【技术实现步骤摘要】
本申请涉及水产养殖，尤其涉及半滑舌鳎性逆转性状关联位点的检测方法。
技术介绍
1、半滑舌鳎(cynoglossus semilaevis)是重要的海水养殖鱼类，其遗传性别决定是由zw染色体控制的，且生长发育表现出巨大的性别差异，雌性成熟个体是雄性成熟个体的2-4倍，由于雄性比雌性成熟早、生长慢，因此为了繁衍，会出现性逆转现象。由于这种性别转变是不可逆的，致使生理雄鱼比例过高，严重影响了其养殖经济效益。所以了解半滑舌鳎的性别决定机制进而挖掘性别关联标记，将为单雌性品种或高雌性比例养殖提供理论基础，有助于降低养殖成本，获得更大的经济效益。
2、性逆转这类仅由0/1数据所表示的间断性状被称为二元性状，这类性状一般不符合简单的孟德尔遗传定律，需要借助关联分析方法进行基因定位。为定位半滑舌鳎的性别决定位点，早期相关研究多采用扩增片段长度多态性(aflps)分子标记、微卫星标记等大分子标记进行基因分型。随着简化基因组测序技术限制性位点关联dna技术的应用和高密度连锁图谱的绘制，高通量高密度的单核苷酸多态分子标记(snp)被获得，在此基础上进行全基因组关联分析(gwas)要比大分子标记更能准确的定位半滑舌鳎的性别相关的性状。此前的gwas研究发现半滑舌鳎在z染色体上可能存在参与性逆转发育过程的基因，这些针对舌鳎性逆转性状的gwas研究多采用线性模型(linear model，lm)，然而由于群体分层会导致违背lm的正态分布假设中的残差方差，这可能导致关联分析结果呈现假阳性，所以lm通常不适合分析二元性状。
3、对于二元
技术实现思路
1、有鉴于此，本申请的目的在于提供一种半滑舌鳎性逆转性状关联位点的检测方法，基于期望最大化算法检验性逆转性状与snp之间的关联，以确定与性逆转性状显著关联的qtn位点。
2、本申请提供了一种半滑舌鳎性逆转性状关联位点的检测方法，其特征在于，所述检测方法，包括：
3、使用遗传雌性半滑舌鳎群体的性腺组织切片进行表型性别测定，以构建包含表型雄性半滑舌鳎在内的半滑舌鳎样本集；
4、检测各半滑舌鳎样本的基因组序列，以获得snp基因型数据；
5、以阈模型隐含的连续正态分布的期望作为因变量，以被检验的snp标记指示变量作为自变量，以与表型关联显著的主成分作为协变量，利用期望最大化算法检验性逆转性状与snp之间的关联，以确定与性逆转性状显著关联的qtn位点。
6、进一步的，所述与性逆转性状显著关联的qtn位点数量为13个，其中3个qtn位于w染色体上，10个qtn位于z染色体上，13个qtn分别位于以下基因区段内：loc103396896、malt1、adgrd2、fbxl17、dmxl1、smarca2、dmrt1、loc103397760、neur13和pdlim5a。
7、本申请提供的半滑舌鳎性逆转性状关联位点的检测方法，通过期望最大化算法，降低了广义线性模型的求解难度，避免了由权重引起的异常解，同时提高了检测效力。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种半滑舌鳎性逆转性状关联位点的检测方法，其特征在于，所述检测方法，包括：
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述与性逆转性状显著关联的QTN位点数量为13个，其中3个QTN位于W染色体上，10个QTN位于Z染色体上，13个QTN分别位于以下基因区段内：LOC103396896、MALT1、ADGRD2、FBXl17、DMXl1、SMARCA2、DMRT1、LOC103397760、NEUR13和PDLIM5a。
【技术特征摘要】
1.一种半滑舌鳎性逆转性状关联位点的检测方法，其特征在于，所述检测方法，包括：
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述与性逆转性状显著关联的qtn位点数量为13个，其中3个qtn位于w染色体上，10个q...
【专利技术属性】
技术研发人员：蒋丽，赵云峰，宋禹昕，常中宇，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院，
类型：发明
国别省市：
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