本公开提供了用于分析细胞中表观转录组RNA修饰的方法、组合物和系统。本公开还提供了用于分析细胞中一种或多种感兴趣的RNA与RNA结合蛋白之间相互作用的方法(例如，在感兴趣的RNA上引入表观转录组修饰的蛋白质)。本公开还提供了用于诊断受试者的疾病或病症的方法，该方法基于细胞(包括完整组织内的细胞)中表观转录组RNA修饰的分析或RNA结合蛋白与RNA之间相互作用的分析。本公开还提供了筛选或测试能够调节一种或多种RNA的表观转录组修饰或一种或多种RNA与RNA结合蛋白之间的相互作用的候选试剂的方法。本公开还提供了用于治疗有需要的受试者的疾病或病症的方法。本公开还描述了包含可用于进行本文所述方法的寡核苷酸部分的探针对和探针组。另外，本公开提供了包含本文描述的任何探针的试剂盒。
1、细胞rna含有丰富的酶催化修饰化学库(即，表观转录组)(roundtree,i.a.etal.,dynamic rnamodifications in gene expression regulation.cell 169,1187(2017))。模式生物的遗传分析表明，rna修饰酶对于高等真核生物至关重要。此外，rna修饰途径已被确定可以调节细胞命运、器官发育和人类疾病(例如，癌症)(jonkhout,n.et al.,the rna modification landscape in human disease.rna 23,1754(2017)；li,x.etal.,epitranscriptome sequencing technologies:decoding rnamodifications.nature methods 14,23(2017))。然而，对这些表观转录组修饰如何影响复杂生物系统中细胞功能的理解仍然有限。这是因为传统的rna修饰分析依赖于使用批量rna测序或质谱法的数百万个细胞的混合物(li,x.et al.,ep本文档来自技高网...
2.权利要求1所述的方法，其中所述表观转录组RNA修饰是N6-甲基腺苷(m6A)、N1-甲基腺苷(m1A)、假尿苷、N6,2’-O-二甲基腺苷(m6A)、7-甲基鸟苷(m7G)、N4-乙酰胞苷(ac4C)、2’-O-甲基化(Nm)或5-甲基胞嘧啶(m5C)。
>5.权利要求1-4...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.用于分析细胞中表观转录组rna修饰的方法，所述方法包括：
2.权利要求1所述的方法，其中所述表观转录组rna修饰是n6-甲基腺苷(m6a)、n1-甲基腺苷(m1a)、假尿苷、n6,2’-o-二甲基腺苷(m6a)、7-甲基鸟苷(m7g)、n4-乙酰胞苷(ac4c)、2’-o-甲基化(nm)或5-甲基胞嘧啶(m5c)。
3.权利要求1所述的方法，其中所述表观转录组rna修饰是n6-甲基腺苷(m6a)。
4.权利要求1-3中任一项所述的方法，其中识别所述表观转录组rna修饰的所述第二探针的部分包含结合抗体或抗体变体的试剂。
5.权利要求1-4中任一项所述的方法，其中识别所述表观转录组rna修饰的所述第二探针的部分包含蛋白质。
6.权利要求5所述的方法，其中所述蛋白质包含papg。
7.权利要求6所述的方法，其进一步包括使所述细胞与识别表观转录组rna修饰的抗体接触，其中所述识别表观转录组rna修饰的抗体被papg识别并结合。
8.权利要求1-4中任一项所述的方法，其中识别所述表观转录组rna修饰的所述第二探针的部分包含抗体或抗体变体。
9.权利要求8所述的方法，其中所述抗体是二抗。
10.权利要求9所述的方法，其进一步包括使所述细胞与一抗接触，所述一抗识别所述表观转录组rna修饰并被所述第二探针的二抗识别。
11.权利要求10所述的方法，其中所述细胞在与所述一个或多个探针对接触之前与所述一抗接触。
12.权利要求10或11所述的方法，其中所述一抗是抗m6a抗体、抗m1a抗体、抗假尿苷抗体、抗m6am抗体、抗m7g抗体、抗ac4c抗体、抗nm抗体或抗m5c抗体。
13.权利要求1-12中任一项所述的方法，其中识别所述表观转录组rna修饰的所述第二探针的部分包含直接结合所述表观转录组rna修饰的试剂。
14.权利要求13所述的方法，其中所述直接结合所述表观转录组rna修饰的试剂包含蛋白质。
15.权利要求14所述的方法，其中所述蛋白质是m6a特异性yth结构域蛋白。
