【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、碱基编辑器是颇有前景的工具，用于基础研究和治疗应用中的精确碱基编辑1,2。腺嘌呤碱基编辑器(abe)和胞嘧啶碱基编辑器(cbe)可分别实现a:t到g:c和c:g到t:a转换3,4。最近，通过在胞嘧啶碱基编辑器中用尿嘧啶dna n-糖基化酶(ung)替换尿嘧啶糖基化酶抑制剂(ugi)，开发了c到g碱基编辑器(cgbe)5-9。然而，没有编辑器可以支持包括转换和颠换在内的碱基转化。仍需实现能够进行a到t和a到c颠换的碱基编辑器以修复大量的点突变2，其占高达27％的遗传疾病(图3)。本领域需要具有扩展编辑结果的腺嘌呤碱基编辑器，以促进例如a到c和a到t的颠换编辑(aybe，y＝c或t)，尤其是在哺乳动物细胞中。
2、在本公开中对任何文献的引用或标识均不是承认该文献可作为本公开的现有技术获得。本公开中提及或引用的每一个参考文献均通过援引以其全文并入。
技术实现思路
1、针对以上
技术介绍
，本公开提供了优于现有技术的某些优点和进步。尽管本公开不限于特定优点或功能，但是在一个方面，本公开提供了一种碱基编辑器，其包含：
2、(1)能够结合包含靶a:t碱基对的靶dsdna的核酸可编程dna结合结构域(napdnabd)，所述靶a:t碱基对包含所述靶dsdna的非靶链(编辑链)上原间隔子序列中的靶脱氧腺苷(da)(第一脱氧核糖核苷酸)和所述靶dsdna的靶链(非编辑链)上靶序列中的脱氧胸苷(dt)(第二脱氧核糖核苷酸)，其中所述原间隔子序列与所述靶序列完全反向互
3、(2)能够将所述靶脱氧腺苷的腺嘌呤脱氨为次黄嘌呤的腺嘌呤脱氨酶结构域；和
4、(3)能够切除所述次黄嘌呤的次黄嘌呤切除结构域。
5、在另一方面，本公开提供了一种系统，其包含：
6、(1)碱基编辑器或编码所述碱基编辑器的多核苷酸，所述碱基编辑器包含：
7、(a)能够结合包含靶a:t碱基对的靶dsdna的核酸可编程dna结合结构域(napdnabd)，所述靶a:t碱基对包含所述靶dsdna的非靶链(编辑链)上原间隔子序列中的靶脱氧腺苷(da)(第一脱氧核糖核苷酸)和所述靶dsdna的靶链(非编辑链)上靶序列中的脱氧胸苷(dt)(第二脱氧核糖核苷酸)，其中所述原间隔子序列与所述靶序列完全反向互补；
8、(b)能够将所述靶脱氧腺苷的腺嘌呤脱氨为次黄嘌呤的腺嘌呤脱氨酶结构域；和
9、(c)能够切除所述次黄嘌呤的次黄嘌呤切除结构域；和
10、(2)指导核酸或编码所述指导核酸的多核苷酸，所述指导核酸包含：
11、(a)能够与所述napdnabd形成复合物的支架序列；和
12、(b)能够与所述靶dsdna的靶链上的靶序列杂交，由此将所述复合物导向所述靶dsdna的指导序列。
13、在又一方面，本公开提供了一种修饰靶dsdna的方法，所述方法包括使所述靶dsdna与系统接触，
14、所述靶dsdna包含靶a:t碱基对，所述靶a:t碱基对包含所述靶dsdna的非靶链(编辑链)上原间隔子序列中的靶脱氧腺苷(da)(第一脱氧核糖核苷酸)和所述靶dsdna的靶链(非编辑链)上靶序列中的脱氧胸苷(dt)(第二脱氧核糖核苷酸)，其中所述原间隔子序列与所述靶序列完全反向互补；
15、所述系统包含：
16、(1)碱基编辑器或编码所述碱基编辑器的多核苷酸，所述碱基编辑器包含：
17、(a)能够结合所述靶dsdna的核酸可编程dna结合结构域(napdnabd)；
18、(b)能够将所述靶脱氧腺苷的腺嘌呤脱氨为次黄嘌呤的腺嘌呤脱氨酶结构域；和
19、(c)能够切除所述次黄嘌呤的次黄嘌呤切除结构域；和
20、(2)指导核酸或编码所述指导核酸的多核苷酸，所述指导核酸包含：
21、(1)能够与所述napdnabd形成复合物的支架序列；和
22、(2)能够与所述靶dsdna的靶链上的靶序列杂交，由此将所述复合物导向所述靶dsdna的指导序列。
23、在又一方面，本公开提供了一种多核苷酸，其编码本公开的碱基编辑器以及任选地本公开所定义的指导核酸。
