HEY2、IDU ID2、ID3、⑶KNlB或NOTCHl的化学修饰的dsRNA化合物、包含所述dsRNA化合物的组合物和药盒及其在治疗耳(耳、听觉)的病况或病理、尤其涉及内耳的耳(感觉)毛细胞死亡的病理中的使用方法。治疗的其他病况包含在其中HESl、HES5、HEY1、HEY2、IDl、ID2、ID3、CDKN1B或NOTCHl表达不利的任何病况，然后被用本专利技术的化合物治疗。在一个方面，提供核酸分子(例如，dsRNA分子)，其中(a)所述核酸分子是包含有义链和互补反义链的双链体；(b)所述核酸分子的每条链的长度独立地是18至49个核苷酸；(c)所述反义链的18至49个核苷酸的本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种双链核酸分子，所述双链核酸分子具有以下所示的结构（A2）：（A2）       5’    N1‑(N)x‑Z           3’(反义链)             3’ Z’‑N2‑(N’)y‑z”      5’(有义链)其中N2、N和N’的每一个是未修饰的或修饰的核糖核苷酸或非常规部分；其中(N)x和(N’)y的每一个是其中每一个连续的N或N’通过共价键连接至相邻的N或N’的寡核苷酸；其中x和y的每一个独立地为17与39之间的整数；其中(N’)y的序列与(N)x的序列具有互补性，并且(N)x与HES1 mRNA（SEQ ID NO:1）内的连续序列具有互补性；其中N1共价地结合至(N)x，并且与所述HES1 mRNA错配或为与所述HES1 mRNA互补的脱氧核糖核苷酸部分；其中N1为选自由以下组成的组中的部分：天然的或修饰的尿苷、脱氧核糖尿苷、核糖胸苷、脱氧核糖胸苷、腺苷或脱氧腺苷；其中z”可存在或不存在，但如果存在，则为在N2‑(N’)y的5’末端上共价连接的加帽部分；以及其中Z和Z’的每一个独立地存在或不存在，但如果存在，则独立地为在其所存在的链的3’末端上共价连接的1‑5个连续的核苷酸、连续的非核苷酸部分或其组合。...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2011.08.03 US 61/514,541;2012.01.12 US 61/585,6721.一种双链核酸分子，所述双链核酸分子具有以下所示的结构(A2): (A2) 5’ N1-(N)x-Z 3’(反义链) 3’ Z’ -N2-(N’)y-z” 5’(有义链) 其中N2、N和N’的每一个是未修饰的或修饰的核糖核苷酸或非常规部分； 其中(N)X和(N’)y的每一个是其中每一个连续的N或N’通过共价键连接至相邻的N或N’的寡核苷酸； 其中χ和y的每一个独立地为17与39之间的整数； 其中(N’)y的序列与(N)X的序列具有互补性，并且(N)X与HESlmRNA (SEQ ID NO:1)内的连续序列具有互补性； 其中N1共价地结合至(N) X，并且与所述HESl mRNA错配或为与所述HESl mRNA互补的脱氧核糖核苷酸部分； 其中N1为选自由以下组成的组中的部分:天然的或修饰的尿苷、脱氧核糖尿苷、核糖胸苷、脱氧核糖胸苷、腺苷或脱氧腺苷； 其中z”可存在或不存在，但如果存在，则为在N2-(N’ )y的5’末端上共价连接的加帽部分；以及 其中Z和V的每一个独立地存在或不存在，但如果存在，则独立地为在其所存在的链的3’末端上共价连接的1-5个连续的核苷酸、连续的非核苷酸部分或其组合。2.如权利要求1所述的双链核酸分子，其中x=y=18。3.如权利要求2所述的双链核酸分子，所述双链核酸分子包含选自描述为HES1_14(SEQ ID NO:26681 和 26669)以及 HES1_36 (SEQ ID NO:26690 和 26678)的核酸的(N)X 和(N，)y。4.如权利要求3所述的双链核酸分子，其中(N)X为SEQID NO:26681而(N，)y为SEQID NO:26669 ο5.