一种通过多态性位点连锁区域块评估孕期母本游离血液中胎儿DNA浓度（cffDNA）的方法技术

一种通过多态性位点连锁区域块评估孕期母本游离血液中胎儿DNA浓度(cffDNA)的方法，包括：获取样本的低深度WGS测序数据；获取点位与连锁多态性关系的映射关系；根据低深度WGS测序数据和点位与连锁多态性关系的映射关系并以构成连锁多态性关系的多个位点为单位进行浓度计算。其中，点位与连锁多态性的映射关系能由公开的基因组WGS数据经处理、公开的连锁多态性区域块数据经处理或根据大量高深度WGS实测数据经处理得到。本发明专利技术基于低深度WGS数据，直接通过连锁SNP区域块的杂合度可用于计算孕期母本游离血液中cffDNA浓度，在NIPT实际应用中不受胎儿性别的影响，不需要父亲的样本且不需要额外实验，稳定性高，性能高，成本低。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物信息分析，特别涉及一种通过多态性位点连锁区域块评估孕期母本游离血液中胎儿dna浓度(cffdna)的方法，其示例性的可以用于基于低深度wgs评估孕期母本游离血液中胎儿dna浓度。

技术介绍

1、孕期母本外周血中游离dna(cell free dna,cfdna)中胎儿游离dna(cell freefetal dna,cffdna)所占的比例，即胎儿浓度，称为cffdna浓度(fetal fraction，ff)。cffdna浓度对无创产前检测(non-invasive prenatal testing,nipt)结果准确性的判断至关重要。目前，nipt要求cffdna浓度至少达到4％，如果母血中的cffdna浓度＜4％，异常的胎儿dna可能受相对大量的母体正常整倍体dna影响而无法检测出准确结果，导致得到假阴性的结果。

2、目前，nipt应用过程中检测母体血浆中的cffdna浓度有多种方法。基于y染色体的reads或遗传标记来定量母体血浆中男性胎儿的cffdna浓度是最准确和直接的，缺陷也显而易见，只适合怀有男胎的孕期母本。一本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种通过多态性位点连锁区域块评估孕期母本游离血液中胎儿DNA浓度的方法，其特征在于，所述方法包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤S1中，所述多态性位点的连锁关系通过以下至少一种方式得到：

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述由公开的基因组WGS数据经处理得到或所述根据大量高深度WGS实测数据经处理得到，具体是基于参考基因组以预定规则筛选得到。

4.根据权利要求1所述方法，所述步骤S2-S4具体为：

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，在步骤S2中，测序后对低深度WGS下机数据进行处理，处理过程如下：

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【技术特征摘要】

1.一种通过多态性位点连锁区域块评估孕期母本游离血液中胎儿dna浓度的方法，其特征在于，所述方法包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤s1中，所述多态性位点的连锁关系通过以下至少一种方式得到：

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述由公开的基因组wgs数据经处理得到或所述根据大量高深度wgs实测数据经处理得到，具体是基于参考基因组以预定规则筛选得到。

4.根据权利要求1所述方法，所述步骤s2-s4具体为：

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，在步骤s2中，测序后对低深度wgs下机数据进行处理，处理过程如下：

6.根据权利要求5所述的方法，其中去除reads上的接头使用fastp软件进行；其中下机数据与参考基因组grch38通过bwa软件进行比对矫正，得到bam格式的比对文件；其中通过picard或genecore软件去除重复的reads；其中过滤低质量数据采用bcftools mpileup进行。

7.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述预定规则为：

8.根据权利要求7所述的方法，所述一定的人群频率在0.2-0.8之间。

9.根据权利要求7所述的方法，所述连锁snp区域块的数量大于10000，连锁snp区域块区域块中连锁位点的数量大于10。

10.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述去除不符合要求的位点和区域包括以下至少一种方式：去除indel类型的位点、去除与str相关的snp位点、去除与msi相关的snp位点、去除哈温不平衡点、去除有重复可能的区域和去除snp附近gc含量过高且复杂度低的区域。

11.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，m大于等于10，m-k为1-4，t1为0.01-0.20，t2为0.90-0.99，t3为0.95-0.99。

12.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，在步骤(1)中，采用1kgp中chs和chb两个人群的22对常染色体的wgs数据，g为416。

13.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，

14.根据权利要求7或13所述的方法，其特征在于，在步骤(2)中，仅计算abs(af-0.5)小于第四阈值t4的snp位点的ld值，所述t4为0.01-0.04。

15.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，在步骤s4中，以连锁snp区域块为单位表示：以连锁snp区域块作为整体与参考基因组进行比对，根据测序深度比值进行分型，连锁snp区域块的测序深度为其内对应分型的连锁位点的测序深度的叠加；以二项分布法计算胎儿浓度，连锁snp区域块与参考基因组一致的reads记为na，连锁snp区域块与参考基因组不一致的reads记为na，n＝na+na；若na/n＜0.2或＞0.8时，则认为其占比＜0.2的reads由胎儿提供。

16.根据权利要求15所述的方法，其特征在于，所述二...

【专利技术属性】
技术研发人员：曾丰波，严俊，熊露，杨功达，
申请(专利权)人：上海蓝沙生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：