24、在又一方面，本公开提供了一种载体，其包含本公开的多核苷酸。
25、在又一方面，本公开提供了一种复合物，其包含本公开的碱基编辑器以及本公开所定义的指导核酸。
26、在又一方面，本公开提供了一种细胞，其包含本公开的碱基编辑器或系统、本公开的多核苷酸、本公开的载体、或本公开的复合物。
27、在又一方面，本公开提供了一种药物组合物，其包含：
28、(i)本公开的碱基编辑器或系统、本公开的多核苷酸、本公开的载体、本公开的复合物、或本公开的细胞；和
29、(ii)药学上可接受的赋形剂。
30、在又一方面，本公开提供了一种用于治疗患有或有风险患上与靶dsdna的靶脱氧腺苷相关的疾病的受试者的方法，所述方法包括向所述受试者施用(例如，有效量的)本公开的系统，其中所述靶脱氧腺苷由所述系统修饰，并且所述修饰治疗或预防所述疾病。
31、在又一方面，本公开提供了本公开所定义的mpg。
32、在下面的说明书中阐述了本公开的一个或多个实施方式的细节。本公开的其他特征或优点从以下附图和若干实施方式的详细描述中并且从所述权利要求中应当是清楚的。应理解，除非另外指示，否则本公开的任何方面或实施方式都可以与本公开的任何其他方面或实施方式组合，以构成本文明确或隐晦公开的另一个实施方式。
33、定义
34、本公开将对具体实施方式进行描述，但本公开不限于此，而仅受权利要求书的限制。除非另外定义，本文所用的全部技术术语和科学术语具有与本公开所属领域的普通技术人员通常所理解的相同含义。除非另外指示，如下文阐述的术语通常以其通常含义进行理解。
35、概述
36、核酸可编程dna结合蛋白(napdnabp)，例如cas9、cas12、iscb，在包含靶向靶dna的指导序列的指导核酸(例如，指导rna)指导下，基本上能够结合靶dna(例如，dsdna)。在一些实施方式中，靶dna是真核的。
37、不希望受理论束缚，在一些实施方式中，指导核酸包含负责与napdnabp形成复合物的支架序列，以及经有意设计为负责与靶dna的靶序列杂交的指导序列，从而将包含napdnabp和指导核酸的复合物引导至靶dna。
38、参见图21描绘，示例性靶dsdna包含5’至3’单dna链和3’至5’单dna链，该5’至3’单dna链包含第一脱氧核糖核苷酸da，并且该3’至5’单dna链包含与da碱基配对的第二脱氧核糖核苷酸dt。
39、示例性指导核酸被描绘为包含指导序列和支架序列。指导序列被设计成与3’至5’单dna链的一部分杂交，并且因此指导序列“靶向”此部本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种碱基编辑器，其包含：
2.一种系统，其包含：
3.一种修饰靶dsDNA的方法，所述方法包括使所述靶dsDNA与系统接触，所述靶dsDNA包含靶A:T碱基对，所述靶A:T碱基对包含所述靶dsDNA的非靶链(编辑链)上原间隔子序列中的靶脱氧腺苷(dA)(第一脱氧核糖核苷酸)和所述靶dsDNA的靶链(非编辑链)上靶序列中的脱氧胸苷(dT)(第二脱氧核糖核苷酸)，其中所述原间隔子序列与所述靶序列完全反向互补；
4.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶dsDNA是野生型。
5.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶脱氧腺苷对于所述靶dsDNA而言是天然的。
6.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶脱氧腺苷是所述靶dsDNA中的突变。
7.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶脱氧腺苷是所述靶dsDNA中的病原性突变。
8.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶dsDNA是靶基因。
9.
