【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因工程及肿瘤医学领域，具体涉及一种与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物及其应用。
技术介绍
1、结直肠癌是常见的消化道恶性肿瘤之一，严重威胁了人类生命健康。其发病率位列我国恶性肿瘤第三位，且随着国家经济水平的发展以及居民生活方式和饮食结构的改变，我国结直肠癌的发病率和死亡率均呈现逐年上升的趋势，结直肠癌已成为中国乃至全世界亟待解决的重大公共卫生问题。目前，针对结直肠癌最有效的筛查方法是粪便隐血检查(fit)结合结肠镜检查。但是，这种方法也存在着检出率不高、患者接受度不高等问题。因此，如果能更为精准的针对结直肠癌的高危个体开展早期筛查和早期诊断，则可以使得患者的接受度更高，且能为国家节省大量的医疗支出。
2、近年来，以分子遗传学为基础的个体化筛查方案，成为结直肠癌高危人群筛查的重点。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)是最常见的遗传变异，是一类已被证实与肿瘤发生风险相关的分子标志物，其反映了个体的遗传背景差异。迄今为止，全基因组关联研究(genome-wide association study，gwas)已鉴定出了200多个结直肠癌遗传易感snp，在gwas所发现的易感snp中，超过90％的位于基因组非编码区域可通过参与基因表达调控来影响结直肠癌风险。gwas飞速发展的同时，在基因组高通量检测技术的支持下，研究者发现非编码区域中包含着许多顺式调控元件(cis-regulatory element，cre)，比如启动子、增强子及绝缘
3、整合组蛋白修饰信息解析染色质活性状态，在此基础上识别结直肠癌遗传易感位点，可以实现对致病位点的精细定位，并且精准地阐明统计学关联背后的易感机制。我们采集了结直肠正常、癌前病变、癌症三个阶段的组织样本进行atac-seq、chip-seq、rna-seq以及hi-c在内的多组学分析，由此构建了结直肠癌多阶段顺式调控元件图谱，并发现了结直肠癌进展中具有显著差异的调控元件cre:chr13:73,990,100-73,990,450。其中，位于该区域的遗传位点rs10871066具有最强的基因表达调控效应，相比于rs10871066[a]个体，携带[g]等位基因的个体结直肠癌患病风险显著增加。机制上，我们发现rs10871066通过长程染色质环相互作用等位基因特异性的促进pibf1和klf5的表达。且tcf7l2与rs10871066[g]等位基因特异性结合，foxp1与rs10871066[a]等位基因特异性结合，进而影响靶基因pibf1和klf5的表达水平，klf5参与nf-κb、wnt、apoptosis等多种致病通路，而pibf1通过对nk细胞活性的抑制作用，从而促进结直肠癌发病风险。因此，位于非编码区的rs10871066变异与结直肠癌患病风险有着密切的关系，有望在临床上应用，辅助结直肠癌的早期诊断，早期发现结直肠癌患者。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于克服现有技术的不足，提供一种与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物及其应用。
2、本专利技术解决上述技术问题的技术方案如下：
3、一种与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物，该标志物为rs10871066。
4、所述的与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物rs10871066的特异性扩增引物序列为seq id no：1和seq id no：2。
5、所述的与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物rs10871066的探针序列为seq id no：3和seq id no：4。
6、所述的与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物rs10871066的检测试剂在制备结直肠癌辅助诊断试剂盒中的应用。
7、一种结直肠癌早期筛查和辅助诊断试剂盒，用于检测外周血dna中的rs10871066。
8、所述的结直肠癌早期筛查和辅助诊断试剂盒，包括上述snp标志物的特异性扩增引物和snp标志物的特异性探针。
9、本专利技术的有益效果为：从分子生物学及基因诊断水平上，提供了筛选结直肠癌高危人群的技术方法。此方法基于我们前期通过整合多组学技术显示，rs10871066位点与中国人群的结直肠癌易感性相关。通过针对rs10871066位点进行巧妙的引物和探针设计，能够依靠荧光定量pcr，即可对正常人群进行rs10871066危险位点的检测，从而鉴别结直肠癌的高危人群，辅助结直肠癌早期筛查及诊断，该技术方法设计巧妙、简易可行、结果准确可靠,可在各级医院进行推广，对于评估结直肠癌的患病风险提供了帮助，有助于临床上对该类人群进行结直肠癌筛查和早期干预。
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1.一种与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物,该标志物为rs10871066。
2.根据权利要求1所述的与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物，其特征在于，所述rs10871066的特异性扩增引物序列为SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2。
3.根据权利要求1所述的与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物，其特征在于，所述rs10871066的探针序列为SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4。
4.与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物rs10871066的检测试剂在制备结直肠癌辅助诊断试剂盒中的应用。
5.一种结直肠癌早期筛查和辅助诊断试剂盒，其特征在于，用于检测外周血DNA中的rs10871066。
6.根据权利要求5所述的结直肠癌早期筛查和辅助诊断试剂盒，其特征在于，包括序列为SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2的特异性扩增引物和序列为SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4的特异性探针。
【技术特征摘要】
1.一种与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物,该标志物为rs10871066。
2.根据权利要求1所述的与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物，其特征在于，所述rs10871066的特异性扩增引物序列为seq id no：1和seq id no：2。
3.根据权利要求1所述的与结直肠癌高危人群识别和早期筛查相关的染色质开放位点标志物，其特征在于，所述rs10871066的探针序列为seq id no：3和seq id n...
【专利技术属性】
技术研发人员：田剑波，缪小平，鲁泽群，张衡，金梦，李斌，
申请(专利权)人：武汉大学，
类型：发明
国别省市：
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