通过解链曲线分簇的SNP检测制造技术

提供了用于对解链曲线集合进行自动分析的系统、方法和装置。该分析可标识解链的双链核苷酸序列(例如，DNA或其他核苷酸序列)的某些特性。例如，可从该分析确定序列(也称为扩增子)中的变异(例如，突变)。扩增子可经由任何扩增机制来扩增，诸如PCR或连接酶链式反应(LCR)。该自动分析可包括标识解链区，规范化解链曲线、以及将解链曲线分簇。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】通过解链曲线分簇的SNP检测相关申请的交叉引用该非临时专利申请要求于2009年2月27日提交的题为“通过解链曲线分簇的SNP 检测”的美国临时专利申请No. 61/156，034的优先权。该临时申请的全部内容通用地通过援引纳入于此。背景 本专利技术一般涉及标识基因序列变异，诸如单核苷酸多态性(SNP)，且尤其涉及使用来自聚合酶链式反应(PCR)装置的解链曲线来标识序列变异。使用实时PCR来检测和量化目标核苷酸序列。在PCR中，一个或更多个反应孔包含DNA模板，该DNA模板包含要扩增的DNA区(目标)。反应孔的温度上升，从而DNA解离成两个单链。温度随后下降，与目标序列侧面的区域互补的引物随后结合。温度随后稍微上升以解离该单链与引物联结。DNA聚合酶随后可合成新的DNA以提供DNA扩增。例如通过荧光来实时地监视序列的指数式扩增。通常使用荧光染料，其仅报告双链DNA的存在。通常，染料不区分各序列，因此可能报告非期望目标的扩增。这些非期望序列可在解离步骤期间检测。在解离期间，双链PCR产物解链成单链，因此荧光减少。解链过程往往在扩增已完全实现之后执行。通过对照温度的逐渐上升来标绘荧光损失可产本文档来自技高网...

【技术保护点】
１．一种标识核苷酸序列之间的序列变异的方法，所述方法包括：接收多个数据点集合，每个集合对应于包含两个核苷酸序列的双链分子的副本的不同样本，集合的每个数据点包括所述样本的信号值和温度值，其中所述温度对于每个相继数据点上升，其中每个集合定义一条解链曲线；至少一个处理器通过以下步骤确定各解链曲线的解链区：对于每条解链曲线：取二阶导数；标识所述二阶导数的函数与边界阈值交叉处的开始和结束温度；基于所述各解链曲线的相应开始温度，标识解链区开始；基于所述各解链曲线的相应结束温度，标识解链区结束；将每条解链曲线指派给相应的簇，其中指派给相同簇的解链曲线相对于其他簇中的解链曲线在所述解链区中具有一种或多种相似性...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员：T·豪瑟，
申请(专利权)人：生物辐射实验室股份有限公司，
类型：发明
国别省市：US