10.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中通过所述腺嘌呤脱氨酶结构域将所述靶脱氧腺苷的腺嘌呤脱氨以原位形成次黄嘌呤。
11.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述次黄嘌呤切除结构域基本上能够切除通过所述腺嘌呤脱氨酶结构域原位形成的次黄嘌呤。
12.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述次黄嘌呤切除结构域基本上能够切割或水解连接所述原位形成的次黄嘌呤和所述靶脱氧腺苷的脱氧核糖的糖苷键。
13.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述原位形成的次黄嘌呤的切除将所述原间隔子序列中的靶脱氧腺苷转化为具有所述靶脱氧腺苷的糖-磷酸骨架的无碱基位点。
14.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中通过所述napDNAbd在所述靶链产生切口。
15.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶链上的切口诱导所述靶链中的缺失。
16.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述dsDNA在靶细胞中。
17.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶链上的缺失例如通过所述靶细胞中的跨损伤合成(TLS)使用含有所述无碱基位点的原间隔子序列作为修复模板来修复。
18.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中在靶链的修复期间，与脱氧胸苷(dT)(第二脱氧核糖核苷酸)不同的第三脱氧核糖核苷酸(例如，dG、dA)在靶序列中与作为修复模板的原间隔子序列中的无碱基位点相对的位点处形成。
19.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中在所述无碱基位点处的靶脱氧腺苷的糖-磷酸骨架例如通过所述靶细胞中的酶去除。
20.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中在去除所述无碱基位点处的靶脱氧腺苷的糖-磷酸骨架后，在所述原间隔子序列中的无碱基位点形成第四脱氧核糖核苷酸(例如，dC、dT)以与所述靶序列中的第三脱氧核糖核苷酸(例如，dG、dA)碱基配对，从而使得所述原间隔子序列中的靶脱氧腺苷替换为第四脱氧核糖核苷酸(例如dA到dC、dA到dT)。
21.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述第三脱氧核糖核苷酸是dA、dC或dG。
22.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述第四脱氧核糖核苷酸是dT、dC或dG。
23.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶脱氧腺苷到所述第四脱氧核糖核苷酸的替换是dA到dC、dA到dT或dA到dG替换。
24.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述替换将终止密码子转化为非终止密码子或将非终止密码子转化为终止密码子。
25.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述终止密码子在所述dsDNA的有义链上。
26.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述替换发生在所述dsDNA的有义链或无义链上。
27.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述替换发生在所述dsDNA的有义链上，将所述有义链上的终止密码子转...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种碱基编辑器，其包含：
2.一种系统，其包含：
3.一种修饰靶dsdna的方法，所述方法包括使所述靶dsdna与系统接触，所述靶dsdna包含靶a:t碱基对，所述靶a:t碱基对包含所述靶dsdna的非靶链(编辑链)上原间隔子序列中的靶脱氧腺苷(da)(第一脱氧核糖核苷酸)和所述靶dsdna的靶链(非编辑链)上靶序列中的脱氧胸苷(dt)(第二脱氧核糖核苷酸)，其中所述原间隔子序列与所述靶序列完全反向互补；
4.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶dsdna是野生型。
5.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶脱氧腺苷对于所述靶dsdna而言是天然的。
6.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶脱氧腺苷是所述靶dsdna中的突变。
7.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶脱氧腺苷是所述靶dsdna中的病原性突变。
8.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶dsdna是靶基因。
9.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中通过所述碱基编辑器将所述靶脱氧腺苷(第一脱氧核糖核苷酸)替换为不同于所述靶脱氧腺苷(第一脱氧核糖核苷酸)的第四脱氧核糖核苷酸。
10.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中通过所述腺嘌呤脱氨酶结构域将所述靶脱氧腺苷的腺嘌呤脱氨以原位形成次黄嘌呤。
11.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述次黄嘌呤切除结构域基本上能够切除通过所述腺嘌呤脱氨酶结构域原位形成的次黄嘌呤。
12.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述次黄嘌呤切除结构域基本上能够切割或水解连接所述原位形成的次黄嘌呤和所述靶脱氧腺苷的脱氧核糖的糖苷键。
13.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述原位形成的次黄嘌呤的切除将所述原间隔子序列中的靶脱氧腺苷转化为具有所述靶脱氧腺苷的糖-磷酸骨架的无碱基位点。
14.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中通过所述napdnabd在所述靶链产生切口。
15.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶链上的切口诱导所述靶链中的缺失。
16.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述dsdna在靶细胞中。
17.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶链上的缺失例如通过所述靶细胞中的跨损伤合成(tls)使用含有所述无碱基位点的原间隔子序列作为修复模板来修复。
18.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中在靶链的修复期间，与脱氧胸苷(dt)(第二脱氧核糖核苷酸)不同的第三脱氧核糖核苷酸(例如，dg、da)在靶序列中与作为修复模板的原间隔子序列中的无碱基位点相对的位点处形成。
19.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中在所述无碱基位点处的靶脱氧腺苷的糖-磷酸骨架例如通过所述靶细胞中的酶去除。
