遗传性脑小血管病基因检测试剂盒制造技术

本发明专利技术提供了一种用于检测遗传性脑小血管病基因的探针组以及扩增所述探针组的引物组序列，通过采用所述探针组或引物组鉴定患者相应基因位点的突变情况，实现对脑小血管病患者的准确筛查、诊断、针对性的治疗以及防止疾病在家族中复发。

Gene detection kit for hereditary cerebral small vessel disease

The invention provides a probe group for detecting genes of hereditary cerebellar angiopathy and a primer group sequence for amplifying the probe group. By using the probe group or primer group to identify mutations at corresponding gene sites of patients, accurate screening, diagnosis, targeted treatment and prevention of patients with cerebellar angiopathy can be realized. Disease is recurred in the family.

【技术实现步骤摘要】
遗传性脑小血管病基因检测试剂盒
本专利技术属于基因检测领域。
技术介绍
脑小血管一般被认为是脑的穿支动脉(100～500μm)和小动脉(＜100μm)、毛细血管及小静脉。它们构成了脑组织血供的基本单位，对脑功能的维持起重要作用。其主要功能包括血液运输、血管舒缩调节、构成血脑脊液屏障的核心部位、细胞间液生成及回流。当脑小血管发生病变时，一方面使脑血管舒缩调节的效应器丧失，导致脑血流调节障碍，出现低灌注及缺血，进而发展为脑白质病变和腔隙性脑梗死；另一方面血管内血浆及细胞成分溢出，血脑屏障损害，导致微出血及血管周围间隙扩大，同时加重脑白质病变和脑梗死。脑小血管疾病(cerebralsmallvesseldisease，CSVD)是泛指上述小血管的各种病变所导致的临床、认知、影像学及病理表现的综合征。临床习惯上多指小的穿支动脉和小动脉病变所导致的临床和影像学表现，通常累及直径＜300μm的动脉血管。其病理学特点为小血管呈纤维素样变性、淀粉样变性、出血和狭窄或闭塞，而非粥样硬化性改变。临床特点为隐袭性起病，持续性、进展性病程，主要临床表现为卒中发作，腔隙状态综合征，认知功能障碍综合征等，常伴发其他器官功能损害，约占缺血性卒中总数的1％左右。脑小血管病是隐袭性脑血管病，其临床表现存在“寂静”现象，所以容易被患者及医务工作者忽视。目前，脑小血管病的诊断和确诊主要通过神经影像学材料，但是该方法的操作复杂，费时且价格昂贵，并且对于脑小血管病的筛查及预防不具备普遍的意义。通过对遗传性脑小血管病患者进行基因检测，可明确诊断，对脑血管病患者早期个体化防治提供有力证据。传统基因检测方法基于Sanger测序，需先明确想要检测的基因，通过聚合酶链式扩增技术(PCR)将目标区段扩增出来，再使用双脱氧终止法(Sanger测序)进行测序确定致病突变。该方法通量低、效率差、成本高、且检出率不理想，目前已经报道过的检出率为1％-7％。
技术实现思路
二代测序技术(NGS)以其通量高、成本低、可检测突变范围广的特点，已经发展为重要的临床基因分析技术，而结合目标区域捕获技术(targetregioncapturetechnology)可进一步富集目标区段，提高检测效率降低成本，但目前没有一种产品或技术可以组合性检测所有脑血管病致病基因。本专利技术通过前期文献检索，自主科研结果确定了12个与遗传性脑小血管病相关的基因，并通过杂交探针原理合成捕获探针，对目标基因一次性在二代测序平台进行测序，结合自建专病数据库对测序数据进行解读，确定患者的致病基因和突变。本方法对12个基因全部外显子区的1X覆盖率达100％，可检测12个基因编码区的所有已知致病SNP位点和未知SNP位点。前期通过对100个临床上疑似脑小血管病的患者样本采用本方法进行检测，检出率达39％，其中未被报道过的致病SNP有50％，使用此方法可以不断完善新的SNP位点，并简化新的待检测样本的解读流程。通过对OMIM以及相关文献的查找，确定心脑血管相关致病基因组合，该组合包括12个基因，根据人类基因组HG19，选取上述12个基因的外显子序列以及侧翼±30bp区域设计探针组合，本组合中探针对目标区域覆盖度达99％。该探针可富集12个基因的外显子区及两侧序列，富集的DNA在二代测序平台上进行高深度测序。根据每个变异的变异类型，正常人群频率，疾病数据库频率，所关联疾病，遗传模式，所处位点保守性进行致病性判断，如果正常人群频率大于0.05，则认为该突变为良性不致病突变；如正常人群频率小于0.01，且在疾病数据库中被报道过，则认为该突变为已知致病突变；如正常人群频率小于0.01，且是移码，无义，剪切突变，或已知的可破坏蛋白功能的突变类型，则认为是疑似致病突变；如正常人群频率大于0.01，位点不保守，则判断为疑似良性突变；其余不满足上述条件的均判断为临床意义不明。