对细菌感染的抗性制造技术

本发明专利技术提供了一种鉴定具有与对细菌感染的抗性相关的基因型的动物的方法，包括下述步骤：(a)提供来自所述动物的样品；(b)确定SAL1位的一个或多个标记的等位基因以鉴定该标记的基因型，其中所述SAL1位位于鸡染色体5的54.0MB至54.8MB之间或其等同物；和(c)确定该基因型是否与对细菌感染的抗性相关的基因型。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及鉴定具有与对细菌感染的抗性相关的基因型的动物，并任选地，选择那些具有与对细菌感染的抗性相关的基因型的动物的方法。此外，本专利技术涉及预测动物对细菌感染的应答的方法。此外，本专利技术涉及用于产生对细菌感染有抗性的动物或增加对细菌感染的抗性的方法，且本专利技术涉及由所述方法产生的动物。本专利技术亦涉及在SAL1位的一个或多个标记用于鉴定和任选地选择具有与对细菌感染的抗性相关的基因型的动物的用途。此外，本专利技术涉及在SAL1位的一个或多个标记用于预测动物对细菌感染的应答的用途。本专利技术还涉及用于在样品中鉴定SAL1位的一个或多个标记的基因型的试剂盒；阵列(array)；和分离的寡核苷酸引物或探针。
技术介绍
动物如家禽的细菌感染，在畜牧业中是常见的问题，且可导致牲畜的严重损失。而且，动物中细菌感染的存在和控制以减少人的食源性感染，是重要的公共卫生问题。对畜牧业具有显著经济影响，且若不受控制可导致人食物中毒的细菌感染的实例包括：沙门氏菌属(Salmonella)、弯曲杆菌属(Campylobacter)(如空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)和大肠弯曲杆菌(Campylobacter coli))、梭菌属(Clostridium)(如产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens))和葡萄球菌属(Staphylococcus)(如金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus))。举例而言，过去十年，每年仅在英格兰和威尔士就有10000～30000例人沙门氏菌病(salmonellosis)的报道(Health Protection Agency，2008-www.hpa.org.uk)。受感染的禽肉和蛋的摄食是人类病例的主要来源。因此，鸡群中沙门氏菌属感染的存在和控制仍为重要的公共卫生问题。除了潜在的人疾病问题之外，一些高度适应于动物宿主的极端病原性血清型，如禽类中的肠沙门氏菌(S.enterica)血清变型Gallinarum，可导致严重的疾病，常常导致整群死亡。对抗生素增加的抗性是其持续使用不可避免的副作用，这导致欧共体强制家禽养殖者(poultry producer)尽量避免种禽(breeder)和蛋禽(layer)中沙门氏菌污染(Zoonosis Directive EC/92/117)。此外，欧共体于2006年禁止在禽类养殖中抗微生物剂的预防性使用(除非是非常有限的情况下，如基于动物卫生和福利原因)，以尽量避免抗生素抗性的发展。对于近交鸡种系的广泛分析揭示一些种系对于沙门氏菌的许多血清变型(即类型)持续地易感或有抗性，表明常见的抗性机制(Bumstead和Barrow 1993；Kaiser和Lamont 2001)。此外，种系W1、61和N中的抗性亦表现为显性的(与主要定量性状位-QTL的遗传一致)，且并非性连锁或MHC连锁的(Wigley，Hulme等2002)。抗性禽类对经口和肌肉内感染均表现抗性，然而，在幼禽的静脉内感染中差异最为明显，其中易感的禽类死于低于10cfu的鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)的剂量(Bumstead和Barrow 1993)。在小鼠中的研究确立了沙门氏菌病易感性方面广泛的遗传差异，并鉴定出了许多涉及疾病抗性的候选基因，包括SLCllal(之前称为Nramp1)、NOS和TLR-4(Poltorak，Smirnova等1998；Abies，Takamatsu等2001；O′Brien，Wang等2005)。尽管已暗示Slcllal、TRAIL、TGFb2和TGFb3、PSAP、TLR4(Hu，Bumstead等1997；Sebastiani，Olien等1998；Leveque，Forgetta等2003；Malek和Lamont 2003)和MHC复合物(Zhou和Lamont 2003)在鸡中对沙门氏菌群集(colonization)的抗性，它们在种系61x15I的杂交中并未显示与对沙门氏菌病的抗性显著相关(Mariani，Barrow等2001)。因此，很明显其他尚未鉴定出的基因涉及该多因子性状。Mariani，Barrow等(2001)鉴定出沙门氏菌病疾病抗性与鸡染色体5(Chr 5)的区域(命名为SAL1)显著相关。在该研究中，使用种系15I和种系61的第一代回交以定位沙门氏菌病的疾病抗性，其显示出与在其他三个独立实验中的观察一致的巨大作用。鸡Chr 5上的该区与人Chr 14和小鼠Chr 12显示保守的同线性(synteny)。在该区内存在两个鉴定为潜在候选的基因，肌酸激酶(CKB)和动力蛋白(DNCH1)(Mariani，Barrow等2001)。然而，由于该第一代回交中有限数量的减数分裂，以及仅使用了宽间距的微卫星标记，定位的分辨率不足以确保这些有望候选的进一步表征(Mariani，Barrow等2001)。此后发现了在Chr 5该区内沙门氏菌病抗性位的其他证据。