【技术实现步骤摘要】
本公开通常涉及活体功能材料(elm，engineered livingmaterial)领域，尤其涉及用于选取合成生物聚合物的菌株的方法及装置。
技术介绍
1、微生物活材料是当前微生物工程与合成生物学交叉领域的新兴前沿研究方向。微生物活材料旨在利用微生物合成具备特定功能和可编程的材料。近年来，基于细菌生物被膜展示技术构建的微生物活材料系统，因兼具独特的生命特征(包括基因可编程、可再生、自修复、环境响应等特性)和鲁棒性，在生物催化、生物修复、生物医药和生物能源等领域得到了广泛的关注和应用，成为当前微生物工程与
的一个重要交叉前沿方向。然而，在微生物活材料的开发中可选的底盘细胞和功能基元都较为单一，仅限于模式微生物大肠杆菌和枯草芽孢杆菌中的淀粉样蛋白纤维展示技术系统，使其应用范围大大受限，并成为微生物活材料研究中面临的重要瓶颈之一。
技术实现思路
1、鉴于上述，本公开提供用于选取合成生物聚合物的菌株的方法及装置。利用该方法及装置，可以快速地挖掘出用于合成感兴趣的生物聚合物的生产菌株。p>
2、根据本本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于选取合成生物聚合物的菌株的方法，包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中，根据所获取的功能性蛋白质的氨基酸序列特征，对各个潜在生产菌株执行基于编码功能性蛋白质的DNA位置的生物聚合物合成基因簇检测包括：
3.如权利要求2所述的方法，其中，获取靶标生物聚合物合成所需功能性蛋白质的氨基酸序列特征以及合成所述靶标生物聚合物的至少一个潜在生产菌株的基因组序列包括：
4.如权利要求3所述的方法，其中，响应于接收到与合成所述靶标生物聚合物相关的关键词信息，从蛋白质数据库中获取合成所需功能性蛋白质的所有氨基酸序列和对应的菌株标识包括：
5.如...
【技术特征摘要】
1.一种用于选取合成生物聚合物的菌株的方法，包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中，根据所获取的功能性蛋白质的氨基酸序列特征，对各个潜在生产菌株执行基于编码功能性蛋白质的dna位置的生物聚合物合成基因簇检测包括：
3.如权利要求2所述的方法，其中，获取靶标生物聚合物合成所需功能性蛋白质的氨基酸序列特征以及合成所述靶标生物聚合物的至少一个潜在生产菌株的基因组序列包括：
4.如权利要求3所述的方法，其中，响应于接收到与合成所述靶标生物聚合物相关的关键词信息，从蛋白质数据库中获取合成所需功能性蛋白质的所有氨基酸序列和对应的菌株标识包括：
5.如权利要求2所述的方法，其中，根据所获取的功能性蛋白质的氨基酸序列特征，使用基因簇检测规则来对各个潜在生产菌株执行基于编码功能性蛋白质的dna的位置的生物聚合物合成基因簇检测包括：
6.如权利要求3所述的方法，其中，基于所述氨基酸序列，获取所需功能性蛋白质的氨基酸序列特征包括：
7.如权利要求6所述的方法，其中，所述生物聚合物合成基因簇检测模型包括改进的antismash模型。
8.如权利要求1所述的方法，其中，根据所述至少一个候选生产菌株中的各个候选生产菌株与参考菌株之间的进化相似度，从所述至少一个候选生产菌株中选取用于合成所述靶标生物聚合物的目标生产菌株包括：
9.如权利要求8所述的方法，其中，从各个候选生产菌株中识别出非致病性菌株包括：
10.如权利要求9所述的方法，其中，针对每个菌株，所述菌株分类数据库包括下列信息中的至少一种：菌株编号、菌株名称、基因组id、基因组测序状态、ncbi数据库中的菌株的编号、genebank中菌株的基因组编号、菌株种属、是否致病、菌株分类、生长条件、耐氧度和基因操作工具。
11.如权利要求10所述的方法，其中，所述生产条件包括生长温度、建议的菌株培养基成分和菌株培养的ph范围，和/或所述基因操作工具包括“在pubmed上找到相关基因操纵信息”和“在synbiostrainfinder上找到相关crispr系统”。
12.如权利要求8所述的方法，其中，所述非致病性菌株包括工业菌...
【专利技术属性】
技术研发人员：钟超，黄园园，谭验，胡函，童邦卓，
申请(专利权)人：中国科学院深圳先进技术研究院，
类型：发明
国别省市：
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