System.ArgumentOutOfRangeException: 索引和长度必须引用该字符串内的位置。 参数名: length 在 System.String.Substring(Int32 startIndex, Int32 length) 在 zhuanliShow.Bind() 绵羊全基因组分子探针组合、基因芯片及其应用制造技术_技高网

绵羊全基因组分子探针组合、基因芯片及其应用制造技术

技术编号:42688896 阅读:24 留言:0更新日期:2024-09-10 12:37
本发明专利技术涉及动物分子育种技术领域,具体涉及绵羊全基因组分子探针组合、基因芯片及其应用。本发明专利技术提供的SNP分子标记组合、分子探针组合和基因芯片同时覆盖了具有代表性的中国绵羊品种和其他国家绵羊品种;与已有绵羊全基因组芯片相比,覆盖绵羊品种来源更广泛,每个SNP位点距离分布更加均匀,提高了应用于关联分析和受选择信号定位等检测的效率和准确性;而且,其检测流程简单易行、通量高、成本低、市场前景广阔,为绵羊的基因组选择、遗传多样性评价、亲缘关系鉴定、品种鉴定、性状关联基因挖掘等提供高效的技术手段。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及动物分子育种,尤其涉及绵羊全基因组分子探针组合、基因芯片及其应用


技术介绍

1、绵羊是重要的家畜之一,可为人类提供肉、毛、奶和皮革等生活物资,具有重要的经济价值、生态价值和社会文化价值。中国绵羊品种资源丰富,不仅具有风味好、耐粗饲、抗逆等优良特性,而且还具有丰富的遗传变异基础,是进行品种(系)培育及品种改良的优异素材。当前,地方品种遗传多样性精准评价及育种效率的提高是绵羊产业发展面临的主要挑战。全基因组遗传变异检测是开展基因组育种和遗传多样性精准评价的前提。

2、基因组选择育种技术作为一种新的育种技术手段,具有准确性高、世代间隔短、可对低遗传力性状进行选择等优点,已越来越普遍地应用于动植物的新品种培育并取得了较好的效果(李诚兰,郭婷婷,岳耀敬.基因组选择及其在羊育种中的应用研究进展[j].中国畜牧兽医,2023,50(02):616-625.doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2023.02.019;johnsson,m.genomics in animal breeding from the perspectives of matrices andmolecules.hereditas 160,20(2023).https://doi.org/10.1186/s41065-023-00285-w;mcgowan,m.;wang,j.;dong,h.;liu,x.;jia,y.;wang,x.;iwata,h.;li,y.;lipka,a.e.;zhang,z.ideas in genomic selection with the potential to transform plantmolecular breeding.plant breeding reviews 2021,273–319,doi:10.1002/9781119828235.ch7)。基因分型芯片可识别动物的遗传变异,通过对不同品种或群体的基因组进行比较,可以发现与性状相关的基因或标记(guo,j.,tao,h.,li,p.et al.whole-genome sequencing reveals selection signatures associated with importanttraits in six goat breeds.sci rep 8,10405(2018).https://doi.org/10.1038/s41598-018-28719-w)。这些基因或标记在动物遗传机制研究及育种工作中发挥了重要作用,为育种提供了科学技术手段(huang m,yang b,chen h,zhang h,wu z,ai h,ren j,huang l.the fine-scale genetic structure and selection signals of chineseindigenous pigs.evol appl.2019nov 22;13(2):458-475.doi:10.1111/eva.12887.pmid:31993089;pmcid:pmc6976964;johnsson,m.genomics in animalbreeding from the perspectives of matrices and molecules.hereditas 160,20(2023).https://doi.org/10.1186/s41065-023-00285-w)。目前用于绵羊基因分型的商业化芯片的位点来源以国外绵羊品种为主,缺乏中国地方绵羊品种基因组变异信息,无法满足中国绵羊基因组育种和资源保护的需要。因此,亟需开发同时包含中国绵羊品种特有snp及与重要性状相关snp位点集合与其他国家绵羊品种snp的基因芯片,为中国绵羊基因组育种及遗传多样性评估等提供有力工具。