16.权利要求13所述的方法，其中所述直接结合所述表观转录组rna修饰的试剂包含抗体或抗体变体。
17.权利要求1-16中任一项所述的方法，其中所述第二探针还包含聚合阻断剂。
18.权利要求17所述的方法，其中所述聚合阻断剂位于第二探针的3’末端。
19.权利要求17或18所述的方法，其中所述聚合阻断剂包含反向核酸残基。
20.权利要求19所述的方法，其中所述反向核酸残基是反向胸腺嘧啶残基。
21.权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述第一探针的寡核苷酸条形码序列的长度为约1-10、约2-9、约3-8、约4-7或约5-6个核苷酸。
22.权利要求1-21中任一项所述的方法，其中所述第一探针的寡核苷酸条形码序列的长度为约1、约2、约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9或约10个核苷酸。
23.权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸探针和所述第三寡核苷酸探针与所述感兴趣的rna的不同部分互补。
24.权利要求1-23中任一项所述的方法，其中所述第一探针包含以下结构:
25.权利要求1-24中任一项所述的方法，其中与所述第二探针的一部分互补的所述第一探针的部分的长度为4-20、5-19、6-18、7-17、8-14或11-13个核苷酸。
26.权利要求1-25中任一项所述的方法，其中与所述第二探针的一部分互补的所述第一探针的部分的长度为4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸。
27.权利要求1-26中任一项所述的方法，其中与所述第二探针的一部分互补的所述第一探针的部分在所述第一探针的5’末端和3’末端之间分裂。
28.权利要求1-27中任一项所述的方法，其中与所述第三探针的一部分互补的所述第一探针的部分的长度为5-15、6-14、7-13、8-12或9-11个核苷酸。
29.权利要求1-28中任一项所述的方法，其中与所述第三探针的一部分互补的所述第一探针的部分的长度为5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个核苷酸。
30.权利要求1-29中任一项所述的方法，其中与所述感兴趣的rna互补的所述第一探针的部分的长度为10-30、11-29、12-28、13-27、14-26、15-25、16-24、17-23、18-22或19-21个核苷酸。
31.权利要求1-30中任一项所述的方法，其中与所述感兴趣的rna互补的所述第一探针的部分的长度为10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。
32.权利要求1-31中任一项所述的方法，其中所述第二探针包含以下结构：
33.权利要求1-32中任一项所述的方法，其中与所述第一探针的一部分互补的所述第二探针的部分的长度为4-20、5-19、6-18、7-17、8-16、9-15、10-14或11-13个核苷酸。
34.权利要求1-33中任一项所述的方法，其中与所述第一探针的一部分互补的所述第二探针的部分的长度为4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸。
35.权利要求1-34中任一项所述的方法，其中所述第三探针包含以下结构：
36.权利要求1-35中任一项所述的方法，其中与所述感兴趣的rna互补的所述第三探针的部分的长度为10-30、11-29、12-28、13-27、14-26、15-25、16-24、17-23、18-22或19-21个核苷酸。
37.权利要求1-36中任一项所述的方法，其中与所述感兴趣的rna互补的所述第三探针的部分的长度为10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。
38.权利要求1-37中任一项所述的方法，其中与所述第一探针的一部分互补的所述第三探针的部分的长度为5-15、6-14、7-13、8-12或9-11个核苷酸。
39.权利要求1-38中任一项所述的方法，其中与所述第一探针的一部分互补的所述第三探针的部分的长度为5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个核苷酸。