如权利要求4所述的双链核酸分子，其中(N)X为SEQID NO:26681而(N，)y为SEQID NO:26669 ;其中(N)X包含2’ OMe糖修饰的核糖核苷酸以及任选的在位置5、6或7的至少一个中的2’ -5’核糖核苷酸；其中(N’)y包含至少一个2’ 5’核糖核苷酸或2’ OMe修饰的核糖核苷酸；其中z”是存在的；并且其中Z和V的每一个是存在的，而且由共价连接至其所存在的链的3’末端的非核苷酸部分组成。6.如权利要求5所述的双链核酸分子，其中(N)X包含在位置1、3、9、11、15和18(5’ >3’)中的2’ OMe糖修饰的核糖核苷酸；而其中(N’)y包含在位置I中的2’ OMe糖修饰的核糖核苷酸，和在3’末端位置15、16、17、18和19 (5’ >3’)中的5个连续的2’ 5’核糖核苷酸。7.如权利要求5所述的双链核酸分子，其中(N)X包含在位置1、3、9、11、14、15和18(5’ >3’)中的2’ OMe糖修饰的核糖核苷酸，以及在位置7中的2’ 5’核糖核苷酸；而其中(N’)y包含在位置I中的2’OMe糖修饰的核糖核苷酸，以及在3’末端位置15、16、17、18及19 (5’ >3’)中的5个连续的2’ 5’核糖核苷酸。8.如权利要求5所述的双链核酸分子，其中(N)X包含在位置1、3、9、11、14、15和18(5’ >3’)中的2’ OMe糖修饰的核糖核苷酸，以及存在于位置7中的2’ 5’核糖核苷酸；而其中(N’)y包含在位置1、4、8、10、12和16中的2’ OMe糖修饰的核糖核苷酸。9.如权利要求4至8中的任一项所述的双链核酸分子，其中z”包含反向无碱基部分；其中V包含C3Pi部分；而其中Z包含C3P1-C30H部分。10.如权利要求3所述的双链核酸分子，其中(N)X为SEQID NO:26690而(N’)y为SEQID NO:26678 ο11.如权利要求10所述的双链核酸分子，其中(N)X为SEQID NO:26690而(N，)y为SEQ ID NO:26678 ;其中(N)X包含2’ OMe糖修饰的核糖核苷酸以及任选的在位置5、6或7的至少一个中的2’ -5’核糖核苷酸；其中(N’)y包含至少一个2’ 5’核糖核苷酸或2’ OMe修饰的核糖核苷酸；其中z”存在；并且其中Z和V的每一个存在，而且由共价连接至其所存在的链的3’末端的非核苷酸部分组成。12.如权利要求11所述的双链核酸分子，其中(N’)χ包含在位置3、9、11及15中的2’ OMe糖修饰的核糖核苷酸；而其中(N’)y包含在3’末端位置15、16、17、18及19中的5个2’ 5’核糖核苷酸。13.如权利要求10至12中的任一项所述的双链核酸分子，其中z”包含反向无碱基部分；其中V包含C3Pi部分；而其中Z包含C3P1-C30H部分。14.如权利要求1或2所述的双链核酸分子，所述双链核酸分子包含选自描述为以下的核酸的反义链及有义链:HES1_12(SEQ ID NO:26679 和 26667)、HES1_13(SEQ ID NO:26680和 26668)、HES1_16(SEQ ID NO:26682 和 26670)、HES1_19(SEQ ID NO:26683 和 26671)、HES1_20(SEQ ID NO:26684 和 26672)、HES1_21(SEQ ID NO:26685 和 26673)、HES1_22(SEQID NO:26686 和 26674)、HES1_24(SEQ ID NO:26687 和 26675)、HES1_28(SEQ ID NO:26688 和26676)以及 HES1_33 (SEQ ID NO:26689 和 26677)。15.如前述权利要求中的任一项所述的双链核酸分子，其中所述共价键是磷酸二酯键。16.如权利要求1至15中的任一项所述的双链核酸分子，所述双链核酸分子用于减少在耳细胞中HESl的表达。17.—种组合物，所述组合物包含如权利要求17所述的双链核酸分子；以及药学上可接受的载体。18.