细胞图像分割方法、系统、电子设备及存储介质技术方案

本申请属于图像处理技术领域，公开了一种细胞图像分割方法、系统、电子设备及存储介质。该方法包括：将待处理细胞图像上每个位置点的所有基因信号聚合起来，形成对应位置点的聚合信号；根据每个所述位置点的聚合信号，构建二维信号矩阵Y；确定所述二维信号矩阵Y的细胞区域和背景区域；对所述细胞区域相邻的细胞进行分割，获得不同的细胞。该方法将待处理细胞图像上每个位置点的所有基因信号聚合起来用于表征该位置点的聚合信号，摆脱了特定基因的限制，可以适用于任何数目的基因，细胞圈定效果好。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及图像处理，尤其涉及一种细胞图像分割方法、系统、电子设备及存储介质。

技术介绍

1、空间转录组研究因其包含了空间位置信息，其不仅可以研究单个细胞的表达情况，还可以研究细胞在空间上的分布和互作等情况。然而空间组分析，特别是亚细胞精度的空间组，第一步就是需要圈定细胞，即明确芯片上哪些相邻的点是属于哪个细胞的。现有采用baysor方法进行细胞圈定，它利用多重荧光原位杂交技术(merfish)对特定的少数基因(几十到几百个)进行染色，然后用马尔科夫随机场来圈定细胞。因此，baysor方法获得准确的细胞圈定结果需要满足非常高的特定基因的捕获量，并不适用于全基因组规模的大量基因的研究，局限性较大。

技术实现思路

1、鉴于现有技术中的上述缺陷或不足，期望提供一种细胞图像分割方法、系统、电子设备及存储介质。

2、第一方面，提供一种细胞图像分割方法，包括：

3、将待处理细胞图像上每个位置点的所有基因信号聚合起来，形成对应位置点的聚合信号；

4、根据每个所述位置点的聚合信号，构建二维信本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种细胞图像分割方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的细胞图像分割方法，其特征在于，采用局部莫兰指数方法或负二项分布方法确定所述二维信号矩阵Y的细胞区域和背景区域。

3.根据权利要求2所述的细胞图像分割方法，其特征在于，采用局部莫兰指数方法确定所述二维信号矩阵Y的细胞区域和背景区域，包括：

4.根据权利要求3所述的细胞图像分割方法，其特征在于，所述根据计算得到的每个位置点空间聚集的显著性Pi，j和对应位置点的卷积值Ci，j，判断该位置点是否属于所述二维信号矩阵Y的细胞区域，包括：

5.根据权利要求4所述的细胞图像分割方法，其...

【技术特征摘要】

1.一种细胞图像分割方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的细胞图像分割方法，其特征在于，采用局部莫兰指数方法或负二项分布方法确定所述二维信号矩阵y的细胞区域和背景区域。

3.根据权利要求2所述的细胞图像分割方法，其特征在于，采用局部莫兰指数方法确定所述二维信号矩阵y的细胞区域和背景区域，包括：

4.根据权利要求3所述的细胞图像分割方法，其特征在于，所述根据计算得到的每个位置点空间聚集的显著性pi，j和对应位置点的卷积值ci，j，判断该位置点是否属于所述二维信号矩阵y的细胞区域，包括：

5.根据权利要求4所述的细胞图像分割方法，其特征在于，将属于二维信号矩阵y的细胞区域的位置点标记为第一编号，将属于二维信号矩阵y的背景区域的位置点标记为第二编号，从而将所述二维信号矩阵y转换为分类矩阵m；所述分类矩阵m的行列数与所述二维信号矩阵y的行列数相同。

6.根据权利要求3-5任一项所述的细胞图像分割方法，其特征在于，所述偏差矩阵其中，为二维信号矩阵y对应的均值矩阵，yi,j表示矩阵y中第i行j列位置点的聚合信号；

7.根据权利要求3所述的细胞图像分割方法，其特...

【专利技术属性】
技术研发人员：潘海林，白寅琪，李永平，谢月，
申请(专利权)人：深圳华大生命科学研究院，
类型：发明
国别省市：