一种重点病毒的检测方法、系统及存储介质技术方案

本发明专利技术提供了一种重点病毒的检测方法、系统及存储介质。所述检测方法包括以下步骤：获取多个待测病毒样本的基因组序列数据；计算各所述待测病毒样本的基因组序列数据的k‑mers值，以生成第一k‑mers矩阵；将所述第一k‑mers矩阵输入预先训练的支持向量机模型，以识别其相较前期病毒样本的新变体；以及将所述新变体的基因组序列数据的k‑mers值构建的第二k‑mers矩阵输入预先训练的自编码模型，以识别所述新变体中的重点病毒株。通过采用上述检测方法，本发明专利技术能够从待测病毒样本的基因组数据中快速识别出重点病毒，从而实现病毒变体的高效监测和预警。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物信息，尤其涉及一种重点病毒的检测方法、一种重点病毒的检测系统，以及一种计算机可读存储介质。

技术介绍

1、全球关于sars-cov-2相关的研究大多数是对sars-cov-2产生的新变体进行追踪，然而只有部分变异能使得病毒的传播力、致病性等发生改变，大多数的变异对病毒总体特性影响不大，从而影响病毒防治的方法及策略。因此，科学家们真正需要关注的是这些可能对当前病毒防治策略造成影响的病毒变体。世界卫生组织(world health organization，who)将这样一些变体进行了定义，其中被定义为voi(variants of interest)的病毒变体，who认为其应具有被预测为或已知会影响传染性、疾病严重程度、免疫逃逸等病毒特征的遗传学变化，且已确定其在多个国家造成重大社区传播或聚集性传播，相对流行率不断上升，病例数量也在增加，或具有其它明显的、会对全球公共卫生构成新风险的流行病学影响。此外，被定义为voc(variants of concern)的病毒变体，不仅具备以上voi的特征，同时其已经被证实具有更强的传播力及毒性，或是其本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种重点病毒的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述获取多个待测病毒样本的基因组序列数据的步骤包括：

3.如权利要求2所述的检测方法，其特征在于，所述待测病毒样本包括人源性SARS-CoV-2病毒，所述参考日期到当前日期之间的检测周期选自1天、3天、7天、15天和/或30天。

4.如权利要求2所述的检测方法，其特征在于，所述计算各所述待测病毒样本的基因组序列数据的k-mers值，以生成第一k-mers矩阵的步骤包括：

5.如权利要求4所述的检测方法，其特征在于，所述支持向量机模型选用One...

【技术特征摘要】

1.一种重点病毒的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述获取多个待测病毒样本的基因组序列数据的步骤包括：

3.如权利要求2所述的检测方法，其特征在于，所述待测病毒样本包括人源性sars-cov-2病毒，所述参考日期到当前日期之间的检测周期选自1天、3天、7天、15天和/或30天。

4.如权利要求2所述的检测方法，其特征在于，所述计算各所述待测病毒样本的基因组序列数据的k-mers值，以生成第一k-mers矩阵的步骤包括：...

【专利技术属性】
技术研发人员：任昊甜，黄涛，李亦学，
申请(专利权)人：中国科学院上海营养与健康研究所，
类型：发明
国别省市：