技术实现思路

1、本专利技术提供绵羊全基因组分子探针组合、基因芯片及其应用。

2、本专利技术通过世界范围内具有代表性的绵羊品种的重测序数据分析与繁殖性能、生长发育、环境适应性、尾型等性状相关的snp位点,并收集公开数据库、文献已报道的与绵羊重要性状关联snp位点,经snp位点筛选、组合和优化,获得包含50000个snp位点的snp位点集合,并基于此开发了包含中国和其他国家绵羊品种的50000个snp位点为检测对象的绵羊全基因组基因芯片。该芯片可用于绵羊基因组选择育种、遗传多样性评估、基因组关联分析、品种定等,可助力绵羊种质资源保护、改良及育种等,为绵羊产业高质量

3、发展提供高效精准的技术平台。

4、具体地,本专利技术提供以下技术方案:

5、第一方面,本专利技术提供绵羊全基因组snp分子标记组合,所述snp分子标记组合包括绵羊全基因组中的50000个snp分子标记,其物理位置和突变类型如表1所示(表1中位置的表示方式为染色体编号:在该染色体上的位置),所述物理位置的参考基因组为oar_rambouillet_v1.0。

6、表1

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【技术保护点】

1.绵羊全基因组分子探针组合,其特征在于,所述分子探针组合检测绵羊全基因组SNP分子标记组合;

2.权利要求1所述的绵羊全基因组分子探针组合在制备绵羊全基因组基因芯片中的应用。

3.绵羊全基因组基因芯片,其特征在于,所述芯片的基因分型对象包括绵羊全基因组中的50000个SNP分子标记,其物理位置和突变类型如表1所示,所述物理位置的参考基因组为Oar_rambouillet_v1.0。

4.绵羊全基因组基因芯片,其特征在于,所述芯片负载有权利要求1所述的绵羊全基因组分子探针组合。

5.用于绵羊基因分型的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包含权利要求1所述的绵羊全基因组分子探针组合或权利要求3或4所述的绵羊全基因组基因芯片。

6.绵羊全基因组SNP分子标记组合或权利要求1所述的绵羊全基因组分子探针组合或权利要求3或4所述的绵羊全基因组基因芯片或权利要求5所述的用于绵羊基因分型的试剂盒在绵羊基因组选择中的应用;

7.绵羊全基因组SNP分子标记组合或权利要求1所述的绵羊全基因组分子探针组合或权利要求3或4所述的绵羊全基因组基因芯片或权利要求5所述的用于绵羊基因分型的试剂盒在绵羊品种鉴定、品种溯源或亲缘关系鉴定中的应用;

8.绵羊全基因组SNP分子标记组合或权利要求1所述的绵羊全基因组分子探针组合或权利要求3或4所述的绵羊全基因组基因芯片或权利要求5所述的用于绵羊基因分型的试剂盒在绵羊全基因组关联分析或性状相关基因定位中的应用;

9.绵羊全基因组SNP分子标记组合或权利要求1所述的绵羊全基因组分子探针组合或权利要求3或4所述的绵羊全基因组基因芯片或权利要求5所述的用于绵羊基因分型的试剂盒在绵羊遗传多样性分析中的应用;

10.绵羊全基因组SNP分子标记组合或权利要求1所述的绵羊全基因组分子探针组合或权利要求3或4所述的绵羊全基因组基因芯片或权利要求5所述的用于绵羊基因分型的试剂盒在绵羊种质资源分析、种质资源改良、种质资源保护或系谱重构中的应用;

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【技术特征摘要】

1.绵羊全基因组分子探针组合,其特征在于,所述分子探针组合检测绵羊全基因组snp分子标记组合;

2.权利要求1所述的绵羊全基因组分子探针组合在制备绵羊全基因组基因芯片中的应用。

3.绵羊全基因组基因芯片,其特征在于,所述芯片的基因分型对象包括绵羊全基因组中的50000个snp分子标记,其物理位置和突变类型如表1所示,所述物理位置的参考基因组为oar_rambouillet_v1.0。

4.绵羊全基因组基因芯片,其特征在于,所述芯片负载有权利要求1所述的绵羊全基因组分子探针组合。

5.用于绵羊基因分型的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包含权利要求1所述的绵羊全基因组分子探针组合或权利要求3或4所述的绵羊全基因组基因芯片。

6.绵羊全基因组snp分子标记组合或权利要求1所述的绵羊全基因组分子探针组合或权利要求3或4所述的绵羊全基因组基因芯片或权利要求5所述的用于绵羊基因分型的试剂盒在绵羊基因组选择中的应用;

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【专利技术属性】
技术研发人员:赵倩君黄畅马月辉陈倩浦亚斌张嘉良
申请(专利权)人:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
类型:发明
国别省市:

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