【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及作物分子育种，特别涉及蚕豆分子育种，具体是指一种可用于蚕豆农艺性状解析的snp位点组合、相关基因芯片及应用。
技术介绍
1、蚕豆是粮、菜、饲、肥兼用的作物，营养价值丰富，具有“养人、养畜、养地”的功能，在农业生产中具有重要地位。当前蚕豆以传统育种为主，对农艺性状的选择主要依赖育种家的经验，不仅工作量大、周期长，对品质性状的选择效率也较低。而传统育种对农艺性状鉴定不够准确，很多与优异、特异农艺性状相关联的变异未能充分挖掘与利用。由于蚕豆巨大的基因组(约13g)，以覆盖10x的测序低标准计算，成本也非常高。因此，蚕豆基因组学发展缓慢，分子育种研究仍然处在起步阶段。品质性状相关联的分子标记十分缺乏，分子育种技术急需创新。
2、液相snp芯片技术将大量的snp探针固定在一张芯片上，将样本dna与芯片杂交，可一次检测样本中成千上万个snp位点。除了具有固相芯片的核苷酸测序、单核苷酸多态性分析等功能外，检测时样本数比较灵活，芯片位点可根据要求调整，可以同时定性、定量分析，结果准确，重复性高。
3、目前，已经有研究者基于蚕豆花、叶、豆等组织的转录组数据开发了蚕豆首个130k液相基因芯片(chenyu wang,rong liu,et.al.development and application of thefaba_bean_130k targeted next-generation sequencing snp genotyping platformbased on transcriptome sequ
4、因此，希望提供一种液相基因芯片，其能够用于蚕豆农艺性状解析，而且检测费用大大降低。
技术实现思路
1、为了克服上述现有技术中的缺点，本专利技术的一个目的在于提供一种可用于蚕豆农艺性状解析的snp位点组合，采用该snp位点组合制备的液相基因芯片能够用于蚕豆农艺性状解析，而且检测费用大大降低，适于大规模推广应用。
2、本专利技术的另一目的在于提供一种液相基因芯片，采用该snp位点组合制备，能够用于蚕豆农艺性状解析，而且检测费用大大降低，适于大规模推广应用。
3、本专利技术的另一目的在于提供一种液相基因芯片在蚕豆农艺性状解析中的应用，用于蚕豆农艺性状解析，而且检测费用大大降低，适于大规模推广应用。
4、为达到以上目的，在本专利技术的第一方面，提供一种可用于蚕豆农艺性状解析的snp位点组合，其特点是，包括12295个snp位点，每个snp位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该snp位点的等位基因变化，所述12295个snp位点的物理位置是基于蚕豆品种hedin/2全基因组序列,所述蚕豆品种hedin/2全基因组序列版本号为211010vfaba splitpseudomolecules hedin v1 plus chlro clean unanchored contigs，所述12295个snp位点的变异信息如下：
5、chr1l_294009451 t/c；chr5_471310160 t/c；chr5_1295725816 t/c；chr1l_1483411365 g/a；chr5_1100148113 t/c；chr3_1298373617 g/a；chr2_856208230 c/t；chr6_1474703929 t/g；chr6_153649430 t/c；chr6_974642224 g/c；chr2_393832994 a/g；chr4_1028683774 a/g；chr4_1001544885 g/a；chr1l_137978646 c/t；chr1s_585768634c/t；chr6_723289044 a/t；chr4_1361218296 g/a；chr2_820197514 t/c；chr5_956761330t/a；chr1l_490542877 c/t；chr5_1341447916 a/g；chr3_581137627 a/g；chr2_892308 a/t；chr1l_26569635 t/c；chr5_1357192661 c/g；chr1s_473121580 t/c；chr4_1564799239c/t；chr2_333091989 g/a；chr1l_319841332 t/a；chr1l_1194290547 t/c；chr1l_1553435059 a/c；chr3_260405038 g/a；chr2_467710233 t/g；chr5_1181241305 t/c；chr6_99920424 a/g；chr1l_1097602406 a/c；chr4_1079227699 c/a；chr4_592210129 a/g；chr5_158039881 a/g；chr4_1254503433 c/t；chr6_882286538 c/a；chr2_995806992 c/a；chr5_1235475464 t/a；chr1s_238501101 t/c；chr2_1190115984 a/t；chr5_878861285t/c；chr1l_747712430 g/t；chr1l_496561808 a/g；chr2_1620069467 c/t；chr5_350491461 a/g；chr3_104865552 g/t；chr4_1177308208 c/g；chr2_471078376 g/a；chr2_1161783010 t/c；chr2_1568835251 t/c；chr1l_290413473 t/c；chr1s_275545452 