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【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于水产动物分子标记,具体涉及凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状相关snp分子标记及其应用。
技术介绍
1、凡纳滨对虾(litopenaeus vannamei)也称南美白对虾,因其生长速度快、蛋白质含量高、营养价值丰富、抗逆能力强等优点,成为我国主要的对虾养殖品种之一[1]。在集约化养殖过程中,高放养密度造成残留饵料及粪便的积累,导致环境污染物质的增加,加剧了水体环境恶化,从而影响对虾的健康和产量[2]。而亚硝酸氮是水产养殖系统中常见的环境污染物质之一[3],大量研究表明,水体中过高的亚硝酸氮浓度会导致对虾生长异常,能量代谢、血氧结合、免疫反应和离子调节等多种生理功能紊乱,对水生动物病原体易感性增强[4-7];此外,长时间暴露在高浓度的亚硝酸氮中,还会导致对虾肝胰腺和肠道等组织结构严重受损[8-9],最终造成高死亡率,对养殖生产造成巨大损失。然而在养殖过程中,由于缺乏高效水质调控技术以及生态养殖模式,将养殖水体中的亚硝酸氮浓度维持在较低水平十分困难,因此,培育出凡纳滨对虾耐亚硝酸氮新品种尤为重要。
2、目前凡纳滨对虾选育多采用群体和家系选育方式,然而这种选育方式具有选育周期长、成本高、不稳定等缺点,分子标记辅助育种则可以克服传统育种方式的弊端,能够准确、高效的实现经济性状的快速改良。单核苷酸多态性标记(single nuclearpolymorphism,snp)作为第三代分子标记,是指由于单个碱基的变化所引起dna序列的改变,包括颠换、转换、插入和缺失等形式,多发生在非编码区,少数snp位于编码区[10],具有位
3、羧肽酶b(carboxypeptidase b-like,cpb)是一种可水解蛋白质或肽的羧基端(c端)末端肽键的蛋白酶[15],广泛存在于人类、动物和植物体内,参与机体的各种生化反应。然而cpb基因在甲壳动物中发挥的功能研究较少。本专利技术对该基因的编码区序列进行snps筛选,最终检测到3个与凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状显著关联的snp位点,可为选育具有耐亚硝酸氮性状的凡纳滨对虾品种提供技术支撑。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状相关的snp分子标记,用于选育耐亚硝酸氮性状的凡纳滨对虾品种。
2、为了实现上述目的,本专利技术采用以下技术方案:
3、本专利技术首先随机挑取亚硝酸氮胁迫96h后死亡和存活的凡纳滨对虾cdna为模板,进行pcr扩增,初步筛选候选基因的snps位点,结果在cpb基因中检测到了snps位点。然后以亚硝酸氮胁迫96h后死亡的和存活个体的凡纳滨对虾基因组dna为模板,通过引物设计、pcr扩增、产物测序来检测凡纳滨对虾cpb基因上snps位点的基因型,利用spss软件进行数据处理,卡方检验分析基因型与亚硝酸氮耐受性状的关联,结果发现3个与凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状显著相关的snp分子标记,包括snp分子标记c.694g>a、c.696t>c、c.702t>c:
4、所述snp分子标记c.694g>a位于seq id no.1所示序列的694bp位点处,该碱基为g或a,突变类型为g/g纯合型、g/a杂合型和a/a纯合型;
5、所述snp分子标记c.696t>c位于seq id no.1所示序列的696bp位点处,该碱基为c或t,突变类型为c/c纯合型、c/t杂合型和t/t纯合型;
6、所述snp分子标记c.702t>c位于seq id no.1所示序列的702bp位点处,该碱基为c或t,突变类型为c/c纯合型、c/t杂合型和t/t纯合型;
7、所述3个snp分子标记位点完全连锁。
8、上述snp分子标记在辅助选育耐亚硝酸氮性状的凡纳滨对虾品种中的应用,具体方法为:扩增含有所述snp位点的片段,通过直接测序法对snp位点的基因型进行分型,snp分子标记c.694g>a的ga基因型、snp分子标记c.696t>c ct基因型、snp分子标记c.702t>c的ct基因型为凡纳滨对虾亚硝酸氮耐受性状的有利标记。
9、进一步地,用于扩增所述3个snp分子标记的引物序列如seq id no.4和seq idno.5所示。
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1.SNP标记在凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状选择中的的应用,其特征在于,所述SNP标记为如下组合:
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述SNP分子标记c.694 G>A的基因型为AG、SNP分子标记c.696 T>C的基因型为CT、c.702 T>C的基因型为CT是凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状的有利标记。
3.用于凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状检测的引物,其特征在于,所述引物的序列如SEQID NO.4和5所示。
【技术特征摘要】
1.snp标记在凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状选择中的的应用,其特征在于,所述snp标记为如下组合:
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述snp分子标记c.694 g>a的基因型为ag、snp分子标记c...
【专利技术属性】
技术研发人员:王焕岭,王艾金,侯立依,肖杰,赵永贞,陈秀荔,刘红,
申请(专利权)人:广西壮族自治区水产科学研究院,
类型:发明
国别省市:
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