20.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中在去除所述无碱基位点处的靶脱氧腺苷的糖-磷酸骨架后，在所述原间隔子序列中的无碱基位点形成第四脱氧核糖核苷酸(例如，dc、dt)以与所述靶序列中的第三脱氧核糖核苷酸(例如，dg、da)碱基配对，从而使得所述原间隔子序列中的靶脱氧腺苷替换为第四脱氧核糖核苷酸(例如da到dc、da到dt)。
21.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述第三脱氧核糖核苷酸是da、dc或dg。
22.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述第四脱氧核糖核苷酸是dt、dc或dg。
23.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述靶脱氧腺苷到所述第四脱氧核糖核苷酸的替换是da到dc、da到dt或da到dg替换。
24.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述替换将终止密码子转化为非终止密码子或将非终止密码子转化为终止密码子。
25.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述终止密码子在所述dsdna的有义链上。
26.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述替换发生在所述dsdna的有义链或无义链上。
27.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述替换发生在所述dsdna的有义链上，将所述有义链上的终止密码子转化为非终止密码子或将所述有义链上的非终止密码子转化为终止密码子。
28.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述替换发生在所述dsdna的无义链上，将所述有义链上的终止密码子转化为非终止密码子或将所述有义链上的非终止密码子转化为终止密码子。
29.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述替换发生在所述靶dsdna的剪接位点(例如，剪接供体、剪接受体)中。
30.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述发生在所述剪接位点(例如，剪接供体、剪接受体)中的替换使得从所述靶dsdna转录的转录物的翻译增加或减少。
31.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述碱基编辑器是融合蛋白。
32.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述碱基编辑器从n末端到c末端包含：
33.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述碱基编辑器包含一个、两个、三个或更多个次黄嘌呤切除结构域。
34.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述次黄嘌呤切除结构域基本上能够或已经工程化成基本上能够切除所述次黄嘌呤。
35.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述次黄嘌呤切除结构域包含糖基化酶或其变体。
36.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述糖基化酶或其变体基本上能够或已经工程化成基本上能够切除所述次黄嘌呤。
37.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述糖基化酶选自n-甲基嘌呤dna糖基化酶(mpg)、8-氧鸟嘌呤dna糖基化酶(ogg1)、甲基-cpg结合结构域4、dna糖基化酶(mbd4)、胸腺嘧啶dna糖基化酶(tdg)、尿嘧啶dna糖基化酶(ung)、单链选择性单功能尿嘧啶-dna糖基化酶1(smug1)、muty dna糖基化酶(mutyh)、nth样dna糖基化酶1(nthl1)、nei样dna糖基化酶1(neil1)、nei样dna糖基化酶2(neil2)、nei样dna糖基化酶3(neil3)以及突变体或变体，它们能够切除所述次黄嘌呤。
38.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述次黄嘌呤切除结构域包含n-甲基嘌呤dna糖基化酶蛋白(mpg)。
39.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg基本上能够或已经工程化成基本上能够切除所述次黄嘌呤。
40.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg基本上具有或已经工程化成基本上具有n-甲基嘌呤dna糖基化酶活性。
41.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg包含基序gxxyxxxxygxxxxxn。
42.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg是从选自表a的物种获得的。
43.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg是从选自表a的物种获得的mpg的变体。
44.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg是人mpg(seqid no:1或2)的变体或表b所示的任何mpg。
45.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg包含与seq idno:1或2或表b所示的任何mpg具有至少约60％(例如，至少约65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％、99.9％或100％)序列同一性的氨基酸序列。
46.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg包含在seq idno:2的位置1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、271、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、和/或297处或除人类以外的另一物种(例如，除人类以外的选自表a的物种)的mpg中对应位置处的氨基酸取代，其中所述位置根据seq id no:1的氨基酸序列编号。
47.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg包含在seq idno:2的位置n169处或除人类以外的另一物种(例如，除人类以外的选自表a的物种)的mpg中对应位置处的氨基酸取代，其中所述位置根据seq id no:1的氨基酸序列编号。
48.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述氨基酸取代是用丙氨酸(ala/a)或丝氨酸(ser/s)进行的取代。
49.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg包含与seq idno:28具有至少约60％(例如，至少约65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％、99.9％或100％)序列同一性的氨基酸序列；任选地，其中所述mpg包含seqid no:28的氨基酸序列。
