原代模板定向扩增及其方法技术

技术编号:44553622 阅读:27 留言:0更新日期:2025-03-11 14:16
本文提供了用于高通量原代模板定向扩增(PTA)核酸扩增和测序方法的组合物和方法,以及其在研究、诊断和治疗中用于突变分析的应用。本文还提供了用于平行分析来自单细胞的DNA、RNA和/或蛋白质的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】


技术介绍

1、利用核酸扩增的研究方法(例如,下一代测序)提供了关于复杂样品、基因组和其他核酸来源的大量信息。在一些情况下,这些样品以小量从单细胞获得。对于涉及小样品的研究、诊断和治疗,需要高度准确、可扩展且有效的核酸扩增和测序方法,尤其是用于高通量分析的方法。


技术实现思路

1、本文提供了用于高通量样品分析的装置、方法和系统。

2、本文提供了从单细胞扩增的方法,其包括:(a)使单细胞与裂解缓冲剂接触,其中裂解缓冲剂包含至少一个扩增引物;(b)

3、同时向裂解缓冲剂添加:中和缓冲剂、至少一种核酸聚合酶和核苷酸混合物,其中核苷酸混合物包含至少一种终止子核苷酸,所述终止子核苷酸终止聚合酶的核酸复制;以及(c)扩增基因组中的至少一些以产生多个终止的扩增产物,其中复制通过链置换复制进行,其中如果裂解缓冲剂或中和缓冲剂包含tween-20,则tween-20的量不多于0.2%。本文提供了从单细胞扩增的方法,其包括:(a)从细胞群体分离单细胞;(b)使单细胞与裂解缓冲剂接触,其中裂解缓冲剂包含至少本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种从单细胞扩增的方法,所述方法包括:

2.如权利要求1所述的方法,其中所述裂解缓冲剂包括碱、缓冲剂和螯合剂中的一种或多种。

3.如权利要求2所述的方法,其中所述缓冲剂包括HEPES(4-(2-羟乙基)-1-哌嗪乙烷磺酸、BES、MOPS、TES、DIPSO、MOBS、TAPSO、Trizma、HEPPSO、POPSO或TEA。

4.如权利要求1所述的方法,其中所述裂解缓冲剂的一种或多种组分的浓度范围为约10mM至约500mM。

5.如权利要求1所述的方法,其中所述裂解缓冲剂的pH为约11至约14。

6.如权利要求1所述的方...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】

1.一种从单细胞扩增的方法,所述方法包括:

2.如权利要求1所述的方法,其中所述裂解缓冲剂包括碱、缓冲剂和螯合剂中的一种或多种。

3.如权利要求2所述的方法,其中所述缓冲剂包括hepes(4-(2-羟乙基)-1-哌嗪乙烷磺酸、bes、mops、tes、dipso、mobs、tapso、trizma、heppso、popso或tea。

4.如权利要求1所述的方法,其中所述裂解缓冲剂的一种或多种组分的浓度范围为约10mm至约500mm。

5.如权利要求1所述的方法,其中所述裂解缓冲剂的ph为约11至约14。

6.如权利要求1所述的方法,其中所述步骤(b)进行多于10分钟。

7.如权利要求1所述的方法,其中所述步骤(b)、步骤(c)或步骤(b)和步骤(c)两者进行少于10小时。

8.如权利要求1所述的方法,其中所述步骤(b)、步骤(c)或步骤(b)和步骤(c)两者进行少于1小时。

9.如权利要求1所述的方法,其中所述方法进一步包括在所述步骤(c)之后直接添加erat和/或连接混合物。

10.如权利要求1所述的方法,其中所述终止子是不可逆终止子。

11.如权利要求10所述的方法,其中所述终止子核苷酸选自带有α基团修饰的核苷酸、c3间隔子核苷酸、锁核酸(lna)、反向核酸、2’氟核苷酸、3’磷酸化核苷酸、2’-o-甲基修饰的核苷酸和反式核酸。

12.如权利要求10所述的方法,其中所述带有α基团修饰的核苷酸是α-硫代双脱氧核苷酸。

13.如权利要求1所述的方法,其中所述终止子核苷酸包含脱氧核糖的3’碳的r基团的修饰。

14.如权利要求1所述的方法,其中所述终止子核苷酸选自双脱氧核苷酸、反向双脱氧核苷酸、3’生物素化核苷酸、3’氨基核苷酸、3’-磷酸化核苷酸、3’-o-甲基核苷酸、包括3’c3间隔子核苷酸、3’c18核苷酸、3’己二醇间隔子核苷酸的3’碳间隔子核苷酸、无环核苷酸及其组合。

15.如权利要求1所述的方法,其中所述聚合酶基本上不具有聚合酶活性直至加热到至少40℃。

16.如权利要求1所述的方法,其中镁的浓度小于8mm。

17.如权利要求1所述的方法,其中所述核苷酸混合物包含至少一种dntp。

18.如权利要求17所述的方法,其中所述至少一种dntp以0.1-5mm的浓度存在。

19.如权利要求18所述的方法,其中所述至少一种dntp以小于2.5mm的浓度存在。

20.如权利要求1所述的方法,其中所述至少一种终止子核苷酸以小于0.3mm的浓度存在。

21.如权利要求1所述的方法,其中所述方法进一步包括对多个终止的扩增产物或其扩增子测序。

22.如权利要求21所述的方法,其中测序导致以下一种或多种:

23.如权利要求22所述的方法,其中所述单细胞为na12878。

24.如权利要求1所述的方法,其中所述方法包括分析至少1...

【专利技术属性】
技术研发人员:杰伊·A·A·韦斯特杰夫·布莱金顿
申请(专利权)人:铂赛基因组学公司
类型:发明
国别省市:

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