40.用于分析细胞中表观转录组rna修饰的方法，所述方法包括：
41.权利要求40所述的方法，其中所述表观转录组rna修饰是n6-甲基腺苷(m6a)、n1-甲基腺苷(m1a)、假尿苷、n6,2’-o-二甲基腺苷(m6a)、7-甲基鸟苷(m7g)、n4-乙酰胞苷(ac4c)、2’-o-甲基化(nm)或5-甲基胞嘧啶(m5c)。
42.权利要求41所述的方法，其中所述表观转录组rna修饰是n6-甲基腺苷(m6a)。
43.权利要求40-42中任一项所述的方法，其中识别所述表观转录组rna修饰的所述第二探针的部分包含结合抗体或抗体变体的试剂。
44.权利要求40-43中任一项所述的方法，其中识别所述表观转录组rna修饰的所述第二探针的部分包含蛋白质。
45.权利要求44所述的方法，其中所述蛋白质包含papg。
46.权利要求45所述的方法，其进一步包括使所述细胞与识别表观转录组rna修饰的抗体接触，其中所述识别表观转录组rna修饰的抗体被papg识别并结合。
47.权利要求40-46中任一项所述的方法，其中识别所述表观转录组rna修饰的所述第二探针的部分包含抗体或抗体变体。
48.权利要求47所述的方法，其中所述抗体是二抗。
49.权利要求48所述的方法，其进一步包括使所述细胞与一抗接触，所述一抗识别所述表观转录组rna修饰并被所述第二探针的二抗识别。
50.权利要求49所述的方法，其中所述细胞在与所述一个或多个探针对接触之前与所述一抗接触。
51.权利要求49或50所述的方法，其中所述一抗是抗m6a抗体、抗m1a抗体、抗假尿苷抗体、抗m6am抗体、抗m7g抗体、抗ac4c抗体、抗nm抗体或抗m5c抗体。
52.权利要求40-42中任一项所述的方法，其中识别所述表观转录组rna修饰的所述第二探针的部分包含直接结合所述表观转录组rna修饰的试剂。
53.权利要求52所述的方法，其中所述直接结合所述表观转录组rna修饰的试剂包含蛋白质。
54.权利要求53所述的方法，其中所述蛋白质是m6a特异性yth结构域蛋白。
55.权利要求52所述的方法，其中所述结合所述表观转录组rna修饰的试剂包含抗体或抗体变体。
56.权利要求40-55中任一项所述的方法，其中与所述第二探针互补的所述第一探针的寡核苷酸部分的长度为约3-20、约4-19、约5-18、约6-17、约7-16、约8-15、约9-14、约10-13或约11-12个核苷酸。
57.权利要求40-56中任一项所述的方法，其中与所述第二探针互补的所述第一探针的寡核苷酸部分的长度为约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9、约10个、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19或约20个核苷酸。
58.权利要求40-57中任一项所述的方法，其中与所述第二探针互补的所述第一探针的寡核苷酸部分在所述第一探针的5’末端和3’末端之间分裂。
59.权利要求40-58中任一项所述的方法，其中与所述感兴趣的rna互补的所述第一探针的寡核苷酸部分的长度为约10-30、约11-29、约12-28、约13-27、约14-26、约15-25、约16-24、约17-23、约18-22或约19-21个核苷酸。
60.权利要求40-59中任一项所述的方法，其中与所述感兴趣的rna互补的所述第一探针的寡核苷酸部分的长度为约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29、约30或多于30个核苷酸。
61.权利要求40-60中任一项所述的方法，其中所述第一探针的寡核苷酸条形码序列的长度为约1-10、约2-9、约3-8、约4-7或约5-6个核苷酸。
62.权利要求40-61中任一项所述的方法，其中所述第一探针的寡核苷酸条形码序列的长度为约1、约2、约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9或约10个核苷酸。
63.权利要求40-62中任一项所述的方法，其中所述第一探针和所述第二探针的每个部分通过任选的接头连接。
64.权利要求63所述的方法，其中所述任选的接头的每个实例独立地为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸长。
65.权利要求40-64中任一项所述的方法，其中所述第一探针包含以下结构：
