基于低深度测序数据实现小麦外源渗入片段和种质资源鉴定的装置和计算机可读存储介质制造方法及图纸

技术编号:42126902 阅读:32 留言:0更新日期:2024-07-25 00:43
本发明专利技术公开了基于低深度测序数据实现小麦外源渗入片段和种质资源鉴定的装置和计算机可读存储介质。本发明专利技术所要保护的一个技术方案是鉴定或辅助鉴定待测小麦基因组中外源渗入片段的装置,所述装置包括CNV区块鉴定模块和外源渗入片段输出模块。本发明专利技术通过提取小麦样本基因组DNA进行随机测序;鉴定小麦重测序样本相对于参考基因组的CNV区块;使用隐马尔科夫模型对初始CNV区块平滑降噪;过滤低频并且较短的CNV区块;根据重叠及连锁特征对CNV区块分类合并获得CNVb标记集;根据CNV区块与CNVb标记集的映射重叠比识别待测样本中的CNVb标记。本发明专利技术可用于六倍体小麦种质资源鉴定和外源渗入片段鉴定。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及植物基因组学领域,具体涉及基于低深度测序实现小麦外源渗入片段和种质资源的装置和计算机可读存储介质。


技术介绍

1、小麦是世界上种植面积最大的粮食作物,全世界有数十万份小麦遗传资源保存在基因库中,基因库种质集合的基因分型是解锁小麦遗传多样性进而实现品种改良的首要步骤。此外,经审定的小麦品种数量逐年增加,单纯依靠传统表型性状的田间鉴定已无法满足大规模小麦种质鉴定的需求。近年来,dna分子标记技术迅速发展,然而这些技术仍然具有检测通量低、成本高、技术复杂等缺点。小麦是异源六倍体,基因组庞大且复杂。前期研究表明,小麦育成品种中大量的基因组区间发生拷贝数变异(cnv,copy number variation),且具有高度多态性,因而通过cnv图谱的精准解析有望建立小麦分子指纹图谱的新型标记。

2、小麦野生近缘种的基因渗入是提高小麦遗传多样性的重要变异来源。传统的细胞学实验鉴定方法,例如荧光原位杂交技术,c显带等可以识别外源染色体渗入片段。然而,这些实验技术非常复杂,实验操作费时费力。渗入在染色体层面表现为大片段染色体的替换,在基因组层面表本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.鉴定或辅助鉴定待测小麦基因组中外源渗入片段的装置,其特征在于:所述装置包括如下模块:

2.根据权利要求1所述的装置,其特征在于:

3.对待测小麦进行种质鉴定或辅助种质鉴定的装置,其特征在于:所述装置包括如下模块:

4.根据权利要求3所述的装置,其特征在于:B2)所述外源渗入片段输出模块通过包括如下步骤的方法建立:

5.根据权利要求1-4中任一权利要求所述的装置,其特征在于:所述待测小麦基因组数据为低深度测序数据。

6.鉴定或辅助鉴定待测小麦基因组中外源渗入片段的计算机可读存储介质,其特征在于:所述计算机可读存储介质使计算机运...

【技术特征摘要】

1.鉴定或辅助鉴定待测小麦基因组中外源渗入片段的装置,其特征在于:所述装置包括如下模块:

2.根据权利要求1所述的装置,其特征在于:

3.对待测小麦进行种质鉴定或辅助种质鉴定的装置,其特征在于:所述装置包括如下模块:

4.根据权利要求3所述的装置,其特征在于:b2)所述外源渗入片段输出模块通过包括如下步骤的方法建立:

5.根据权利要求1-4中任一权利要求所述的装置,其特征在于:所述待测小麦基因组数据为低深度测序数据。

6.鉴定或辅助鉴定待测小麦基因组中外源渗...

【专利技术属性】
技术研发人员:郭伟龙孙其信牛建霞王文熙倪中福彭惠茹辛明明王梓豪陈哲
申请(专利权)人:中国农业大学
类型:发明
国别省市:

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