一种开发碱基特异性力场参数的方法技术

本发明专利技术涉及化学信息学技术领域，提供了一种开发碱基特异性力场参数的方法，包括以下步骤：S1、计算碱基配对能量项；S2、模拟计算特异能量项；S3、引入分子力场：将配对能量项BP‑fix和BS‑CMAP参数加入到现有的碱基特异性力场中。本发明专利技术通过引入额外能量项BP‑Fix和BS‑CMAP，提升了模拟的准确度和采样效率，同时引入的额外能量项对于其他RNA力场开发也有着借鉴价值；对于研究RNA动态系综结构功能机制、开发RNA靶向药物、研发RNA疗法等都具备重要帮助，有利于核酸医疗产业发展。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及化学信息学，特别涉及特别适用于量子化学、分子力学、分子动力学等的理论。

技术介绍

1、核糖核酸(rna)在包括转录翻译调控等多个生物过程中都发挥了关键作用，其中rna结构和动力学对其功能机制至关重要。但是通过目前传统的实验手段解析rna结构及动力学是非常困难的。分子动力学模拟(md)能够在原子尺度上进行构象动态连续采样，已然是rna研究中的重要方法。当前md模拟仍面临两大不足：一、虽然当前算力在不断提升，超算发展日新月异，但目前md模拟远不足以复现诸多生物过程(采样效率问题)；二、现有分子力场的准确性不足，导致了采样失真无法反映真实情况(力场准确问题)。

2、具体的，专利技术人发现现有技术中的rna分子力场至少存在如下问题：一、严重低估碱基配对的稳定性；二、模拟中产生与实验不符的大量错误的主链构象。

技术实现思路

1、本专利技术的目的在于提供一种开发碱基特异性力场参数的方法，通过引入碱基配对能量修补项bp-fix和碱基特异性bs-cmap能量项生成新一代碱基特异性的核酸分子力场参数，本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种开发碱基特异性力场参数的方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的开发碱基特异性力场参数的方法，其特征在于，所述步骤S1中，采用间隔为进行扫描。

3.根据权利要求1所述的开发碱基特异性力场参数的方法，其特征在于，所述REST2模拟采用16个副本，副本温度范围设置成275K至500K。

4.根据权利要求3所述的开发碱基特异性力场参数的方法，其特征在于，对于不同副本的温度依据以下公式设定：

5.根据权利要求1或3中任一项所述的开发碱基特异性力场参数的方法，其特征在于，所述REST2模拟中有16个副本，该16个副本温度分别...

【技术特征摘要】

1.一种开发碱基特异性力场参数的方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的开发碱基特异性力场参数的方法，其特征在于，所述步骤s1中，采用间隔为进行扫描。

3.根据权利要求1所述的开发碱基特异性力场参数的方法，其特征在于，所述rest2模拟采用16个副本，副本温度范围设置成275k至500k。

4.根据权利要求3所述的开发碱基特异性力场参数的方法，其特征在于，对于不同副本的温度依据以下公式设定：

5.根据权利要求1或3中任一项所述的开发碱基特异性力场参数的方法，其特征在于，所述rest2模拟中有16个副本，该16个副本温度分别为275.00k、286.19k、297.82k、309.93k、322.53k、335.64k、349.29k、363.49k、378.27k、393.65k、409.66k、426.32k、443.65k、461.69k、480.46k、500.00k；每个副本模拟时间均设置成200纳秒，模拟步长设成2飞秒，每隔50皮秒输出一帧结果，每隔1000步进行一次副本交换尝试。

6.根据权利要求1所述的开发碱基特异性力场参数的...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈海峰，李政新，
申请(专利权)人：上海交通大学，
类型：发明
国别省市：