基于RNA-seq快速筛选人源细胞外泌体关键标记的方法技术

本发明专利技术公开一种基于RNA‑seq快速筛选人源细胞外泌体关键标记的方法，包括如下步骤：S1、分别对正常细胞系和该正常细胞系变异的肿瘤细胞系，以及两者各自的细胞外泌体进行RNA‑seq测序，得到目标表达矩阵；S2、利用计算机脚本分别筛选正常细胞系和正常细胞系的细胞外泌体的共有基因，肿瘤细胞系和肿瘤细胞系的细胞外泌体的共有基因，得到新的表达谱矩阵；S3、新的表达谱矩阵进行加权基因共表达网络分析，识别关键基因；S4、从识别出的关键基因中提取已有实验验证的膜蛋白；S5、进行显著差异表达分析，提取显著差异表达基因。本发明专利技术能够快速的对某一类病变细胞进行外泌体分析，完成细胞外泌体关键标记。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基础医学研究，提供一种基于rna-seq快速筛选人源细胞外泌体关键标记的方法。

技术介绍

1、液体活检三大标志物之一的外泌体，近几年研究热度持续攀升。不论在肿瘤领域、神经科学领域还是代谢领域，都有大量的外泌体相关文章发表，以探究外泌体的功能和机制。

2、外泌体是一类大小为30-150nm、呈茶托状的由脂质双层膜包裹的细胞外囊泡，广泛存在于细胞培养上清及各种体液中，包括血液、淋巴液、唾液、尿液、卵泡液、精液、心包液、乳汁等。外泌体内含有多种蛋白质(如tsg101、hsp70等)、核酸(dna、rna)和脂质(胆固醇、鞘磷脂等)，这些内容物因释放外泌体的细胞不同而有比较大的差异。由此可以看出，外泌体是所有细胞产生的胞外小泡，携带核酸、蛋白质、脂类和代谢物。它们是健康和疾病细胞间近距离通讯的介质，影响细胞生物学的各个方面，极具研究价值。

3、而为了对外泌体的机制和功能展开研究，首先需要将外泌体从样本中分离出来，目前比较公认的分离方法是超速离心法，再通过透射电镜(tem)、纳米粒径跟踪分析(nta)、westernblot等进本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于RNA-seq快速筛选人源细胞外泌体关键标记的方法，其特征在于，包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的基于RNA-seq快速筛选人源细胞外泌体关键标记的方法，其特征在于，步骤S1中与同一肿瘤疾病相关的细胞为多种时，将不同细胞分为多组细胞系，对应肿瘤细胞系，以及各自的细胞外泌体也分为多组，并分别进行RNA-seq测序。

3.根据权利要求1所述的基于RNA-seq快速筛选人源细胞外泌体关键标记的方法，其特征在于，步骤S2中利用R脚本调用函数进行筛选共有基因。

4.根据权利要求1所述的基于RNA-seq快速筛选人源细胞外泌体关键标记的方法，其特...

【技术特征摘要】

1.一种基于rna-seq快速筛选人源细胞外泌体关键标记的方法，其特征在于，包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的基于rna-seq快速筛选人源细胞外泌体关键标记的方法，其特征在于，步骤s1中与同一肿瘤疾病相关的细胞为多种时，将不同细胞分为多组细胞系，对应肿瘤细胞系，以及各自的细胞外泌体也分为多组，并分别进行rna-seq测序。

3.根据权利要求1所述的基于rna-seq快速筛选人源细胞外泌体关键标记的方法，...

【专利技术属性】
技术研发人员：蒋澜，吕坤，钟民，杨建课，张梦莹，马迪迪，温宇晶，赵珍珍，罗天乐，汪乐瑶，
申请(专利权)人：皖南医学院第一附属医院皖南医学院弋矶山医院，
类型：发明
国别省市：