一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法技术

技术编号:41469578 阅读:27 留言:0更新日期:2024-05-30 14:23
本申请涉及医药分析技术领域,具体公开了一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法,包括获取靶向蛋白对应的多个选择性和非选择性抑制剂数据及初始晶体结构,对靶向蛋白进行区域划分及对比分析确定每个区域的关键残基,并基于关键残基得到特定距离数据,根据距离数据构建动力学模拟体系,基于动力学模拟体系进行分子动力学模拟,得到模拟体系在空间和时间上的演变轨迹,根据特定距离数据进行聚类并基于演变轨迹得到聚类数据,基于聚类数据构建马尔科夫模型,根据马尔科夫模型得到具有代表性构象的体系的动态相互作用及抑制机理,确定小分子选择性的来源,减少了蛋白模拟数据可能出现的蛋白灵活区域对数据的影响,提高了分析的准确性和效率。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及医药分析,尤其是涉及一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法


技术介绍

1、近几年,基于马尔可夫模型的采样方法逐渐流行,这种采样方法可以在毫秒级的时间尺度上采样蛋白质动态,为研究者提供了新的工具。msm是一种统计模型,用于描述离散时间随机过程状态之间的转换。在蛋白质动态采样中,马尔可夫模型被用来模拟蛋白质的三维结构变化,以及这些变化与其功能之间的关系。这种方法的关键在于,它能够以一种精确且有效的方式描述蛋白质的动态过程,这对于理解蛋白质的生物活性、药物设计等方面具有重要意义。

2、在传统的蛋白质结构解析方法中,科学家通常只能获取蛋白质的三维结构,而无法获得其动态变化过程。而基于马尔可夫模型(markov state models,msms)的方法,可以模拟蛋白质在连续时间上的动态变化,从而揭示其微观结构和动力学行为。这种方法不仅可以模拟蛋白质在不同环境条件下的行为,还可以模拟蛋白质内部的相互作用和反应机制,为研究蛋白质的功能和作用机制提供了新的手段。

3、目前,在msms分析蛋白模拟数据中,利用了蛋白整体构象的结构数据构建ma本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法,其特征在于,所述对靶向蛋白进行区域划分以及对比分析确定每个区域的关键残基,并基于所述关键残基以确定特定距离数据,包括:

3.根据权利要求1所述的一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法,其特征在于,所述对靶向蛋白进行区域划分以及对比分析确定每个区域的关键残基,并基于所述关键残基以确定特定距离数据,还包括:

4.根据权利要求1所述的一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法,其特征在于,所述根据选择性和非选择性抑制剂数据以及特定距离数据,构建动力学模...

【技术特征摘要】

1.一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法,其特征在于,所述对靶向蛋白进行区域划分以及对比分析确定每个区域的关键残基,并基于所述关键残基以确定特定距离数据,包括:

3.根据权利要求1所述的一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法,其特征在于,所述对靶向蛋白进行区域划分以及对比分析确定每个区域的关键残基,并基于所述关键残基以确定特定距离数据,还包括:

4.根据权利要求1所述的一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法,其特征在于,所述根据选择性和非选择性抑制剂数据以及特定距离数据,构建动力学模拟体系,包括:

5.根据权利要求4所述的一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法,其特征在于,所述对蛋白以及小分子进行预处理,并对预处理后的蛋白和抑制剂相结合的复合结构进行组装,包括:

6.根据权利要求4所述的一种蛋白抑制剂选择性来源的分析方法,其特征在于,...

【专利技术属性】
技术研发人员:刘诗芬程建昕
申请(专利权)人:江西科技师范大学
类型:发明
国别省市:

网友询问留言 已有0条评论
  • 还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。

1