用于制备用于基因测序的生物样品的系统和方法技术方案

本公开提供了用于制备用于测序(例如，DNA测序，例如第三代测序)的生物样品(例如血浆)的系统、方法和装置。此外，本公开提供了采用这种样品制备技术来鉴定用于检测疾病或病症的生物标志物的各种系统、方法和装置。例如，在某些实施方式中，生物样品制备方法包括用捕获探针捕获无细胞DNA(cfDNA)的片段，将捕获的DNA片段转化为环状DNA，并通过滚环扩增(RCA)扩增环状DNA。特别是，目前发现通过执行该样品制备方法，可以更成功地区分真实改变(例如，异常甲基化状态和/或基因组突变)与技术/测序假象。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】

本专利技术总体上涉及用于鉴定用于检测疾病或病症例如癌症的生物标志物的方法和系统。

技术介绍

1、疾病检测是预防疾病进展、诊断和治疗的重要组成部分。例如，结肠直肠癌(crc)的早期检测已被证明可以通过crc的早期治疗极大地改善crc患者的预后。然而，尽管现有工具可用于筛查和诊断crc和其他癌症，但每年仍有数百万人死于可通过早期干预和检测来治疗的疾病。目前用于筛查和诊断疾病的工具还不够。

2、dna甲基化是一种影响许多细胞过程(包括例如，细胞分化)的控制机制。因此，甲基化失调可能导致疾病，包括癌症。dna甲基化的累积变化(例如，高甲基化或低甲基化)，特别是当变化位于关键基因时，可能会导致癌细胞。如果检测到甲基化状态的这些变化，则可用于预测受试者对发生癌症的易感性，以及癌症和可能的其他疾病的发生或存在。

3、分析给定生物体的全基因组甲基化状态的最常用方法是全基因组亚硫酸氢盐测序(wgbs)。在此方法中，样品dna的单个胞嘧啶的甲基化状态是通过在测序前首先用亚硫酸氢钠处理dna(例如片段形式)来确定的。dna甲基化主要存在于哺乳动物中的cp本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种方法，其包括：

2.如权利要求1所述的方法，其进一步包括从生物样品中提取cfDNA并在用所述一种或多种捕获探针捕获DNA片段的子集之前转化所述cfDNA。

3.如权利要求2所述的方法，其中，转化所述cfDNA包括所述cfDNA的酶处理。

4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中，所述方法包括将对照DNA分子添加至包含cfDNA的DNA片段的样品中，其中所述对照DNA分子的序列、甲基化碱基的数量和未甲基化碱基的数量在将所述对照DNA添加到所述样品中之前已经确定。

5.如权利要求2至4中任一项所述的方法，其中，所述生物样品包含选自由...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】

1.一种方法，其包括：

2.如权利要求1所述的方法，其进一步包括从生物样品中提取cfdna并在用所述一种或多种捕获探针捕获dna片段的子集之前转化所述cfdna。

3.如权利要求2所述的方法，其中，转化所述cfdna包括所述cfdna的酶处理。

4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中，所述方法包括将对照dna分子添加至包含cfdna的dna片段的样品中，其中所述对照dna分子的序列、甲基化碱基的数量和未甲基化碱基的数量在将所述对照dna添加到所述样品中之前已经确定。

5.如权利要求2至4中任一项所述的方法，其中，所述生物样品包含选自由血浆、血液、血清、尿液、粪便和组织组成的组的成员。

6.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述一种或多种捕获探针包括一种或多种甲基化捕获探针和/或一种或多种突变捕获探针。

7.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述一种或多种捕获探针中的至少一种靶向感兴趣基因组中的差异甲基化区域(dmr)。

8.如前述权利要求中任一项所述的方法，其包括通过进行dna环化将捕获的dna片段转化为环状双链dna(dsdna)和/或环状单链dna(ssdna)。

9.如权利要求8所述的方法，其中，所述方法包括将捕获的dna片段转化为环状ssdna，并且所述环状ssdna的一部分与原始cfdna链互补。

10.如前述权利要求中任一项所述的方法，其包括通过进行滚环扩增(rca)来扩增环状dna。

11.如前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括使用扩增的环状d...

【专利技术属性】
技术研发人员：K·克鲁斯马，A·伯托西，P·科纳普，M·曼里克·洛佩兹，
申请(专利权)人：通用诊断股份公司，
类型：发明
国别省市：