上述突变如果符合遗传模式，且临床症状与受检人相符，则认定其为受检人的致病突变。具体流程参见图1。本专利技术提供了一种探针组，其特征在于，所述探针组中的探针能够特异性的识别如下基因：NOTCH3，COL4A1，COL4A2，HTRA1，PRNP，CST3，GLA，TREX1，TTR，APP，ITM2B，GSN。优选的，本专利技术提供的探针组包含SEQIDNO：1-11所示的序列。进一步的，本专利技术提供的探针组包含SEQIDNO：12-13所示的序列。进一步的，本专利技术提供的探针组包含SEQIDNO：14所示的序列。进一步的，本专利技术提供的探针组包含SEQIDNO：15所示的序列。进一步的，本专利技术提供的探针组包含SEQIDNO：16所示的序列。进一步的，本专利技术提供的探针组包含SEQIDNO：43所示的序列。进一步的，本专利技术提供的探针组包含SEQIDNO：44所示的序列。进一步的，本专利技术提供的探针组包含SEQIDNO：45所示的序列。进一步的，本专利技术提供的探针组包含SEQIDNO：46所示的序列。进一步的，本专利技术提供的探针组包含SEQIDNO：47所示的序列。进一步的，本专利技术提供的探针组包含SEQIDNO：48所示的序列。进一步的，本专利技术提供的探针组包含SEQIDNO：49所示的序列。本专利技术提供一种引物组，所述引物组用于扩增前述探针组。优选的，本专利技术提供的引物组包括SEQIDNO：17-42和50-63所示的序列。本专利技术提供一种用于检测脑小血管病的试剂盒，所述试剂盒包括前述探针组和/或引物组。本专利技术进一步请求保护前述探针组和/或引物组的用途，所述用途为用于制备检测脑小血管疾病的试剂盒。本专利技术进一步公开了相关基因与脑小血管病相关的SNP位点。所述SNP位点可以采用上述探针组杂交或引物组扩增获得。具体的，SEQIDNO：1所示的序列用于鉴定NOTCH3基因的SNP位点为：NOTCH3：5764G＞T，对应的扩增引物为SEQIDNO：17-18。SEQIDNO：2所示的序列用于鉴定NOTCH3基因的SNP位点为：NOTCH3：4654C＞T，对应的扩增引物为SEQIDNO：19-20。SEQIDNO：3所示的序列用于鉴定NOTCH3基因的SNP位点为：NOTCH3：3091C＞T，对应的扩增引物为SEQIDNO：21-22。SEQIDNO：4所示的序列用于鉴定NOTCH3基因的SNP位点为：NOTCH3：2901-2915＞DEL，对应的扩增引物为SEQIDNO：23-24。SEQIDNO：5所示的序列用于鉴定NOTCH3基因的SNP位点为：NOTCH3：2129A＞G，对应的扩增引物为SEQIDNO：25-26。SEQIDNO：6所示的序列用于鉴定NOTCH3基因的SNP位点为：NOTCH3：1759C＞T1630C＞T，对应的扩增引物为SEQIDNO：27-28。SEQIDNO：7所示的序列用于鉴定NOTCH3基因的SNP位点为：NOTCH3：1630C＞T，对应的扩增引物为SEQIDNO：27-28。SEQIDNO：8所示的序列用于鉴定NOTCH3基因的SNP位点为：NOTCH3：1279C＞T，对应的扩增引物为SEQIDNO：29-30。SEQIDNO：9所示的序列用于鉴定NOTCH3基因的SNP位点为：NOTCH3：566A＞G，对应的扩增引物为SEQIDNO：本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种探针组，其特征在于，所述探针组中的探针能够特异性的识别如下基因：NOTCH3，COL4A1，COL4A2，HTRA1，PRNP，CST3，GLA，TREX1，TTR，APP，ITM2B，GSN。

【技术特征摘要】
1.一种探针组，其特征在于，所述探针组中的探针能够特异性的识别如下基因：NOTCH3，COL4A1，COL4A2，HTRA1，PRNP，CST3，GLA，TREX1，TTR，APP，ITM2B，GSN。2.如权利要求1所述的探针组，其特征在于，特异性识别NOTCH3基因的探针序列包含SEQIDNO：1-11所示的序列。3.如权利要求1-2任一权利要求所述的探针组，其特征在于，特异性识别COL4A1基因的探针序列包含SEQIDNO：12-13所示的序列，特异性识别COL4A2基因的探针序列包含SEQIDNO：14所示的序列。4.如权利要求1-3任一权利要求所述的探针组，其特征在于，特异性识别HTRA1基因的探针序列包含SEQIDNO：15所示的序列，特异性识别PRNP基因的探针序列包含SEQIDNO：16所示的序列。5.如权利要求1-4任一权利要求所述的探针组，其特征在于，特异性识别CST3基因的探针序列包含SEQIDNO：43所示的序列，特异性识别GLA基因的探针...

【专利技术属性】
技术研发人员：不公告发明人，
申请(专利权)人：北京金准基因科技有限责任公司，
类型：发明
国别省市：北京,11