基因与假基因共存下的基因突变识别方法和系统技术方案

技术编号:43661900 阅读:17 留言:0更新日期:2024-12-13 12:52
本申请涉及一种基因与假基因共存下的基因突变识别方法和系统。本申请实施例的基因与假基因共存下的基因突变识别方法包括:获取待检测样本的测序数据,以及在目标基因存在假基因的情形下获取假基因的特异性核苷酸位点;获取基于测序数据识别得到的变异信息;根据包括变异信息和特异性核苷酸位点,识别错误比对,以鉴别得到待检测样本中目标基因的突变信息。本申请实施例无需设计特异引物并进行扩增反应,提高了基因突变检测的效率,且可以排除假基因的干扰,提高了检测结果的稳定性和准确性。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及基因测序,特别是涉及一种基因与假基因共存下的基因突变识别方法和系统


技术介绍

1、对于一些结构复杂且存在多个假基因(同源区域)的复杂基因(如pkd(polycystickidney disease,多囊肾病)1基因等)的变异位点的检测,通常是较为困难的。

2、例如,有一些是基于如lr-pcr(长读长-聚合酶链反应)、单链构像多态性分析、高效液相色谱等技术对这些复杂基因的突变进行全面分析,但是这些技术存在诸如影响因素较多、结果不稳定、准确性低、工作量巨大、效率低等局限性,限制了其临床应用。

3、还有一些是需要对这些复杂基因区域设计特异引物并进行扩增反应,来检测基因的突变,如中国专利cn104975081a中公开了一种检测pkd1基因突变的扩增引物、试剂盒及其检测方法,其中涉及一种检测pkd1基因突变方法,其利用pkd1基因的序列信息设计9对pcr引物,应用长链pcr技术靶向扩增pkd1基因,同时在扩增产物加上标签、pcr产物纯化、混合后直接建立测序文库(如连接哑铃测序接头),应用测序仪进行测序,通过生物信息学分析获得pkd本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基因与假基因共存下的基因突变识别方法,其特征在于,所述基因与假基因共存下的基因突变识别方法包括:

2.根据权利要求1所述的基因与假基因共存下的基因突变识别方法,其特征在于,所述获取基于所述测序数据识别得到的变异信息,包括:

3.根据权利要求2所述的基因与假基因共存下的基因突变识别方法,其特征在于,所述根据包括所述变异信息和所述特异性核苷酸位点,识别错误比对,以鉴别得到所述待检测样本中所述目标基因的突变信息,包括:

4.根据权利要求1所述的基因与假基因共存下的基因突变识别方法,其特征在于,所述基因与假基因共存下的基因突变识别方法还包括:

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【技术特征摘要】

1.一种基因与假基因共存下的基因突变识别方法,其特征在于,所述基因与假基因共存下的基因突变识别方法包括:

2.根据权利要求1所述的基因与假基因共存下的基因突变识别方法,其特征在于,所述获取基于所述测序数据识别得到的变异信息,包括:

3.根据权利要求2所述的基因与假基因共存下的基因突变识别方法,其特征在于,所述根据包括所述变异信息和所述特异性核苷酸位点,识别错误比对,以鉴别得到所述待检测样本中所述目标基因的突变信息,包括:

4.根据权利要求1所述的基因与假基因共存下的基因突变识别方法,其特征在于,所述基因与假基因共存下的基因突变识别方法还包括:

5.根据权利要求4所述的基因与假基因共存下的基因突变识别方法,其特征在于,所述根据包括所述变异信息和所述特异性核苷酸位点,识别错误比对,以鉴别得到...

【专利技术属性】
技术研发人员:黄颐孙贇何亚琼张婷钮怡超
申请(专利权)人:上海交通大学医学院附属仁济医院
类型:发明
国别省市:

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