基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法技术

本发明专利技术提供了基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法，包括获取水稻群体，对水稻群体进行群体分化分析，筛选出高分化位点。对水稻群体进行杂合度筛选，得到目标SNP位点。将亚群间分化显著且亚群内纯合的目标SNP位点作为候选SNP位点。通过亚群间遗传分化和群体内纯合度的联合筛选，可以有效排除因遗传背景差异导致的假阳性信号。对候选SNP位点进行功能注释关联，对水稻群体进行转录组差异表达分析。根据潜在调控基因和差异表达基因确定最终候选基因。本发明专利技术通过群体遗传学和转录组学的协同分析，同时验证遗传分化和功能表达，可以显著提高候选基因的准确性和可靠性，避免单一维度筛选的局限性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因筛选，尤其涉及基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法。

技术介绍

1、现有的耐热基因筛选方法一般是先定位耐热功能qtl区域，再在耐热功能qtl区域内计算每个10kb滑动窗口的hp值和fst值。将hp值低于0.001的区域判定为遗传多样性低的区域，可能受到选择性清除的影响。fst值高于0.95的区域表明亚群之间存在显著的遗传分化，提示这些区域可能与耐热功能相关。通过筛选同时满足这两个条件的snp位点，锁定包含这些snp位点的基因作为耐热功能候选基因。

2、现有技术所筛选的对象仅为已定位的耐热功能qtl区域，缺乏基因表达层面的验证，而且局限于单独的两个亚群，无法有效排除假阳性和非耐热其他功能的snp位点与基因。

3、因此，需要一种可以整合群体遗传学和转录组学的多组学数据，提高水稻耐热基因筛选的准确性和可靠性的方法。

技术实现思路

1、为克服相关技术中存在的问题，本专利技术的目的是提供基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法，该方法可以整合群体遗传学和本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法，其特征在于，所述水稻群体包括籼稻、温带粳稻和热带粳稻。

3.根据权利要求2所述的基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法，其特征在于，所述对所述水稻群体进行群体分化分析，筛选出高分化位点，包括：

4.根据权利要求3所述的基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法，其特征在于，所述对所述水稻群体进行杂合度筛选，得到目标SNP位点，包括：

5.根据权利要求1所述的基于群体遗传与...

【技术特征摘要】

1.基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法，其特征在于，所述水稻群体包括籼稻、温带粳稻和热带粳稻。

3.根据权利要求2所述的基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法，其特征在于，所述对所述水稻群体进行群体分化分析，筛选出高分化位点，包括：

4.根据权利要求3所述的基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法，其特征在于，所述对所述水稻群体进行杂合度筛选，得到目标snp位点，包括：

5.根据权利要求1所述的基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法，其特征在于，所述对所述候选snp位点进行功能注释关联，得到潜在调控基因，包括：

6.根据权利要求2所述的基于群体遗传与转录组整合的水稻耐热候选基因筛选方法，其特征在于，所述对所述水...

【专利技术属性】
技术研发人员：赫圣博，周嘉伟，李晓霞，白政永，张静懿，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：