66.权利要求40-65中任一项所述的方法，其中所述第二探针包括以下结构：
67.权利要求40-66中任一项所述的方法，其中所述第一探针和所述第二探针的寡核苷酸部分包含dna。
68.权利要求1-67中任一项所述的方法，其中所述感兴趣的rna是信使rna(mrna)、转运rna(trna)或核糖体rna(rrna)。
69.权利要求1-68中任一项所述的方法，其中表观转录组rna修饰在多个细胞中同时进行分析。
70.权利要求69所述的方法，其中所述表观转录组rna修饰在超过10个细胞、超过20个细胞、超过50个细胞、超过100个细胞、超过200个细胞、超过300个细胞、超过400个细胞、超过500个细胞或超过1000个细胞中同时进行分析。
71.权利要求70所述的方法，其中所述细胞包含多种细胞类型。
72.权利要求71所述的方法，其中所述细胞类型选自由以下组成的组：干细胞、祖细胞、神经元细胞、星形胶质细胞、树突细胞、内皮细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞、肌肉细胞、心肌细胞、间充质细胞、上皮细胞、免疫细胞、肝细胞、平滑肌和骨骼肌细胞、造血细胞、淋巴细胞、单核细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、自然杀伤细胞、肥大细胞、脂肪细胞和神经元。
73.权利要求1-72中任一项所述的方法，其中所述细胞存在于完整组织内。
74.权利要求73所述的方法，其中所述完整组织是固定的组织样品。
75.权利要求73或74所述的方法，其中所述组织是上皮组织、结缔组织、肌肉组织或神经组织。
76.权利要求1-75中任一项所述的方法，其中同时分析超过1个、超过2个、超过3个、超过4个、超过5个、超过10个、超过20个、超过30个、超过40个、超过50个、超过100个、超过200个、超过500个、超过1000个、超过2000个或超过3000个rna的表观转录组。
77.权利要求1-76中任一项所述的方法，其中多种不同的表观转录组修饰在所述细胞中同时进行分析。
78.权利要求1-77中任一项所述的方法，其中所述第一探针的寡核苷酸条形码序列是用于鉴定感兴趣的rna的基因特异性序列。
79.权利要求1-78中任一项所述的方法，其中所述测序步骤包括进行通过动态退火和连接的误差减少的测序(sedal)。
80.权利要求1-79中任一项所述的方法，其中所述测序步骤重复两次、三次、四次、五次或多于五次。
81.权利要求1-80中任一项所述的方法，其中所述聚合物基质是水凝胶。
82.权利要求81所述的方法，其中所述水凝胶是聚乙烯醇水凝胶、聚乙二醇水凝胶、聚丙烯酸酯水凝胶或聚丙烯酰胺水凝胶。
83.权利要求1-82中任一项所述的方法，其中进行滚环扩增的所述步骤进一步包括提供胺修饰的核苷酸，其中将所述胺修饰的核苷酸掺入所述一个或多个串联的扩增子中。
84.权利要求83所述的方法，其中将所述一个或多个串联的扩增子嵌入所述聚合物基质中的步骤包括使所述一个或多个扩增子的胺修饰的核苷酸与丙烯酸n-羟基丁二酰亚胺酯反应并使所述一个或多个串联的扩增子与所述聚合物基质共聚。
85.权利要求1-84中任一项所述的方法，其进一步包括分析所述细胞内的另外的分子。
86.权利要求85所述的方法，其中所述另外的分子是未修饰的rna、dna、蛋白质、碳水化合物或脂质。
87.权利要求85或86所述的方法，其中所述另外的分子是未修饰的rna。
88.权利要求87所述的方法，其中所述未修饰的rna通过以下方式进行分析：
89.权利要求1-88中任一项所述的方法，其进一步包括通过将细胞的表观转录组rna修饰分析与包含各种细胞类型的表观转录组rna修饰分析的参考数据进行比较来确定所述被分析的细胞的细胞类型。
90.权利要求1-89中任一项所述的方法，其进一步包括过表达或敲除所述细胞中的一个或多个基因以确定所述一个或多个基因是否参与所述感兴趣的rna的表观转录组修饰。
91.权利要求1-90中任一项所述的方法，其进一步包括在多个时间点的重复步骤(a)-(e)以分析所述细胞中随时间的表观转录组rna修饰。
92.用于分析细胞中rna结合蛋白与一种或多种感兴趣的rna之间的相互作用的方法，所述方法包括：
93.权利要求92所述的方法，其中所述rna结合蛋白包含yth家族蛋白(例如，ythdf1、ythdf2、ythdf3、ythdc1或ythdc2)、igf2bp家族蛋白(例如，igf2bp1、igf2bp2或igf2bp3)或fmr1。
