【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及测序，具体为一种基于重测序的indel背景分子标记设计方法及应用。
技术介绍
1、作物种质资源的收集、鉴定和评价是保持物种遗传多样性和保障生态平衡的重要措施。dna插入/缺失(insertion/deletion，indel)标记具有带型简单、密度高、容易检测和结果准确等特点，非常适合作为背景分子标记，用于种质资源的遗传鉴定和评价。二代测序(next generation sequence,ngs)又称为重测序，可以在基因组范围内鉴定遗传变异，为育种和作物遗传改良提供了宝贵的信息。综上所述，针对基因组遗传变异，开发相应的背景分子标记，有利于在基因层面对种质资源进行快速鉴定和评价，提高工作效率和减少成本。
2、传统的标记开发是基于一段参考基因组序列进行引物设计。然而，由于缺少个体的遗传变异信息，基于传统方法开发引物具有很大的盲目性，通常需要进行实验验证，且可用性较低。此外，基于遗传变异信息进行标记的开发，需要前期大量的人工筛选和反复确认，这极大的增加了时间和金钱成本。
技术实现思路b>
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【技术保护点】
1.一种基于重测序的InDel背景分子标记设计装置，其特征在于：包括数据预处理模块、变异位点筛选模块、引物设计模块和背景分子标记开发模块。
2.实现权利要求1所述的一种基于重测序的InDel背景分子标记设计装置的方法，其特征在于：设计方法包括以下步骤：
3.根据权利要求2所述的一种基于重测序的InDel背景分子标记设计装置的方法，其特征在于：所述步骤A7中过滤方法如下：
4.根据权利要求2所述的一种基于重测序的InDel背景分子标记设计装置的方法，其特征在于：所述步骤B2标记方法如下：
5.根据权利要求2所述的一种基于重...
【技术特征摘要】
1.一种基于重测序的indel背景分子标记设计装置，其特征在于：包括数据预处理模块、变异位点筛选模块、引物设计模块和背景分子标记开发模块。
2.实现权利要求1所述的一种基于重测序的indel背景分子标记设计装置的方法，其特征在于：设计方法包括以下步骤：
3.根据权利要求2所述的一种基于重测序的indel背景分子标记设计装置的方法，其特征在于：所述步骤a7中过滤方法如下：
4.根据权利要求2所述的一种基于重测序的indel背景分子标记设计装置的方法，其特征在于：所述步骤b2标记方法如下：
5.根据权利要...
【专利技术属性】
技术研发人员：彭歆，刘琦，沈梦圆，赵均良，杨武，甘玉立，
申请(专利权)人：广东省农业科学院水稻研究所，
类型：发明
国别省市：
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