一种基于宏基因组的病原识别方法、装置、介质及产品制造方法及图纸

技术编号:41429266 阅读:22 留言:0更新日期:2024-05-28 20:26
本发明专利技术公开一种基于宏基因组的病原识别方法、装置、介质及产品,涉及基因检测技术领域,通过先对宏基因组样本测序序列进行分类,根据分类结果中确定目标病原,当目标病原所属物种为细菌类病原时,根据细菌类病原、宏基因组样本测序序列、宏基因组比对数据库和细菌分型数据库确定看家基因序列的型别,并基于此确定细菌类病原的型别;当目标病原所属物种为病毒类病原时,根据病毒类病原、宏基因组样本测序序列、宏基因组比对数据库中和病毒分型数据库获取的所有第一基因组序列,并基于此确定病毒类病原的型别,能够对病原进行精准分型,提高了病原的识别精度。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因检测,特别是涉及一种基于宏基因组的病原识别方法、装置、介质及产品


技术介绍

1、快速准确识别致病病原是应对新突发传染病的重要前提。基于高通量测序的宏基因组方法识别病原作为一种新兴的技术,可以检测样本中所有物种的核酸序列,并可对病原的耐药、毒力、分子分型和系统发育等进行分析,在传染病病原检测、监测和溯源中具有广阔的应用前景。

2、现有宏基因组分类软件仅对物种序列数目进行统计,难以对病原进行精准分型,进而无法准确识别病原。


技术实现思路

1、本专利技术的目的是提供一种基于宏基因组的病原识别方法、装置、介质及产品,可对病原进行精准分型,进而提高病原的识别精度。

2、为实现上述目的,本专利技术提供了如下方案:

3、第一方面,本专利技术提供了一种基于宏基因组的病原识别方法,包括:

4、获取宏基因组样本测序序列,其中,所述宏基因组样本测序序列为环境样品中所有生物对应的测序碱基序列的集合;

5、根据宏基因组比对数据库对所述宏基因组样本测序序列进本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于宏基因组的病原识别方法,其特征在于,所述病原识别方法包括:

2.根据权利要求1所述的一种基于宏基因组的病原识别方法,其特征在于,根据宏基因组比对数据库对所述宏基因组样本测序序列进行分类,获得物种分类表,具体包括:

3.根据权利要求1所述的一种基于宏基因组的病原识别方法,其特征在于,所述覆盖情况的确定过程,具体包括:

4.根据权利要求1所述的一种基于宏基因组的病原识别方法,其特征在于,根据所述宏基因组样本测序序列和所述看家基因序列确定所述细菌类病原的型别,具体包括:

5.根据权利要求1所述的一种基于宏基因组的病原识别方法,其特征在...

【技术特征摘要】

1.一种基于宏基因组的病原识别方法,其特征在于,所述病原识别方法包括:

2.根据权利要求1所述的一种基于宏基因组的病原识别方法,其特征在于,根据宏基因组比对数据库对所述宏基因组样本测序序列进行分类,获得物种分类表,具体包括:

3.根据权利要求1所述的一种基于宏基因组的病原识别方法,其特征在于,所述覆盖情况的确定过程,具体包括:

4.根据权利要求1所述的一种基于宏基因组的病原识别方法,其特征在于,根据所述宏基因组样本测序序列和所述看家基因序列确定所述细菌类病原的型别,具体包括:

5.根据权利要求1所述的一种基于宏基因组的病原识别方法,其特征在于,所述病原识别方法还包括:

6.根据权利要求2所述的一种基于宏基因组的病原识别方法...

【专利技术属性】
技术研发人员:李沛翰宋宏彬李鹏杨俊涛杨晔宏王凯英李瑾慧杨朗刘宇奇
申请(专利权)人:中国人民解放军疾病预防控制中心
类型:发明
国别省市:

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