c/a；chr2_837180772 g/a；chr1l_1766678534 c/t；chr3_269934822 c/a；chr4_1373068327 c/a；chr6_1280127666 a/c；chr1l_863628196 g/a；chr2_1430256478 a/g；chr4_1485577072c/t；chr2_914607309 t/a；chr2_1528981460 t/g；chr1s_424378448 a/g；chr4_339590538g/a；chr3_1612109395 a/c；chr1s_907148522 c/t；chr6_806476519 g/a；chr3_165835554g/a；chr3_401405192 a/g；chr2_1670085096 a/g；chr2_508945828 a/g；chr2_703323967a/c；chr3_1308121081 a/t；chr3_210604681 g/c；chr5_1187057210 g/a；chr1s_307621950 g/c；chr6_110833本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合，其特征在于，包括12295个SNP位点，每个SNP位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该SNP位点的等位基因变化，所述12295个SNP位点的物理位置是基于蚕豆品种Hedin/2全基因组序列,所述蚕豆品种Hedin/2全基因组序列版本号为211010Vfaba split pseudomolecules hedin v1 plus chlro cleanunanchored contigs，所述12295个SNP位点的变异信息如下：
2.根据权利要求1所述的可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合，其特征在于，所述农艺性状包括株高、叶型、叶色、荚型、荚质、种皮颜色、籽粒长度、籽粒宽度、籽粒长宽比、籽粒厚度、籽粒周长、籽粒表面积、百粒重、蛋白质含量、淀粉含量、单宁含量、纤维含量和脂肪含量。
3.一套用于检测如权利要求1所述的可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合的核苷酸探针。
4.一种液相基因芯片，其特征在于，用于检测如权利要求1所述的可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合，含有一套用于检测如权利要
5.根据权利要求1所述的可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合在蚕豆农艺性状解析中的应用。
6.根据权利要求1所述的可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合在制备检测可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合的核苷酸探针中的应用。
7.根据权利要求1所述的可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合在制备可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合的基因芯片中的应用。
8.如权利要求3所述的可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合的核苷酸探针在蚕豆农艺性状解析中的应用。
9.如权利要求3所述的可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合的核苷酸探针在制备可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合的基因芯片中的应用。
10.如权利要求4所述的可用于蚕豆农艺性状解析的SNP位点组合的液相基因芯片在蚕豆农艺性状解析中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种可用于蚕豆农艺性状解析的snp位点组合，其特征在于，包括12295个snp位点，每个snp位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该snp位点的等位基因变化，所述12295个snp位点的物理位置是基于蚕豆品种hedin/2全基因组序列,所述蚕豆品种hedin/2全基因组序列版本号为211010vfaba split pseudomolecules hedin v1 plus chlro cleanunanchored contigs，所述12295个snp位点的变异信息如下：
2.根据权利要求1所述的可用于蚕豆农艺性状解析的snp位点组合，其特征在于，所述农艺性状包括株高、叶型、叶色、荚型、荚质、种皮颜色、籽粒长度、籽粒宽度、籽粒长宽比、籽粒厚度、籽粒周长、籽粒表面积、百粒重、蛋白质含量、淀粉含量、单宁含量、纤维含量和脂肪含量。
3.一套用于检测如权利要求1所述的可用于蚕豆农艺性状解析的snp位点组合的核苷酸探针。
4.一种液相基因芯片，其特征在于，用于检测如...
【专利技术属性】
技术研发人员：赵娜，魏利斌，王学军，缪亚梅，汪凯华，薛冬，王永强，顾春燕，周恩强，李波，
申请(专利权)人：江苏沿江地区农业科学研究所，
类型：发明
国别省市：
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