50.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg进一步包含在seq id no:28的位置s198、k202、g203、s206和/或k210处的氨基酸取代，其中所述位置根据seq id no:1的氨基酸序列编号。
51.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述氨基酸取代是用丙氨酸(ala/a)进行的取代。
52.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg进一步包含相对于seq id no:28的、选自s198a、k202a、g203a、s206a和k210a的氨基酸取代，其中所述位置根据seq id no:1的氨基酸序列编号。
53.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg包含相对于seqid no:2的氨基酸取代n169s、s198a、k202a、g203a、s206a和k210a，其中所述位置根据seqid no:1的氨基酸序列编号。
54.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg包含与seq idno:30具有至少约60％(例如，至少约65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％、99.9％或100％)序列同一性的氨基酸序列；任选地，其中所述mpg包含seqid no:30的氨基酸序列。
55.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg进一步包含在seq id no:28的位置s78、p79、k80、g81、r110、t115、e116、r120、r138、g163、q173、g174、d175、a177、e185、l187、e188、l190、e191、t192、q195、s198、t199、r201、k202、v208、k210、r212、s216、k220、a226、n228、k229、s230、q238、e240、a241、r246、l249、p251、e253、p254、a255、r272、p274、v279、r280、g281、v291、q294、d295、t296、q297和/或a298处的氨基酸取代，其中所述位置根据seq id no:1的氨基酸序列编号。
56.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述氨基酸取代是用精氨酸(arg/r)或赖氨酸(lys/k)进行的取代。
57.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg进一步包含相对于seq id no:28的、选自s78r、p79r、k80r、g81r、r110k、t115r、e116r、r120k、r138k、g163r、q173r、g174r、d175r、a177r、e185r、l187r、e188r、l190r、e191r、t192r、q195r、s198r、t199r、r201k、k202r、v208r、k210r、r212k、s216r、k220r、a226r、n228r、k229r、s230r、q238r、e240r、a241r、r246k、l249r、p251r、e253r、p254r、a255r、r272k、p274r、v279r、r280k、g281r、v291r、q294r、d295r、t296r、q297r和a298r的氨基酸取代，其中所述位置根据seq id no:1编号。
58.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg包含相对于seqid no:2的氨基酸取代n169s和g163r，其中所述位置根据seq id no:1编号。
59.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg包含与seq idno:32具有至少约60％(例如，至少约65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％、99.9％或100％)序列同一性的氨基酸序列；任选地，其中所述mpg包含seqid no:32的氨基酸序列。
60.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg包含相对于seqid no:2的氨基酸取代n169s、g163r、s198a、k202a、g203a、s206a和k210a，其中所述位置根据seq id no:1的氨基酸序列编号。
61.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述mpg包含与seq idno:34具有至少约60％(例如，至少约65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％、99.9％或100％)序列同一性的氨基酸序列；任选地，其中所述mpg包含seqid no:34的氨基酸序列。
62.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述腺嘌呤脱氨酶结构域包含trna腺苷脱氨酶(tada)或其功能变体或片段，例如tada8e(seq id no:3)、tada8.17、tada8.20、tada9、tada8ev106w、tada8ev106w+d108q tada-cda、tada-cdb、tada-cdc、tada-cdd、tada-cde、tada-dual、tadac-1.2、tadac-1.14、tadac-1.17、tadac-1.19、tadac-2.5、tadac-2.6、tadac-2.9、tadac-2.19、tadac-2.23、tada8e-n46l、tada8e-n46p。
63.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述腺嘌呤脱氨酶结构域包含载脂蛋白b mrna编辑复合物(apobec)家族脱氨酶、活化诱导脱氨酶(aid)、来自海七鳃鳗的胞苷脱氨酶1(pmcda1)或其功能变体或片段，例如apobec1、apobec2、apobec3a、apobec3b、apobec3c、apobec3d、apobec3f、apobec3g、apobec3h。
64.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述腺嘌呤脱氨酶结构域包含与seq id no:3具有至少约60％(例如，至少约65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％、99.9％或100％)序列同一性的氨基酸序列；
65.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述napdnabd基本上缺乏dsdna切割活性。
66.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述napdnabd基本上缺乏dsdna切割活性和切口酶活性。
67.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述napdnabd具有切口酶活性。
68.如任一前述权利要求所述的碱基编辑器、系统或方法，其中所述napdnabd具有切口酶活性以使所述靶链...
【专利技术属性】
技术研发人员：童华威，
申请(专利权)人：辉大上海生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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