94.权利要求92或93所述的方法，其中识别所述rna结合蛋白的所述第二探针的部分包含结合抗体或抗体变体的试剂。
95.权利要求92-94中任一项所述的方法，其中识别所述rna结合蛋白的所述第二探针的部分包含蛋白质。
96.权利要求95所述的方法，其进一步包括使所述细胞与识别rna结合蛋白的抗体接触，其中所述识别rna结合蛋白的抗体被所述蛋白质识别并结合。
97.权利要求92-94中任一项所述的方法，其中识别所述rna结合蛋白的所述第二探针的部分包含抗体或抗体变体。
98.权利要求97所述的方法，其中所述抗体是二抗。
99.权利要求98所述的方法，其进一步包括使所述细胞与一抗接触，所述一抗识别所述rna结合蛋白并被所述第二探针的二抗识别。
100.权利要求99所述的方法，其中所述细胞在与所述一个或多个探针对接触之前与所述一抗接触。
101.权利要求92-100中任一项所述的方法，其中识别所述rna结合蛋白的所述第二探针的部分包含直接结合所述rna结合蛋白的试剂。
102.权利要求101所述的方法，其中所述直接结合所述rna结合蛋白的试剂包含蛋白质。
103.权利要求101所述的方法，其中所述直接结合所述rna结合蛋白的试剂包含抗体或抗体变体。
104.权利要求92-103中任一项所述的方法，其中所述第二探针还包含聚合阻断剂。
105.权利要求104所述的方法，其中所述聚合阻断剂位于第二探针的3’末端。
106.权利要求104或105所述的方法，其中所述聚合阻断剂包含反向核酸残基。
107.权利要求106所述的方法，其中所述反向核酸残基是反向胸腺嘧啶残基。
108.权利要求92-107中任一项所述的方法，其中所述第一探针的寡核苷酸条形码序列的长度为约1-10、约2-9、约3-8、约4-7或约5-6个核苷酸。
109.权利要求92-108中任一项的方法，其中所述第一探针的寡核苷酸条形码的长度为约1、约2、约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9或约10个核苷酸。
110.权利要求92-109中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸探针和第三寡核苷酸探针与所述感兴趣的rna的不同部分互补。
111.权利要求92-110中任一项所述的方法，其中所述第一探针包含以下结构：
112.权利要求92-111中任一项所述的方法，其中与所述第二探针的一部分互补的所述第一探针的部分的长度为4-20、5-19、6-18、7-17、8-16、9-15、10-14或11-13个核苷酸。
113.权利要求92-112中任一项所述的方法，其中与所述第二探针的一部分互补的所述第一探针的部分的长度为4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸。
114.权利要求92-113中任一项所述的方法，其中与所述第二探针的一部分互补的所述第一探针的部分在所述第一探针的5’末端和3’末端之间分裂。
115.权利要求92-114中任一项的方法，其中与所述第三探针的一部分互补的所述第一探针的部分的长度为5-15、6-14、7-13、8-12或9-11个核苷酸。
116.权利要求92-115中任一项的方法，其中与所述第三探针的一部分互补的所述第一探针的部分的长度为5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个核苷酸。
117.权利要求92-116中任一项所述的方法，其中与所述感兴趣的rna互补的所述第一探针的部分的长度为10-30、11-29、12-28、13-27、14-26、15-25、16-24、17-23、18-22或19-21个核苷酸。
118.权利要求92-117中任一项所述的方法，其中与所述感兴趣的rna互补的所述第一探针的部分的长度为10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。
119.权利要求92-118中任一项所述的方法，其中所述第二探针包含以下结构：
120.权利要求92-119中任一项所述的方法，其中与所述第一探针的一部分互补的所述第二探针的部分的长度为4-20、5-19、6-18、7-17、8-16、9-15、10-14或11-13个核苷酸。
