【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于宏基因组分析方法领域，具体涉及一种基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法。
技术介绍
1、随着测序技术的发展，宏基因组学方法在微生物检测方面得到了极大发展，宏基因组分析的一般流程包括：实验设计、样本信息整理、宏基因组测序、去除宿主、基于reads进行分析或基于assemble进行分析。基于reads的物种组成分析工具中，kraken工具与其他类似工具相比，通常表现出更有利的速度、内存占用和准确性，metaphlan2工具采用了可以区分分类群的部分来减少索引的记忆足迹，但会阻止该工具对许多读取进行分类。因此，kraken工具是比较合适的病原体鉴定工具。
2、目前已有报道关于病原菌分析的方法，但尚未发现专门针对环境样品的病原菌识别和分析方法。公布号为cn110964854a的中国专利技术专利公开了用于同时检测七项呼吸道病原体核酸的试剂盒及其应用；公布号为cn111074001a的中国专利技术专利公开了9种呼吸道病原体核酸协同多重pcr检测。这些试剂盒或方法只能用于特异性检测病原体。公开号为cn11585200...
【技术保护点】
1.一种基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法，其特征在于，具体步骤如下：
2.根据权利要求1所述的基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法，其特征在于，所述物种识别工具为Kraken2软件或centrifuge软件。
3.根据权利要求1所述的基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法，其特征在于，所述毒力基因识别采用blast软件和VFDB数据库。
4.根据权利要求1所述的基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法，其特征在于，所述宏基因组组装软件采用megahit软件或Flye软件。
5.根据权利要求1...
【技术特征摘要】
1.一种基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法，其特征在于，具体步骤如下：
2.根据权利要求1所述的基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法，其特征在于，所述物种识别工具为kraken2软件或centrifuge软件。
3.根据权利要求1所述的基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法，其特征在于，所述毒力基因识别采用blast软件和vfdb数据库。
4.根据权利要求1所述的基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法，其特征在于，所述宏基因组组装软件采用megahit软件或flye软件。
5.根据权利要求1所述的基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法，其特征在于，所述第一物种集合和第二物种集合的匹配采用r语言编写脚本实现。
6.根据权利要求1所述的基于毒力基因的环境病原菌高通量识别及定量方法，其特...
【专利技术属性】
技术研发人员：逯慧杰，亓胜春，李丹，俞萍锋，柴文波，汪培良，
申请(专利权)人：浙江大学，
类型：发明
国别省市：
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