细胞网络分析制造技术

本发明专利技术提供了用于测定个体内多个分离的细胞群体的激活状态和/或一种或更多种细胞网络的状态的方法。多个分离的细胞群体的状态和/或一种或更多种细胞网络的状态可与病状的诊断、预后、治疗的选择和调整、以及/或者监测相关。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】细胞网络分析交叉引用本申请要求2009年9月8日提交的美国临时申请第61/240，613号的优先权，所述申请以引用的方式并入本文。
技术介绍
许多病状的特征在于细胞途径的失调，其导致，例如，细胞过程的异常控制，后者具有不受控的生长和增高的细胞存活率。这些失调通常由参与细胞途径的分子活性 的变化所导致。例如，特定信号传导途径的改变已被描述于众多癌症。现今通过在单一同源细胞群体中分析这些失调而对病状进行诊断。但是，不同类型的细胞与其他不同类型的细胞共存于复杂的周边环境之中，这可能会影响病状的病理学。因此，对病状的成功诊断和治疗方法的成功使用可能需要对在多种不同的细胞和细胞网络中影响所述病状病理学的细胞事件的了解。因此，存在对病状失调的基于生物学的临床相关分析的需求，其可预测个体的疾病阶段。这一根据不同的分离的细胞群体和/或环境输入的分析将提供病状的病理学的完整描述，因此，其通过在个体患者水平上更为可靠的预后和疗法选择而对临床医生进行辅助。
技术实现思路
在一些实施方案中，本专利技术涉及测定个体状态的方法，其通过a)使来自所述个体的第一细胞群体的第一细胞至少与第一调节剂进行接触山)使来自所述个体的第二细胞群体的第二细胞至少与第二调节剂进行接触；c)在所述第一细胞和所述第二细胞内测定至少一种可激活元件的激活水平；d)为所述个体创建包括所述可激活元件的测定的激活水平的响应表单(response panel);以及e)辨识所述个体的状态，其中所述辨识根据所述响应表单而进行。在一些实施方案中，本专利技术进一步包括根据所述响应表单而对所述第一细胞和所述第二细胞之间因果关联进行的测定，其中所述因果关联是细胞网络状态的指征。在一些实施方案中，本专利技术进一步包括对响应表单和/或细胞网络状态应用分类器，其中所述分类器包括一组激活水平值，并且其中所述分类器被用于测定该响应表单和/或细胞网络是否与所述个体状态相关联。在一些实施方案中，本专利技术的方法进一步包括根据所述响应表单产生分类数值，其中所述分类数值明确了所述个体是否与该个体的状态相关联。在一些实施方案中，所述个体的状态是病状的分类、诊断或预后。在一些实施方案中，所述病状的分类、诊断或预后中的AUC值高于0. 6。在一些实施方案中，所述病状的分类、诊断或预后中的P值低于0. 05。在一些实施方案中，所述病状的分类、诊断或预后中的阳性预测值(PPV)高于80%。在一些实施方案中，所述病状的分类、诊断或预后中的阴性预测值(NPV)高于 80%。在一些实施方案中，所述第一调节剂和所述第二调节剂选自生长因子、丝裂原、细胞因子、趋化因子、粘附分子调节剂、激素、小分子、多核苷酸、抗体、天然化合物、内酯、化疗齐U、免疫调节剂、碳水化合物、蛋白酶、离子、活性氧物质和放射物。在一些实施方案中，所述第一调节剂与所述第二调节剂相同。在一些实施方案中，所述第一细胞的接触和所述第二细胞的接触在同一培养物中进行。在一些实施方案中，所述第一调节剂不同于所述第二调节剂。在一些实施方案中，所述第一细胞的接触和所述第二细胞的接触在分开的培养物中进行。在一些实施方案中，所述第一细胞的接触和/或所述第二细胞的接触在该第一细胞和/或第二细胞从所述个体中分离之前进行。