【技术实现步骤摘要】
一种isomiR分子标志物的筛选方法及装置
本专利技术涉及一种基因工程领域,特别是涉及一种isomiR分子标志物的筛选方法及装置。
技术介绍
miRNA是生命活动的重要调节物质,原来通常认为,一个miRNA基因只能形成一种成熟的miRNA。然而,最近的研究发现,一个miRNA基因其实可以形成多种在长度或序列上存在差异miRNA异构体(isoformsofmiRNA,isomiR)。近几年来对isomiR呈爆发式增长的研究,研究表明很多isomiRs在癌症患者的血清或血浆中表达异常,可能作为抑癌基因或促癌基因参与肿瘤的发生发展,且其可以稳定的形态在体液中循环,在临床诊断中占据一定的优势。IsomiR的表达具有细胞及其组织特异性、疾病状态特异性,并具有参与细胞应激反应的能力。许多疾病的致病机制与isomiR或isomiR的表达变化相关,并可能成为疾病诊断的标记或治疗的靶标。isomiR序列可以结合靶mRNA,从而进一步发挥生物学作用。近几年测序技术的广泛应用,为isomiR的发现和对它们功能的研究就提供了有利条件,可以针对其序列特点进行检测,并验证其表达模式和生物学功能提供数据基础。如何有效地对公共数据库的相关样本数据进行数据挖掘,筛选与疾病相关的isomiR分子标志物,是isomiR的一个应用难点。
技术实现思路
鉴于以上所述现有技术的缺点,本专利技术的目的在于提供一种isomiR分子标志物的筛选方法及装置。为实现上述目的及其他相关目的,本专利技术第一方面提供一种isomiR ...
【技术保护点】
1.一种isomiR分子标志物的筛选方法,所述方法至少包括以下步骤:/nS1:利用数据库,获取待检测疾病样本和对应健康样本的isomiR的表达数据;/nS2:对所述待检测疾病样本和对应健康样本的isomiR的表达数据进行差异表达分析,得到以对应健康样本为对照,待检测疾病样本的isomiR的变化率;/nS3:根据变化率选取isomiR;/nS4:对S3中选取的isomiR进行靶基因预测,获得靶基因;/nS5:对所述靶基因进行功能分析,筛选与待检测疾病相关的靶基因,所述靶基因及其对应的isomiR即为所述待检测疾病的分子标志物。/n
【技术特征摘要】
1.一种isomiR分子标志物的筛选方法,所述方法至少包括以下步骤:
S1:利用数据库,获取待检测疾病样本和对应健康样本的isomiR的表达数据;
S2:对所述待检测疾病样本和对应健康样本的isomiR的表达数据进行差异表达分析,得到以对应健康样本为对照,待检测疾病样本的isomiR的变化率;
S3:根据变化率选取isomiR;
S4:对S3中选取的isomiR进行靶基因预测,获得靶基因;
S5:对所述靶基因进行功能分析,筛选与待检测疾病相关的靶基因,所述靶基因及其对应的isomiR即为所述待检测疾病的分子标志物。
2.如权利要求1所述的isomiR分子标志物的筛选方法,其特征在于,还包括以下特征中的一项或多项:
a.步骤S1中,所述数据库选自GEO数据库,和/或,获取isomiR的表达数据发方法包括以下步骤:获取待检测疾病样本和对应健康样本的smallRNA测序原始数据,并进行比对、定量及注释,得到isomiR的表达数据;
b.步骤S2中,所述差异表达分析方法选自倍数法,优选的,所述倍数法选取1.5倍或者2倍的差异倍数;
c.步骤S3中,根据变化率选取isomiR是指,在步骤S2得到的结果进行变化率排名,选取排名在前的isomiR;
d.步骤S4中,利用靶基因预测网站或预测软件作为预测靶基因,优选的,所述预测软件选自miRanda;
e.步骤S5中,所述功能分析包括通路分析和/或调控网络的构建;
f.所述待检测疾病选自肿瘤疾病。
3.如权利要求2所述的isomiR分子标志物的筛选方法,其特征在于,还包括以下特征中的一项或多项:
g.特征a中,步骤S1中,获取待检测疾病样本和对应健康样本的smallRNA测序原始数据的方法包括如下步骤:
S1.1,获取待检测疾病样本和对应健康样本的isomiR的测序数据;
S1.2,获得原始测序数据的SRA数据链接;
S1.3,利用aspera批量下载所需的测序原始数据;
S1.4,将上述步骤得到的数据转变成fastq格式;
h.特征b中,所述差异表达分析方法选用Benjamini-Hochberg方法、FDR方法或者Bonforroni方法校正P-value后得到差异表达的isomiR;
i.特征e中,基于clusterProfiler进行通路分析;
j.特征f中,所述肿瘤疾病选自骨髓瘤。
4.如权利要求3所述的isomiR分子标志物的筛选方法,其特征在于,特征i中,利用KEGG数据库进行通路分析。
5.如权利要求1所述的isomiR分子标志物的筛选方法,其特征在于,步骤S2中,在差异表达分析之前,还包括对所述待检测疾病样本和对应健康样本的isomiR的表达数据进行过滤。
6.一种isomiR分子标志物的筛选装置,其特征在于,所述装置至少包括:
获取模块,用于利用数据库,获取待检测疾病样本和对应健康样本的isomiR的表达数据;
差异表达分析模块,用于对所述待检测疾病样本和对应健康样本的isomiR的表达数据进行差异表达分析,得到以对应健康样本为对照,待检测疾病样本的isomiR的变化率;
选取模块,用于根据变化率选取isomiR;
靶基因预测模块,用于对选取模块中选取的isomiR进行靶基因预测,获得靶基因;
功能分析模块,用于对所述靶基因进行功...
【专利技术属性】
技术研发人员:桑运霞,吴伟静,刘强,宋青芳,阚海亮,
申请(专利权)人:苏州扇贝生物科技有限公司,
类型:发明
国别省市:江苏;32
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