在检查鸡中肠沙门氏菌群集的组合的F2和回交研究中，Tilquin等(2005)鉴定出了七个高度显著的QTL。其中之一为SAL1，位于Chr5上约150cM处，并在F2和回交中分别以p＝0.0514和0.0034在两个数据组中均得到确证(Tilquin，Barrow等2005)。在一个独立研究中，Kaiser和Lamont(2002)观察到微卫星ADL0298(Chr 5上～198cM处)与数日龄的鸡经口接种一周之后，盲肠和脾脏中肠沙门氏菌的水平相关(Kaiser和Lamont 2002)。该显著的QTL，尽管与之前鉴定出的SAL1位相距～48cM，是仅使用F1杂交和非常有限组的微卫星标记鉴定出的。使用该设计分辨QTL的有限能力可解释QTL的不良分辨。鸡基因组包含超过10亿碱基对，其中至少3百万个位置具多态性(Wong，Liu等2004)。这些序列差异可导致表型差异，如对疾病抗性的差异，或可用作标记，因为其与成因基因(causative gene)的接近性(close proximity)。挑战(challenge)在于定位目标基因并确定有助于(contribute to)疾病抗性的等位基因的特性。
技术实现思路
本专利技术人发现使用与致密填充的(densely packed)SNP和微卫星标记组合的定位方法和第六代回交群，能够精确定位(refine)鸡染色体5上的SAL1位。本专利技术人显示SAL1位位于鸡染色体5长臂的54.0～54.8MB之间。此外，本专利技术人鉴定出了本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2009.04.29 GB 0907409.71.一种鉴定具有与对细菌感染的抗性相关的基因型的动物的方法，包括
下述步骤：
(a)提供来自所述动物的样品；
(b)确定在SAL1位的一个或多个标记的等位基因以鉴定该标记的基因型，
其中所述SAL1位位于鸡染色体5的54.0MB至54.8MB之间或其等同物；和
(c)确定该基因型是否为与对细菌感染的抗性相关的基因型。
2.权利要求1的方法，其中所述权利要求进一步包括下述步骤：
(d)选择具有与对细菌感染的抗性相关的基因型的动物。
3.一种鉴定具有与对细菌感染的抗性相关的基因型的方法，包括下述步
骤：
(a)提供来自多于一个动物的样品；
(b)确定在SAL1位的标记存在等位变体以鉴定多态性标记，其中所述
SAL1位位于鸡染色体5的54.0MB至54.8MB之间或其等同物；
(c)确定所述多态性标记的基因型与对细菌感染的抗性相关。
4.权利要求1至3任一项的方法，其中与对细菌感染的抗性相关的基因
型是与对沙门氏菌病的抗性相关的基因型。
5.一种预测动物对细菌感染的应答的方法，包括下述步骤：
(a)提供来自所述动物的样品；
(b)确定在SAL1位的一个或多个标记的等位基因以鉴定该标记的基因型，
其中所述SAL1位位于鸡染色体5的54.0MB至54.8MB之间或其等同物；和
(c)确定该基因型是否为与对细菌感染的抗性相关的基因型，以预测动物
对细菌感染的应答。
6.权利要求5的方法，其中所述细菌是沙门氏菌属(Salmonella)。
7.权利要求1至6任一项的方法，其中所述一个或多个标记选自下组：
鸡染色体5上的单核苷酸多态性SNP2(rs16511470)；
鸡染色体5上的微卫星标记ADL166(UniSTS：71823)；
鸡染色体5上的核苷酸序列ENSGALG00000011620(AKT1)中的多态性；和
鸡染色体5上的核苷酸序列ENSGALG00000011619(SIVA1)中的多态性。
8.一种用于产生对细菌感染具有抗性的动物，或增加动物对细菌感染的
抗性的方法，其中所述方法包括用来自对细菌感染具有抗性的动物的SAL1
位或其相应部分替代至少SAL1位一部分的步骤，其中所述SAL1位位于鸡
染色体5的54.0MB至54.8MB之间或其等同物。
9.权利要求8的方法，其中所述细菌感染是沙门氏菌属的感染。
10.权利要求1至9任一项的方法，其中所述动物是禽类。
11.权利要求10的方法，其中所述禽类是鸡。
12.位于SAL1位的一个或多个标记用于鉴定具有与对细菌感染的抗性
相关的基因型的动物中的用途，其中所述SAL1位位于鸡染色体5的54.0MB
至54.8MB之间或其等同物。
13.位于SAL1位的一个或多个标记用于选择具有与对细菌感染的抗性
相关的基因型的动物中的用途，其中所述SAL1位位于鸡染色体5的54.0MB
至54.8MB之间或其等同物。
14.位于SAL1位的一个或多个标记用于预测动物对细菌感染的应答的
用途。
15.权利要求12至14任一项的用途，其中所述一个或多个标记选自下组：
鸡染色体5上的单核苷酸多态性SNP2(rs16511470)；
鸡染色体5上的微卫星标记ADL166(UniSTS：71823)；
鸡染色体5上的核苷酸序列ENSGALG00000011620(AKT1)中的多态性；和
鸡染色体5上的核苷酸序列ENSGALG00000011619(SIVA1)中的多态性。
16.通过权利要求8至11任一项的方法产生的对细菌感染有抗性的动
物。
17.一种用于在样品中鉴定位于SAL1位的一个或多个标记的基因型的
试剂盒，其中所述SAL1位位于鸡染色体5的54.0MB至54.8MB之间或其等
同物，且其中所述试剂盒包含用于确定一个或多个标记的等位基因的物质，
其中所述一个或多个标记选自下组：
鸡染色体5上的单核苷酸多态性SNP2(rs16511470)；
鸡染色体5上的微卫星标记ADL166(UniSTS...

【专利技术属性】
技术研发人员：M法伊弗，P凯泽，N萨尔蒙，
申请(专利权)人：动物健康研究院，
类型：发明
国别省市：