【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及碱基编辑领域，尤其涉及一种碱基编辑效率的预测方法、一种碱基编辑效率的预测系统，以及一种计算机可读存储介质。
技术介绍
1、单核苷酸变异(snv)占人类致病突变的一半以上，对snv的精确校正是基因治疗的一个重要目标。碱基编辑器(bes)已被广泛用于生成动物疾病模型和纠正致病点突变。然而，碱基编辑需要对每个目标dna位点的sgrna选择进行经验优化，以实现所需的编辑结果。编辑结果的实验评估非常耗时，因此仅适用于有限数量的目标站点。本领域目前的现有技术的计算方法，使用hek293t细胞中的慢病毒整合库基于靶向序列信息预测bes的编辑结果。前期研究表明，内源性因素，如转录活性和染色质可及性，与crispr-cas9系统的切割活性有关。然而，dna序列以外的内源性因素对碱基编辑过程的影响仍然未知。
2、为了克服现有技术存在的上述缺陷，本领域亟需一种碱基编辑效率的预测方法，用于开发结合内源性因素的计算方法，以更好地预测内源性基因组位点的碱基编辑效率。
技术实现思路
1、以下给...
【技术保护点】
1.一种碱基编辑效率的预测方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.如权利要求1所述的预测方法，其特征在于，所述根据预设碱基编辑器，确定碱基编辑数据集的步骤包括：
3.如权利要求2所述的预测方法，其特征在于，所述进行高通量测序的步骤包括：
4.如权利要求1所述的预测方法，其特征在于，所述根据人类基因组的NGG PAM导出的sgRNA以及所述碱基编辑数据集，建立碱基编辑效率模型的步骤包括：
5.如权利要求4所述的预测方法，其特征在于，所述预设的碱基编辑器为腺嘌呤碱基编辑器，所述碱基编辑效率模型为腺嘌呤碱基编辑器编辑效率模型，并...
【技术特征摘要】
1.一种碱基编辑效率的预测方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.如权利要求1所述的预测方法，其特征在于，所述根据预设碱基编辑器，确定碱基编辑数据集的步骤包括：
3.如权利要求2所述的预测方法，其特征在于，所述进行高通量测序的步骤包括：
4.如权利要求1所述的预测方法，其特征在于，所述根据人类基因组的ngg pam导出的sgrna以及所述碱基编辑数据集，建立碱基编辑效率模型的步骤包括：
5.如权利要求4所述的预测方法，其特征在于，所述预设的碱基编辑器为腺嘌呤碱基编辑器，所述碱基编辑效率模型为腺嘌呤碱基编辑器编辑效率模型，并选择polii结合、ctcf结合、h3k4me1、h3k27ac以及dna甲基化中的一者或多者作为模型输入，以进行碱基编辑效率的预测。
6.如权利要求4所述的预测方法，其特征在于，所述预设的碱基编辑器为胞嘧啶碱基编辑器，所述效率模型为胞嘧啶碱基编辑器编辑效率模型，并选择所有预设的内源特征与序列特征作为模型输入，以进行碱基编辑效率的预测。
【专利技术属性】
技术研发人员：孙怡迪，吴垒磊，
申请(专利权)人：中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。