121.权利要求92-120中任一项所述的方法，其中与所述第一探针的一部分互补的所述第二探针的部分的长度为4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核苷酸。
122.权利要求92-121中任一项所述的方法，其中所述第三探针包含以下结构：
123.权利要求92-122中任一项所述的方法，其中与所述感兴趣的rna互补的所述第三探针的部分的长度为10-30、11-29、12-28、13-27、14-26、15-25、16-24、17-23、18-22或19-21个核苷酸。
124.权利要求92-123中任一项所述的方法，其中与所述感兴趣的rna互补的所述第三探针的部分的长度为10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。
125.权利要求92-124中任一项所述的方法，其中与所述第一探针的一部分互补的所述第三探针的部分的长度为5-15、6-14、7-13、8-12或9-11个核苷酸。
126.权利要求92-125中任一项所述的方法，其中与所述第一探针的一部分互补的所述第三探针的部分的长度为5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个核苷酸。
127.权利要求92-126中任一项所述的方法，其中所述感兴趣的rna是信使rna(mrna)、转运rna(trna)或核糖体rna(rrna)。
128.权利要求92-127中任一项所述的方法，其中rna结合蛋白和感兴趣的rna之间的相互作用在多个细胞中同时进行分析。
129.权利要求128所述的方法，其中rna结合蛋白和感兴趣的rna之间的相互作用在超过10个细胞、超过20个细胞、超过50个细胞、超过100个细胞、超过200个细胞、超过300个细胞、超过400个细胞、超过500个细胞或超过1000个细胞中同时进行分析。
130.权利要求129所述的方法，其中所述细胞包含多种细胞类型。
131.权利要求130所述的方法，其中所述细胞类型选自由以下组成的组：干细胞、祖细胞、神经元细胞、星形胶质细胞、树突细胞、内皮细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞、肌肉细胞、心肌细胞、间充质细胞、上皮细胞、免疫细胞、肝细胞、平滑肌和骨骼肌细胞、造血细胞、淋巴细胞、单核细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、自然杀伤细胞、肥大细胞、脂肪细胞和神经元。
132.权利要求92-131中任一项所述的方法，其中所述细胞存在于完整组织内。
133.权利要求132所述的方法，其中所述完整组织是固定的组织样品。
134.权利要求132或133所述的方法，其中所述组织是上皮组织、结缔组织、肌肉组织或神经组织。
135.权利要求92-134中任一项所述的方法，其中同时分析rna结合蛋白与超过1个、超过2个、超过3个、超过4个、超过5个、超过10个、超过20个、超过30个、超过40个、超过50个、超过100个、超过200个、超过500个、超过1000个、超过2000个或超过3000个感兴趣的rna之间的相互作用。
136.权利要求92-135中任一项所述的方法，其中rna结合蛋白和感兴趣的rna之间的多种不同的相互作用在所述细胞中同时进行分析。
137.权利要求92-136中任一项所述的方法，其中所述第一探针的寡核苷酸条形码序列是用于鉴定感兴趣的rna的基因特异性序列。
138.权利要求92-137中任一项所述的方法，其中所述测序步骤包括进行通过动态退火和连接的误差减少的测序(sedal)。
139.权利要求92-138中任一项所述的方法，其中所述测序步骤重复两次、三次、四次、五次或多于五次。
140.权利要求92-139中任一项所述的方法，其中所述聚合物基质是水凝胶。
141.权利要求140所述的方法，其中所述水凝胶是聚乙烯醇水凝胶、聚乙二醇水凝胶、聚丙烯酸酯水凝胶或聚丙烯酰胺水凝胶。
142.权利要求92-141中任一项所述的方法，其中进行滚环扩增的所述步骤进一步包括提供胺修饰的核苷酸，其中将所述胺修饰的核苷酸掺入所述一个或多个串联的扩增子中。
143.权利要求142所述的方法，其中将所述一个或多个串联的扩增子嵌入所述聚合物基质中的步骤包括使所述一个或多个扩增子的胺修饰的核苷酸与丙烯酸n-羟基丁二酰亚胺酯反应并使所述一个或多个串联的扩增子与所述聚合物基质共聚。
