【技术实现步骤摘要】
本公开涉及诊断试剂，尤其涉及一种用于人类免疫缺陷病毒基因型别鉴定的引物及其试剂盒及应用。
技术介绍
1、艾滋病，即获得性免疫缺陷综合征(acquired immunodeficiency syndrome，aids)，其病原体为人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，hiv)，亦称艾滋病病毒。aids是影响公众健康的重要公共卫生问题之一。hiv是一种变异性很强的病毒，迄今为止，全球流行的hiv根据血清学反应和病毒核酸序列测定可分为两个基因型，hiv-1型和hiv-2型。在hiv-1型内，根据编码包膜蛋白的env基因和编码壳蛋白的gag基因序列的同源性又进一步分为三个组，m组(main即主要组)、o组(outline即外围组)和n组(new，ornon-m，non-o新组或非m非o组)，m组内又可分为a-j 10个亚型，不同亚型之间又会出现融合亚型。我国以hiv-1型为主要流行株，已发现有a、b(欧美b)、b′(泰国b)、c、d、f、g、h、j和k10个亚型，同时还存在其它crf07_bc、crf01_ae、crf08_bc等重组型。
2、不同基因型的hiv病毒的传播流行、治疗效果以及疫苗开发都存在极大的差异，因此了解hiv分型的分子流行病学，对于追踪hiv的传播、了解全球各区域hiv分布特点、抗病毒治疗和疫苗开发等方便具有较强的指导意义。
3、目前对于检测基型别的方法主要分以下几种：
4、1)pcr+荧光探针法：该法主要利用实时荧光定量pcr技术，根据不同基
5、2)pcr+熔解曲线法：该方法主要利用熔解曲线技术，根据不同基因型的序列信息设计特异性引物，加入荧光染料或特异性分子信标，通过不同pcr产物不同解链温度形成熔解曲线峰，对不同峰值差异分析实现对相应基因型的鉴定。该法优点：可提升检测型别数量、简便快速，缺点：熔解曲线峰存在波动导致检测结果不稳定。
6、3)pcr+sanger测序法：该方法根据不同基因型的序列信息设计通用引物，经过pcr后进行琼脂糖凝胶电泳检测，pcr产物纯化后进行sanger测序并得到基因型别信息。该法优点：可以实现大量型别鉴定、成本低，缺点：开盖存在污染风险、无法鉴定混合感染的基因型。
7、ngs(next-generation"sequencing technology)又称高通量测序，是相对于sanger测序技术而言。能够一次并行对大量核酸分子进行平行序列测定的技术，通常一次测序反应能产出不低于100mb的测序数据，其特点在于一次对几十万到几百万条dna分子进行序列测定，在于分型应用上可以解决分型通量不足、常规无法区分混合感染等问题。
技术实现思路
1、以下是对本文详细描述的主题的概述。本概述并非是为了限制权利要求的保护范围。
2、本公开实施例提供了一种用于人类免疫缺陷病毒核酸检测的引物，所述引物针对人类免疫缺陷病毒hiv-1基因组保守区进行设计，其中，所述引物的3’端的至少3个碱基与hiv-1基因组保守区完全互补，所述引物的剩余序列与hiv-1基因组保守区具有≥70％的一致性，所述引物的tm值为58℃-62℃，所述引物的5’端自由能高于3’端自由能，所述引物包括0-3个发卡结构。
3、在一些示例性实施方式中，所述引物的tm值为约60℃。
4、在一些示例性实施方式中，所述引物的5’端或中间位置允许存在针对所述hiv-1基因组保守区突变的序列。
5、在一些示例性实施方式中，所述hiv-1基因组保守区为gag、pol或ltr基因组保守区。
6、在一些示例性实施方式中，所述引物的上游引物f的长度为17-23个碱基；所述引物的下游引物r的长度为20-25个碱基。
7、在一些示例性实施方式中，针对gag基因组保守区设计的上下游引物的序列分别在seq id no.1、seq id no.2中列出；针对pol基因组保守区设计的上下游引物的序列分别在seq id no.3、seq id no.4中列出；针对ltr基因组保守区设计的上下游引物的序列分别在seq id no.5、seq id no.6中列出。
8、在一些示例性实施方式中，扩增子长度80-400bp，且扩增子为hiv-1基因不保守区域。
9、在一些示例性实施方式中，上述各区测序引物在型别检测时可任选其一进行使用。
10、在一些示例性实施方式中，可同时检测混合感染的hiv-1基因。
11、本公开实施例提供了一种用于人类免疫缺陷病毒核酸检测的试剂盒，所述试剂盒包括上述引物。
12、在一些示例性实施方式中，所述试剂盒还包括内标以及pcr增强剂。
13、本公开实施例提供了上述引物、或上述试剂盒在临床诊断中的应用。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种用于人类免疫缺陷病毒基因型别检测的引物，所述引物针对人类免疫缺陷病毒HIV-1基因组保守区进行设计，其中，所述引物的3’端的至少3个碱基与HIV-1基因组保守区完全互补，所述引物的剩余序列与HIV-1基因组保守区具有≥70％的一致性；并且所述引物具有以下特性中的一种或多种：
2.根据权利要求1所述的引物，其中，所述引物的Tm值为约60℃。
3.根据权利要求1所述的引物，其中，所述引物的5’端或中间位置允许存在针对所述HIV-1基因组保守区突变的序列。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的引物，其中，所述HIV-1基因组保守区为GAG、POL或LTR基因组保守区。
5.根据权利要求4所述的引物，其中，所述引物的上游引物F的长度为17-23个碱基；所述引物的下游引物R的长度为20-25个碱基。
6.根据权利要求5所述的引物，其中，针对GAG基因组保守区设计的上下游引物的序列分别在SEQ ID No.1、SEQ ID No.2中列出；针对POL基因组保守区设计的上下游引物的序列分别在SEQ ID No.3、SEQ ID
7.一种用于人类免疫缺陷病毒基因型别检测的试剂盒，所述试剂盒包括权利要求1至6中任一项所述的引物。
8.根据权利要求7所述的试剂盒，其中，所述试剂盒还包括内标以及PCR增强剂。
9.权利要求1至6中任一项所述的引物、或7至8中任一项所述的试剂盒在临床诊断中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种用于人类免疫缺陷病毒基因型别检测的引物，所述引物针对人类免疫缺陷病毒hiv-1基因组保守区进行设计，其中，所述引物的3’端的至少3个碱基与hiv-1基因组保守区完全互补，所述引物的剩余序列与hiv-1基因组保守区具有≥70％的一致性；并且所述引物具有以下特性中的一种或多种：
2.根据权利要求1所述的引物，其中，所述引物的tm值为约60℃。
3.根据权利要求1所述的引物，其中，所述引物的5’端或中间位置允许存在针对所述hiv-1基因组保守区突变的序列。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的引物，其中，所述hiv-1基因组保守区为gag、pol或ltr基因组保守区。
5.根据权利要求4所述的引物，其中，所述引物的上游引物f的长度为17-23个碱基；...
【专利技术属性】
技术研发人员：占明明，
申请(专利权)人：京东方科技集团股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。