在一些实施方案中，所述激活水平基于选自下列的激活状态细胞外蛋白酶暴露、新异寡聚体形成、糖基化状态、磷酸化状态、乙酰化状态、甲基化状态、生物素化状态、谷氨酰化状态、甘氨酰化状态、羟基化状态、异构化状态、异戊烯化状态、豆蘧酰化状态、脂化状态、磷酸泛酰巯基乙胺基化(phosphopantetheinylation)状态、硫酸化状态、ISG化状态、亚硝基化状态、棕榈酰化状态、SUMO化状态、泛素化状态、类泛素化状态、瓜氨酸化状态、脱酰胺基状态、二硫键形成状态、蛋白酶水解切割状态、转位状态、蛋白质周转(proteinturnover)的变化、多蛋白复合物状态、氧 化状态、多脂质复合物、以及细胞膜的生化变化。在一些实施方案中，所述激活状态是磷酸化状态。在一些实施方案中，所述可激活元件选自蛋白质、碳水化合物、脂质、核酸和代谢物。在一些实施方案中，所述可激活元件是能够被磷酸化和/或去磷酸化的蛋白质。在一些实施方案中，所述方法进一步包括在所述第一细胞和/或第二细胞内测定一种或更多种细胞表面标记物、细胞内标记物或其组合的存在与否。在一些实施方案中，所述细胞表面标记物和细胞内标记物独立地选自蛋白质、碳水化合物、脂质、核酸和代谢物。在一些实施方案中，对一种或更多种细胞表面标记物或细胞内标记物存在与否的测定包括对所述细胞表面标记物或细胞内标记物的激活和非激活状态下的表位的存在与否均进行测定。在一些实施方案中，所述个体的状态基于所述可激活元件的激活水平以及基于一种或更多种细胞表面标记物、细胞内标记物或其组合的存在与否两者。在一些实施方案中，所述激活水平通过一种方法而进行测定，该方法包括与特异于所述特定可激活元件的特定激活状态的结合元件进行结合。在一些实施方案中，所述结合元件包括抗体。在一些实施方案中，所述结合元件为可识别标记的。在一些实施方案中，所述可识别标记的结合元件是用可检测的标记物直接标记的。在一些实施方案中，所述可检测的标记物选自放射性同位素、重同位素、荧光剂、FRET标记物、酶、微粒和化学发光物。在一些实施方案中，所述激活水平的检测步骤包括使用流式细胞仪、免疫荧光、共聚焦显微镜法、免疫组织化学、免疫电子显微镜法、核酸扩增、基因阵列、蛋白质阵列、质谱、膜片钳技术、二维凝胶电泳、差示凝胶电泳、基于微球的多元蛋白质分析(microsphere-based multiplex protein assays)、ELISA 以及无标记物细胞分析，用以在单个细胞中测定一种或更多种细胞内可激活元件的激活水平。在一些实施方案中，测定所述激活水平的步骤包括使用流式细胞仪。在一些实施方案中，所述测定步骤是定量的。在一些实施方案中，所述测定步骤是相对于对照值进行的。在一些实施方案中，所述对照值被包括在所述响应表单之内。在一些实施方案中，所述个体的状态是病状的分类、诊断、预后。在一些实施方案中，所述病状是免疫性疾病、恶性或增殖性疾病或其组合。在一些实施方案中所述病状是恶性疾病。在一些实施方案中，所述恶性疾病是实体肿瘤或恶性血液病。在一些实施方案中，所述恶性疾病是非B细胞系来源的。在一些实施方案中，所述非B细胞系来源的恶性疾病选自急性骨髓性白血病(AML)、慢性骨髓性白血病(CML)、非B细胞急性淋巴细胞性白血病(ALL)、非B细胞淋巴瘤、骨髓增生异常、骨髓增殖失调、骨髓纤维变性、红血球增多、血小板增多和非B细胞非典型性免疫性淋巴细胞增生(non-B cellatypical immune lymphoproliferation)。在一些实施方案中，所述非B细胞系来源的恶性疾病是AML。在一些实施方案中，所述恶性疾病是B细胞来源的或B细胞系来源的失调。在一些实施方案中，所述恶性疾病是选自下列的B细胞来源的或B细胞系来源的失调、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、B淋巴细胞系白血病、B淋巴细胞系淋巴瘤、多发性骨髓瘤和浆细胞失调。在一些实施方案中，所述B细胞来源的或B细胞系来源的失调是CLL。在一些实施方案中，所述个本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员：G·P·诺兰，A·塞萨诺，
申请(专利权)人：诺达利蒂公司，
类型：发明
国别省市：