一种在受试者中治疗听力障碍/听力损失的方法，其中HESl基因的表达与所述听力障碍/听力损失的病因或进展有关，所述方法包含向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求18所述的组合物，从而在所述受试者中治疗所述听力障碍/听力损失。19.一种在受试者中治疗平衡障碍的方法，其中HESl基因的表达与所述平衡障碍的病因或进展有关，所述方法包含向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求18所述的组合物，从而在所述受试者中治疗所述平衡障碍。20.一种在受试者中预防内耳耳(感觉)毛细胞损失的方法，其中HESl基因的表达与内耳耳(感觉)毛细胞损失的病因学或进展有关，所述方法包含向所述受试者施用治疗有效量的如权利要求18所述的组合物，从而在所述受试者中预防所述内耳耳(感觉)毛细胞损失。21.—种双链核酸分子，所述双链核酸分子具有以下所示的结构(A2): (A2) 5’ N1-(N)x-Z 3’(反义链)3’ Z’-N2-(N’)y-z” 5’(有义链) 其中N2、N和N’的每一个是未修饰的或修饰的核糖核苷酸或非常规部分； 其中(N)X和(N’)y的每一个是其中每一个连续的N或N’通过共价键连接至相邻的N或N’的寡核苷酸； 其中χ和y的每一个独立地为17与39之间的整数； 其中(N’ )y的序列与(N)x的序列具有互补性，并且(N)x与靶基因内的连续序列具有互补性； 其中N1共价地结合至(N) X，并且与所述靶基因错配或为与所述靶基因互补的脱氧核糖核苷酸部分； 其中N1为选自由以下组成的组中的部分:天然的或修饰的尿苷、脱氧核糖尿苷、核糖胸苷、脱氧核糖胸苷、腺苷或脱氧腺苷； 其中z”可存在或不存在，但如果存在，则为在N2-(N’ )y的5’末端上共价连接的加帽部分；以及 其中Z和Z’的每一个独立地存在或不存在，但如果存在，则独立地为在其所存在的链的3’末端上共价连接的1-5个连续的核苷酸、连续的非核苷酸部分或其组合；以及其中所述有义链和反义链包含以下任何所示的序列对:SEQ ID NO:2030-2703和SEQID NO:26707-26724(HES5) ；SEQ ID NO:3026-3633 和 SEQ ID NO:26789-26808(IDl)；SEQ ID NO:5054 -6205 和 SEQ ID NO:26817-26824(ID2) ；SEQ ID NO:6672-7443 和 SEQ IDNO:26833-26850(ID3) ；SEQ ID N0:9008_10533 和 SEQ ID NO:26867-26886(CDKNlB) ；SEQID NO: 11550-13003 和 SEQ ID NO: 26733-26760 (HEYl) ；SEQ ID NO: 14802-16389 和 SEQ IDNO:26779-26784(HEY2) ；SEQ ID NO:18644-26666 和 SEQ ID NO:2601-26910(NOTCHl)。22.如权利要求21所述的双链核酸分子,其中x=y=18。23.如权利要求22所述的双链核酸分子，其中(N)X和(N’)y为以下任一种中所示的序列对:SEQ ID NO: 26707-26724 (HES5) ；SEQ ID NO: 26789-26808 (IDl) ；SEQ IDNO:26817-26824 (ID2) ；SEQ ID NO:26833-26850(ID3) ；SEQ ID NO:26867-26886(CDKNlB)；SEQ ID NO:26733-26760 (HEYl) ；SEQ ID NO:26779-26784 (HEY2) ；SEQ IDNO:2601-26910(NOTCHl)。24.如权利要求23所述的双链核...

【专利技术属性】
技术研发人员：埃莱娜·范斯坦，莎伦·阿夫金纳祖姆，伊戈·迈特，夏甲·卡林斯基，
申请(专利权)人：夸克制药公司，
类型：发明
国别省市：美国;US