一种核酸适体单轮筛选的方法及筛选系统技术方案

本发明专利技术提供了一种核酸适体单轮筛选方法及筛选系统，通过将一轮筛选装置、乳液PCR或液滴数字RCR装置，以及高通量测序系统装置组合使用，在一轮筛选、一次扩增之后，利用高通量测序系统，实现高通量测序并原位表征每条序列与靶标的结合性能，从而筛选出结合靶标的高亲和力核酸适体。该方法能从初始随机核酸文库中，仅需通过一轮筛选，一轮扩增，即可获得靶标的高亲和力核酸适体，具有快速，高效，低成本的特点，同时能够以大规模并行的方式对大量适体进行结合表征，可以广泛应用于各种靶标的核酸适体筛选，具有彻底改变核酸适体筛选方式的巨大潜力。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于核酸适体筛选，具体而言，涉及一种核酸适体单轮筛选的方法及筛选系统。

技术介绍

1、核酸适体是一种短的单链dna或rna分子，通过折叠成三级结构，能够以高亲和力和特异性结合靶标。由于其在治疗、药物输送、诊断、功能基因组学和生物传感的多种应用潜力而引起了广泛的研究兴趣。然而，从包含大约1014到1015个分子的文库中严格选择适体是一个巨大的挑战。

2、常用的核酸适体选择方法采用了包括孵育、分离和扩增在内的富集迭代过程。这些方法通常需要8到15轮富集周期，每轮富集周期都需要进行孵育、分离、洗脱和扩增等多个步骤，每轮周期将候选核酸适体的数量减少大约一个数量级。这一过程有几个挑战，包括pcr偏好扩增，无效分离等，导致有些具有较好亲和力的核酸适体，由于pcr扩增时没有顺利扩增，或是没有被顺利分离出来，从而被遗漏。同时对于筛选得到的核酸适体表征效率低也是一个很重要的限制因素。因此，目前的核酸适体选择方法既耗时又费力，成本高昂，而且无法保证获得高亲和力的适体。

3、为了推进核酸适体选择过程，研究了许多替代方法，包括基于微珠的选择、基于本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种核酸适体单轮筛选的方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(2)所述扩增的方法乳液PCR或液滴数字RCR，所述扩增的次数为一次。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(3)所述高通量测序系统包括测序芯片和检测装置；所述测序芯片用于生成每条序列的DNA簇，每个DNA簇在芯片上有一个物理位置，当通入靶标溶液后，靶标与每个DNA簇进行原位结合表征；所述检测装置先用于检测每条序列的位置信息和碱基排序，再用于检测每条序列结合靶标的能力，从而找出与靶标结合的高亲和力核酸适体。

4.如权利要求3所述的方法，其特征...

【技术特征摘要】

1.一种核酸适体单轮筛选的方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(2)所述扩增的方法乳液pcr或液滴数字rcr，所述扩增的次数为一次。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(3)所述高通量测序系统包括测序芯片和检测装置；所述测序芯片用于生成每条序列的dna簇，每个dna簇在芯片上有一个物理位置，当通入靶标溶液后，靶标与每个dna簇进行原位结合表征；所述检测装置先用于检测每条序列的位置信息和碱基排序，再用于检测每条序列结合靶标的能力，从而找出与靶标结合的高亲和力核酸适体。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述测序芯片设有进液口和出液口；当检测装置用于检测每条序列的位置信息和碱基排序时，需向测序芯片通入测序缓冲液，当检测装置用于检测每条序列结合靶标的能力时，需向测序芯片通入含有靶标的结合缓冲液。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述结合缓冲液包括含mg2+的dpbs。

【专利技术属性】
技术研发人员：谭蔚泓，张展豪，罗昭锋，方晓娜，韦达，李晓林，金欢，刘磊，
申请(专利权)人：中国科学院杭州医学研究所，
类型：发明
国别省市：