用于准确且经济高效的测序、单体型分型和组装的基于单管珠粒的DNA共条形码化制造技术

技术编号:46367009 阅读:6 留言:0更新日期:2025-09-15 12:43
本发明专利技术描述了用于制备核酸测序文库的方法和组合物,所述方法包括:(a)将插入序列转座入靶核酸的第一片段,其中所述插入序列包含杂交序列,并且其中所述转座在所述第一片段中产生切口;(b)将(i)来自(a)的所述靶核酸的所述第一片段、(ii)夹板寡核苷酸和(iii)珠粒群体合并成单个混合物,其中每个珠粒包含固定在其上的捕获寡核苷酸,和(c)将单个珠粒的捕获寡核苷酸连接到单个第一片段的插入的杂交序列。

【技术实现步骤摘要】


技术介绍

1、迄今为止,绝大多数个体全基因组序列缺乏有关作为同源染色体上的连续块传递的单碱基到多碱基变异的顺序的信息。最近已经开发出许多技术来实现这一点。大多数技术是基于共条形码化(co-barcoding)的方法(13),也就是说,将相同的条形码添加到单个长基因组dna分子的亚片段中。测序后,条形码信息可用于确定哪些读段(reads)来自原始的长dna分子。这个方法最初由drmanac(14)描述,并由peters等人(6)作为384孔板分析实施。然而,这些方法的实施在技术上具有挑战性,价格昂贵,数据质量较低,不能提供独特的共条形码,或这四种的某种组合。在实践中,大多数这些方法都需要通过标准方法来生成单独的完整基因组序列,以改善变异调用。这导致这些方法的使用受限,因为成本和易用性是wgs使用何种技术的主要因素。


技术实现思路

1、附图和表格

2、图1(a)至1(d)。stlfr的概述。图1(a):stlfr的第一步涉及在长基因组dna分子上大约每200-1000个碱基对插入一个杂交序列。这是使本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.不使用纳米滴制备用于测序靶核酸的测序文库的方法,包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其中3'分支连接衔接子寡核苷酸是平端衔接子,并且其中3'分支连接包括将所述平端衔接子的5'磷酸与所述第一片段的切口处的凹陷3'羟基共价连接。

3.根据权利要求1或2所述的方法,其中该方法还包括进行引物延伸以形成具有平端的延伸产物,并将第二衔接子连接到该延伸产物的所述平端。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述切口由随机切口酶产生,并且其中连接在切口形成时发生。

5.根据权利要求1至4中任一项的方法,其中步骤(b)在聚乙二醇-8000存在下...

【技术特征摘要】

1.不使用纳米滴制备用于测序靶核酸的测序文库的方法,包括:

2.根据权利要求1所述的方法,其中3'分支连接衔接子寡核苷酸是平端衔接子,并且其中3'分支连接包括将所述平端衔接子的5'磷酸与所述第一片段的切口处的凹陷3'羟基共价连接。

3.根据权利要求1或2所述的方法,其中该方法还包括进行引物延伸以形成具有平端的延伸产物,并将第二衔接子连接到该延伸产物的所述平端。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其中所述切口由随机切口酶产生,并且其中连接在切口形成时发生。

5.根据权利要求1至4中任一项的方法,其中步骤(b)在聚乙二醇-8000存在下发生。

6.根据权利要求1至4中任一项的方法,包括将靶核酸包裹在所述珠粒周围。

7.根据权利要求1所述的方法,其中所述混合物包含聚乙二醇-8000(peg-8000),并且peg-8000的浓度为10%。

8.根据权利要求1至4中任一项的方法,包括扩增延伸产物以产...

【专利技术属性】
技术研发人员:拉多吉·T·德尔马纳茨布罗克·A·彼得斯王欧
申请(专利权)人:深圳华大智造科技股份有限公司
类型:发明
国别省市:

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