【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学检测，尤其涉及用于鉴定陆地棉抗高温种质的snp位点及其应用。
技术介绍
1、陆地棉(gossypium hirsutum.l)产出了超过90％的天然可纺织纤维。棉花的生产会受到夏季频繁的超过35℃的极端高温天气影响，导致高温雄性不育，造成集中成铃期蕾铃的大量脱落。但由于棉花抗高温表性复杂，基因鉴定种质筛选困难，因此现阶段棉花抗高温育种存在现实瓶颈。为解决上述产业问题，建立了快速鉴定高温下棉花花粉活力的方案，并在陆地棉育种群体中鉴定了四个抗高温位点，分别为qpv-a01，qpv-d01，qpv-d05和qpv-d12，并期望分析抗高温位点中的遗传变异和效应进而确定抗高温基因(cn118186135a)。已有专利技术公布了qpv-d12区块中的抗高温基因，基因id为ghir_d12g013040。ghir_d12g013040基因编码一个3-甲基-2-氧丁酸羟甲基转移酶基因，根据英文名缩写和物种来源，命名为ghkphmt。ghkphmt基因正调控花粉高温抗性，在陆地棉，水稻和模式植物中均可创制抗高温遗传材料和种质，但该基因在功能缺失后出现发育缺陷，因此需要利用其创制陆地棉抗高温种质需经历转基因操作，在实验实施和推广应用上存在一定难度。
技术实现思路
1、为解决上述技术问题，本专利技术提出了用于鉴定陆地棉抗高温种质的snp位点及其应用，提供一段ghkphmt基因的上游表达调控序列，两个与陆地棉花粉抗高温表型连锁的snp位点和用于检测的pcr引物，丰富了陆地棉抗高温
2、为实现上述目的，本专利技术提供了用于鉴定陆地棉抗高温种质的snp位点，所述snp位点为snp1和snp2；
3、所述snp1位于陆地棉d12染色体上第42577154位，核苷酸为t/c；
4、所述snp2位于陆地棉d12染色体上第42577814位，核苷酸为a/t。
5、本专利技术还提供了检测所述snp位点的引物，所述引物包括扩增所述snp1位点的正向引物和反向引物，扩增所述snp2位点的正向引物和反向引物；
6、扩增所述snp1位点的正向引物的核苷酸序列如seq id no.5所示；
7、扩增所述snp1位点的反向引物的核苷酸序列如seq id no.7所示；
8、扩增所述snp2位点的正向引物的核苷酸序列如seq id no.8所示；
9、扩增所述snp2位点的反向引物的核苷酸序列如seq id no.10所示。
10、本专利技术还提供了所述snp位点在制备鉴定陆地棉抗高温种质产品中的应用。
11、优选的，所述产品包括试剂、试剂盒和芯片。
12、本专利技术还提供了所述引物在制备鉴定陆地棉抗高温种质产品中的应用。
13、优选的，所述产品包括试剂、试剂盒和芯片。
14、本专利技术还提供了一种利用所述snp位点鉴定陆地棉抗高温种质的方法，包括以下步骤：
15、(1)获取待测陆地棉的全基因组dna，以所述全基因组dna为模板，进行pcr扩增；
16、(2)pcr扩增后，进行琼脂糖凝胶电泳，可通过扩增成功与否确定对应snp的基因型。优选的，所述pcr扩增采用所述引物。
17、优选的，所述pcr扩增的反应程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，53～56℃退火30s，72℃延伸30s，32～35个循环；72℃延伸5min。
18、与现有技术相比，本专利技术具有如下优点和技术效果：
19、本专利技术根据候选基因及单倍型分析结果，确定了陆地棉核心种质在ghkphmt基因座位上的自然变异信息及对应基因型的花粉活力。基于tm-1(hzauv1.1)参考基因组的信息，设计了扩增引物扩增两个潜在的调控序列，并确定了snp1和snp2的位置和真实性。根据snp变异信息，针对性开发退火竞争性kasp标记并通过随机选择试验实验，在抗高温和敏高温陆地棉种质中可进行基因型分型。
20、本专利技术针对ghkphmt基因上游调控序列的自然变异公开了退火特异性标记snp1和snp2，两个标记高度连锁，可用于抗高温种质的快速鉴定和筛选，根据任意一个snp的分型结果即可对陆地棉种质的高温抗性进行初步判断。
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1.用于鉴定陆地棉抗高温种质的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点为SNP1和SNP2；
2.检测权利要求1所述SNP位点的引物，其特征在于，所述引物包括扩增所述SNP1位点的正向引物和反向引物，扩增所述SNP2位点的正向引物和反向引物；
3.如权利要求1所述SNP位点在制备鉴定陆地棉抗高温种质产品中的应用。
4.根据权利要求3所述应用，其特征在于，所述产品包括试剂、试剂盒和芯片。
5.如权利要求2所述引物在制备鉴定陆地棉抗高温种质产品中的应用。
6.根据权利要求5所述应用，其特征在于，所述产品包括试剂、试剂盒和芯片。
7.一种利用如权利要求1所述SNP位点鉴定陆地棉抗高温种质的方法，其特征在于，包括以下步骤：
8.根据权利要求7所述鉴定陆地棉抗高温种质的方法，其特征在于，所述PCR扩增采用如权利要求2所述引物。
9.根据权利要求7所述鉴定陆地棉抗高温种质的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，53～56℃退火30s，72℃延伸30s，
...【技术特征摘要】
1.用于鉴定陆地棉抗高温种质的snp位点，其特征在于，所述snp位点为snp1和snp2；
2.检测权利要求1所述snp位点的引物，其特征在于，所述引物包括扩增所述snp1位点的正向引物和反向引物，扩增所述snp2位点的正向引物和反向引物；
3.如权利要求1所述snp位点在制备鉴定陆地棉抗高温种质产品中的应用。
4.根据权利要求3所述应用，其特征在于，所述产品包括试剂、试剂盒和芯片。
5.如权利要求2所述引物在制备鉴定陆地棉抗高温种质产品中的应用。
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