一种甘蓝型油菜抗裂角指数性状全基因组选择育种方法技术

技术编号:42223721 阅读:32 留言:0更新日期:2024-08-02 13:42
本发明专利技术提供了一种甘蓝型油菜抗裂角指数性状全基因组选择育种方法,包括:获取甘蓝型油菜样本,进行全基因组重测序,将测序数据中的基因型数据进行清洗,并确定参考基因组,针对参考基因组建立索引目录,将清洗后的数据导入GATK软件中进行变异呼叫及过滤筛选,得到有效变异位点,对其进行全基因组关联分析,获得高质量变异位点,将变异位点的数据及甘蓝型油菜的表型数据导入预设的若干机器学习预测模型中,进行模拟预测,得到预测结果,根据预测结果,筛选预测结果精度高的模型,将待预测的甘蓝型油菜样本的数据导入该模型,得到最终的预测结果。本发明专利技术提供的甘蓝型油菜抗裂角指数性状全基因组选择育种方法,有效提高了基因组预测的准确性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及甘蓝型油菜遗传育种,特别是涉及一种甘蓝型油菜抗裂角指数性状全基因组选择育种方法


技术介绍

1、油菜是一种重要的油料作物,其在世界范围内都有较为广泛的种植。甘蓝型油菜的角果的易裂性对其机械化收获具有较大的影响,油菜的抗裂角性差导致的减产已成为影响产量的重要因素。油菜的角果开裂由多种因素共同作用,作物的基因型、生长环境、作物形态和收获方式等多种因素共同的决定了油菜的抗裂角性。目前找到的对于影响油菜抗裂角性状的基因也非常多,由主效基因和多种微效基因共同影响了油菜的抗裂角性。由此可见,对于油菜的抗裂角性状而言,其有作用的基因型和基因型之间的互作关系较为复杂,传统的育种改良手段受环境影响大,且育种周期较长,油菜角果抗裂角性的鉴定困难,导致油菜抗裂角性的遗传改良较难。传统qtl定位和关联分析已在油菜中识别出多个与抗裂角性相关的位点,但大多属于环境特异的微效位点,难以直接应用于育种。分子标记辅助选择(mas)利用与目标性状基因紧密连锁的标记进行间接有效选择,但受群体大小、标记类型和数量、标记与基因间距离、目标性状遗传力等因素影响,且高度依赖qtl定位的准本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种甘蓝型油菜抗裂角指数性状全基因组选择育种方法,其特征在于,包括如下步骤:

2.根据权利要求1所述的甘蓝型油菜抗裂角指数性状全基因组选择育种方法,其特征在于,步骤1中,获取甘蓝型油菜样本,具体为:

3.根据权利要求1所述的甘蓝型油菜抗裂角指数性状全基因组选择育种方法,其特征在于,在将清洗后的数据导入GATK软件中进行变异呼叫及过滤筛选,得到有效变异位点后,对有效变异位点的缺失值进行检测,并根据检测结果通过测序数据对其进行填充。

4.根据权利要求1所述的甘蓝型油菜抗裂角指数性状全基因组选择育种方法,其特征在于,若干机器学习预测模型包括SVRRF预测...

【技术特征摘要】

1.一种甘蓝型油菜抗裂角指数性状全基因组选择育种方法,其特征在于,包括如下步骤:

2.根据权利要求1所述的甘蓝型油菜抗裂角指数性状全基因组选择育种方法,其特征在于,步骤1中,获取甘蓝型油菜样本,具体为:

3.根据权利要求1所述的甘蓝型油菜抗裂角指数性状全基因组选择育种方法,其特征在于,在将清洗后的数据导入gatk软件...

【专利技术属性】
技术研发人员:刘佳于文凯胡琼梅德圣徐崟海
申请(专利权)人:中国农业科学院油料作物研究所
类型:发明
国别省市:

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