144.权利要求92-143中任一项所述的方法，其进一步包括分析所述细胞内另外的分子。
145.权利要求144所述的方法，其中所述另外的分子是rna、dna、蛋白质、碳水化合物或脂质。
146.权利要求92-145中任一项所述的方法，其进一步包括通过将细胞的rna-rbp相互作用分析与包含各种细胞类型的rna-rbp分析的参考数据进行比较来确定所述被分析的细胞的细胞类型。
147.用于诊断受试者的疾病或病症的方法，所述方法包括：
148.用于诊断受试者的疾病或病症的方法，所述方法包括：
149.用于诊断受试者的疾病或病症的方法，所述方法包括：
150.权利要求147-149中任何一项所述的方法，其中所述一种或多种非患病细胞中的所述表观转录组rna修饰，或所述一种或多种非患病细胞中的所述rna与rna结合蛋白之间的相互作用，作为对照实验与取自所述受试者的细胞一起进行分析。
151.权利要求147-149中任一项所述的方法，其中所述一种或多种非患病细胞中的所述表观转录组rna修饰的分析，或所述一种或多种非患病细胞中的所述rna与rna结合蛋白之间的相互作用的分析包含参考数据。
152.权利要求147或148所述的方法，其中所述表观转录组rna修饰是n6-甲基腺苷(m6a)、n1-甲基腺苷(m1a)、假尿苷、n6,2’-o-二甲基腺苷(m6a)、7-甲基鸟苷(m7g)、n4-乙酰胞苷(ac4c)、2’-o-甲基化(nm)或5-甲基胞嘧啶(m5c)。
153.权利要求147或148所述的方法，其中所述表观转录组rna修饰是n6-甲基腺苷(m6a)。
154.权利要求149所述的方法，其中所述rna结合蛋白是yth家族蛋白(例如，ythdf1、ythdf2、ythdf3、ythdc1或ythdc2)、igf2bp家族蛋白(例如，igf2bp1、igf2bp2或igf2bp3)或fmr1。
155.权利要求147-154中任一项所述的方法，其中所述疾病或病症是遗传性疾病、增殖性疾病、炎性疾病、自身免疫性疾病、肝病、脾病、肺病、血液病、神经学疾病、精神疾病、胃肠(gi)道疾病、泌尿生殖系统疾病、感染性疾病、肌肉骨骼疾病、内分泌疾病、代谢紊乱、免疫紊乱、中枢神经系统(cns)紊乱或心血管疾病。
156.权利要求147-155中任一项所述的方法，其中所述细胞存在于组织中。
157.权利要求156所述的方法，其中所述组织是上皮组织、结缔组织、肌肉组织或神经组织。
158.权利要求156或157所述的方法，其中所述组织是取自受试者的组织样品。
159.权利要求158所述的方法，其中所述受试者是非人实验动物。
160.权利要求158所述的方法，其中所述受试者是人。
161.用于筛选能够调节一种或多种rna的表观转录组修饰的试剂的方法，所述方法包括：
162.用于筛选能够调节一种或多种rna的表观转录组修饰的试剂的方法，所述方法包括：
163.用于筛选能够调节rna与rna结合蛋白之间的相互作用的试剂的方法，所述方法包括：
164.权利要求161或162所述的方法，其中所述表观转录组rna修饰是n6-甲基腺苷(m6a)、n1-甲基腺苷(m1a)、假尿苷、n6,2’-o-二甲基腺苷(m6a)、7-甲基鸟苷(m7g)、n4-乙酰胞苷(ac4c)、2’-o-甲基化(nm)或5-甲基胞嘧啶(m5c)。
165.权利要求161或162所述的方法，其中所述表观转录组rna修饰是n6-甲基腺苷(m6a)。
166.权利要求163所述的方法，其中所述rna结合蛋白是yth家族蛋白(例如，ythdf1、ythdf2、ythdf3、ythdc1或ythdc2)、igf2bp家族蛋白(例如，igf2bp1、igf2bp2或igf2bp3)或fmr1。
167.权利要求161-166中任一项所述的方法，其中所述候选试剂是小分子、蛋白质、肽、核酸、脂质或碳水化合物。
168.权利要求161-167中任一项所述的方法，其中所述候选试剂是已知的药物或fda批准的药物。
169.权利要求167或168所述的方法，其中所述蛋白质是抗体或抗体变体。
1...
【专利技术属性】
技术研发人员：王潇，H·曾，J·任，J·田，J·郭，
申请(专利权)人：布罗德研究所股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。