一种快速大批量设计目标基因sgRNA的方法技术

本发明专利技术提供了一种快速大批量设计目标基因sgRNA的方法，属于生物信息技术领域。本发明专利技术所述方法将等位基因进行匹配判断、提取基因序列和CDS序列、使用Muscle工具对提取的基因序列进行多序列比对、提取比对结果中的保守序列、根据保守序列进行sgRNA设计和特异性评估这五部分流程整合到一起，以适应本地化大批量设计和评估目标基因sgRNA的需求。本发明专利技术所述方法能够有效避免现有在线工具受到其数据库收录的物种基因组信息的限制，可以对大批量目标基因快速设计sgRNA以及sgRNA的特异性评估，该方法利用sgRNA编辑目标基因的效率高，编辑效率在72％以上。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物信息，尤其涉及一种快速大批量设计目标基因sgrna的方法。

技术介绍

1、基因编辑(gene editing)是对生物体遗传物质进行针对性的修饰，其利用高效而精确的基因编辑技术实现了目标基因的插入、缺失或替换，从而改变生物体遗传信息和表型特征。基因编辑技术的快速发展给医学、农业和生物
带来了巨大的变革和希望。近年来，锌指核酸酶(zfn)、类转录激活因子效应核酸酶(talen)、crispr/cas9、is转座子核酸酶(tnpb)和单碱基编辑(be)等技术的不断出现和持续改进，使得基因编辑变得更加准确、高效和可控。这些技术的不断演进为疾病治疗、分子育种和生物技术创新等领域提供了新的工具和方法。特别是crispr/cas9技术，凭借其操作便捷、高效、特异性强等特点，成为了基因编辑邻域的一颗明星。同时tnpb作为crispr-cas9核酸酶的祖先，其rerna骨架更小，可能具有更好的递送性能。在医学和农业领域，tnpb也许能够发挥重要作用，为基因编辑技术的进一步发展和应用提供思路和方向。

2、作为一种承载物种遗传信息的载体，基本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种快速大批量设计目标基因sgRNA的方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤1中，所述核酸酶为Cas9核酸酶或TnpB核酸酶；所述含PAM基序的sgRNA长度为19～25nt；

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，在步骤(S2)中，所述比对的参数e-value阈值设为1e-10，比对到的最大序列数设为5；

4.一种计算机可读存储介质，其特征在于，所述计算机存储介质用于存储计算机指令、程序、代码集或指令集，当其在计算机上运行时，使得计算机执行权利要求1～3任意一项所述快速大批量设计目标基因sgRNA的...

【技术特征摘要】

1.一种快速大批量设计目标基因sgrna的方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤1中，所述核酸酶为cas9核酸酶或tnpb核酸酶；所述含pam基序的sgrna长度为19～25nt；

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，在步骤(s2)中，所述比对的参数e-value阈值设为1e-10，比对到的最大序列数设为5；

4.一种计算机可读存储介质，其特征在于，所述计算机存储介质用于存储计算机指令、程序、代码集或指令集，当其在计算机上运行时，使得计算机执行权利要求1～3任意一项所述快速大批量设计目标基因sgrna的方法。

5.一种电子设备，其特征在于，包括处理器和存储器，所...

【专利技术属性】
技术研发人员：王永强，陈海涛，段康，刘欢立，刘霖，王瑞瑞，董怡玲，王丽萍，窦洁静，
申请(专利权)人：三杰牧草杨凌研究院有限公司，
类型：发明
国别省市：