The invention discloses a biological information analysis system based on cloud platform, cloud computing system including client platform, cloud platform web server and cloud platform, through the network to send and receive messages between the client and cloud platform cloud platform cloud platform web server, web server and cloud computing platform through the Nginx web server exchange data; cloud platform web the server includes biological information analysis request interface, cloud computing system includes biological information analysis of biological information analysis module, application interface, storage server, Mysql database and Mongo database; bioinformatics analysis request interface application interface connected to the biological information through the Nginx web server and application interface of biological information analysis of the output end through the workflow process management unit connection to analyze the biological information component. The analysis program of the invention is modularized and can be assembled and reused, and the analysis efficiency is improved greatly, and the deployment is convenient.
【技术实现步骤摘要】
基于云平台的生物信息分析系统
本专利技术涉及一种基于云平台的生物信息分析系统,属于生物信息学分析
技术介绍
随着测序技术的快速发展,基因研究机构、医学科研机构和公司产生了海量的生物学测序数据。但是众所周知,实验测序得到的原始数据并不能直接提供有价值的科学研究信息或疾病治疗药物的关联信息,需要利用生物信息学分析技术对这些数据进行计算挖掘,从而给出清晰且易于导出结论的结果信息。生物信息学是在生命科学的研究中以计算机为主要研究工具对生物学数据进行存储和计算分析,面对高通量测序所产生的海量数据,越来越多的研究人员或公司基于高性能计算机集群通过安装各种生物信息分析软件来进行计算分析。生物信息分析过程也是很多软件和程序相互关联,通过不同的步骤方法处理数据后得到最终的分析结果,由于生物信息软件层出不断、更新迭代,每个分析程序参数、文件格式、运行方式各异,研究人员不断的要去研究新的软件方法并在计算机或集群上安装部署都变得十分复杂。海量数据的存储、计算和传输共享也是研究者们快速访问和分析数据中的难点。所以设计构建一种自动化扩展性好的生物信息云计算系统十分必要。
技术实现思路
本专利技术的目的是解决目前生物信息分析软件品类繁多,分析效率低下,自动扩展性差,大规模数据难于存储共享和多样化软件程序构建部署分析流程复杂的技术问题。为实现以上专利技术目的,一方面,本专利技术提供一种基于云平台的生物信息分析系统,包括云平台客户端、云平台web服务器和云平台计算系统;所述云平台客户端和所述云平台web服务器之间通过网络收发信息,所述云平台web服务器和所述云平台计算系统之间通过Ng ...
【技术保护点】
基于云平台的生物信息分析系统,其特征在于,包括云平台客户端、云平台web服务器和云平台计算系统;所述云平台客户端和所述云平台web服务器之间通过网络收发信息,所述云平台web服务器和所述云平台计算系统之间通过Nginx网页服务器交换数据;所述云平台web服务器包括生物信息分析请求接口;所述云平台计算系统包括生物信息分析应用接口、生物信息分析组件、存储服务器、Mysql数据库和Mongo数据库;所述云平台计算系统还包括若干计算节点,用于对生物信息进行分析计算;所述生物信息分析请求接口通过所述Nginx网页服务器连接至所述生物信息分析应用接口,所述生物信息分析应用接口的输出端通过工作流进程管理单元连接至所述生物信息分析组件的输入端,所述生物信息分析组件的输出端分别连接至所述存储服务器、Mysql数据库和Mongo数据库;所述生物信息分析请求接口向所述生物信息分析应用接口发出生物信息分析请求并发送参数;所述存储服务器用于存储分析结果数据,所述Mysql数据库用于存储分析记录、状态和日志信息,所述Mongo数据库用于存储供所述云平台客户端展示的图表数据。
【技术特征摘要】
1.基于云平台的生物信息分析系统,其特征在于,包括云平台客户端、云平台web服务器和云平台计算系统;所述云平台客户端和所述云平台web服务器之间通过网络收发信息,所述云平台web服务器和所述云平台计算系统之间通过Nginx网页服务器交换数据;所述云平台web服务器包括生物信息分析请求接口;所述云平台计算系统包括生物信息分析应用接口、生物信息分析组件、存储服务器、Mysql数据库和Mongo数据库;所述云平台计算系统还包括若干计算节点,用于对生物信息进行分析计算;所述生物信息分析请求接口通过所述Nginx网页服务器连接至所述生物信息分析应用接口,所述生物信息分析应用接口的输出端通过工作流进程管理单元连接至所述生物信息分析组件的输入端,所述生物信息分析组件的输出端分别连接至所述存储服务器、Mysql数据库和Mongo数据库;所述生物信息分析请求接口向所述生物信息分析应用接口发出生物信息分析请求并发送参数;所述存储服务器用于存储分析结果数据,所述Mysql数据库用于存储分析记录、状态和日志信息,所述Mongo数据库用于存储供所述云平台客户端展示的图表数据。2.如权利要求1所述的基于云平台的生物信息分析系统,其特征在于,所述生物信息分析组件为即时模式分析组件或提交模式分析组件。3.如权利要求2所述的基于云平台的生物信息分析系统,其特征在于,所述提交模式分析组件包括工作流进程管理单元、分析模块和文件组件;所述分析模块包括若干分析工具,各所述分析工具通过对应的...
【专利技术属性】
技术研发人员:郭权,余果,任一,张磊,周勇,张祥林,黄华生,
申请(专利权)人:上海桑格信息技术有限公司,
类型:发明
国别省市:上海,31
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