【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物农业生产，具体涉及一种鉴定不同栽培桑种的分子标记及其鉴定引物和应用。
技术介绍
1、桑树是一种多用途的经济林木。长期以来在传统蚕桑产业中为家蚕提供唯一食物来源，桑树栽培主要为生产蚕茧服务。近年来，桑树资源综合利用兴起，随着桑树开发利用的研究广度不断扩大、研究深度不断提升，桑树资源在多个产业上得到应用，包括生态治理、旅游采摘、果汁果酒加工、药食同源食品等，在多个行业发挥了巨大的市场潜力。
2、目前中国主要的栽培桑种包括广东桑、白桑和鲁桑3个桑种类型，近年来审定的桑树品种有95％以上属于这3个桑种或它们的杂交种。不同桑种类型的来源地存在一定差异，其中广东桑来源于中国南部、白桑/鲁桑主要来源于中国中部和北部。不同桑种在开花时间、开花数量、生物量等都存在较大差异，广东桑开花时间显著早于白桑/鲁桑，广东桑的开花数量、生物量都显著多于白桑/鲁桑。不同桑种间的开花时间的差异导致了雌雄花的花期不遇，从而显著影响了不同桑种间的杂交亲和性。仅从表型上较难判断栽培桑的类型。因此，有必要开发高效稳定的桑种分子标记，对栽培桑种进行准确鉴定，对栽培桑种种植地域的选择和提高育种效率具有重要意义。
3、目前对于桑树品种的鉴定主要集中在ssr分子标记中(cn113637794a、cn115976264a、cn107142324a)，而这些报道的分子标记也仅仅是用于鉴定特定桑树品种，目前还未检索到基于snp分子标记用于鉴别广东桑、白桑和鲁桑桑树品种的报道。
技术实现思路
1、
2、本专利技术提供了一种鉴定不同栽培桑种的分子标记，在核苷酸序列如seq id no:1所示的dna片段上第220位存在单核苷酸突变c/t，同时第229～234位存在indel分子标记，所述indel分子标记为tgccgc。
3、本专利技术提供了一种用于扩增所述分子标记的引物，包括核苷酸序列如seq id no:2所示的正向引物和核苷酸序列如seq id no:3所示的反向引物。
4、本专利技术提供了一种用于鉴定不同栽培桑种的试剂盒，包括所述引物和pcr检测预混液。
5、优选的，包括阳性参考品；
6、所述阳性参考品包括广东桑栽培种的阳性参考品和白桑或鲁桑栽培种的阳性参考品；
7、所述广东桑栽培种的阳性参考品为包含核苷酸序列如seq id no:4所示dna片段的重组载体；
8、所述白桑或鲁桑栽培种的阳性参考品如seq id no:5所示dna片段的重组载体。
9、本专利技术提供了所述分子标记、所述引物或所述试剂盒在鉴定栽培桑种中的应用。
10、优选的，所述栽培桑种包括广东桑、白桑和鲁桑。
11、本专利技术提供了一种快速鉴定栽培桑种的方法，包括以下步骤：
12、提取待测样本的基因组dna；
13、以提取的基因组dna为模板，利用所述引物进行pcr扩增，得到pcr产物；
14、根据所述pcr产物中分子标记的基因型判断待测样本的桑种类型：
15、当所述pcr产物第220位的基因型为cc，同时229-234bp位点为tgccgc时，则待测样本为广东桑栽培种；
16、当所述pcr产物220bp位点的基因型tt，同时229-234bp位点缺失时，则待测样本为白桑或鲁桑栽培种；
17、当出现上述两种情况以外的情况，则待测样本为其他桑种。
18、优选的，所述栽培桑种的种类包括广东桑、白桑栽培种和鲁桑栽培种。
19、优选的，所述pcr扩增的反应体系按25μl计，包含12.5μl 2×taq pcr mix、8.5μl双蒸水、2μl模板、1μl正向引物和1μl反向引物。
20、优选的，所述pcr扩增的反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸20s，30个循环；72℃延伸5min。
21、本专利技术提供了一种鉴定不同栽培桑种的分子标记，在核苷酸序列如seq id no:1所示的dna片段上第220位存在单核苷酸突变c/t，同时第229～234位存在indel分子标记，所述indel分子标记为tgccgc。经过实验验证，当seq id no:1所示的dna片段中第220bp位点的snp分子标记为c且229-234bp位点的indel分子标记为tgccgc时，则桑种类型为广东桑栽培种；当220bp位点的snp分子标记为t且229-234bp位点的indel分子标记片段缺失时，则桑种类型为白桑或鲁桑栽培种。当出现上述两种情况以外的桑种，则为其他桑种。基于所述分子标记鉴定结果的准确率大于90％，为桑种的鉴定提供了快捷、高效、简便的分子标记。
22、本专利技术提供了一种用于扩增所述分子标记的引物，包括核苷酸序列如seq id no:1所示的正向引物和核苷酸序列如seq id no:2所示的反向引物。本专利技术所提供的引物对可用于预测栽培桑树种质资源所属的桑树种类，在样品桑种类型未知的情况下，可通过检测样品中的核苷酸序列，鉴定其属于广东桑还是白/鲁桑，鉴定结果的准确率大于90％，为桑种的鉴定提供了分子鉴定工具。
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1.一种鉴定不同栽培桑种的分子标记，其特征在于，在核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的DNA片段上第220位存在单核苷酸突变C/T，同时第229～234位存在Indel分子标记，所述Indel分子标记为TGCCGC。
2.一种用于扩增权利要求1所述分子标记的引物，其特征在于，包括核苷酸序列如SEQID NO:2所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的反向引物。
3.一种用于鉴定不同栽培桑种的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述引物和PCR检测预混液。
4.根据权利要求3所述试剂盒，其特征在于，包括阳性参考品；
5.权利要求1所述分子标记、权利要求2所述引物或权利要求3或4所述试剂盒在鉴定栽培桑种中的应用。
6.根据权利要求4所述应用，其特征在于，所述栽培桑种包括广东桑、白桑和鲁桑。
7.一种快速鉴定栽培桑种的方法，其特征在于，包括以下步骤：
8.根据权利要求7所述方法，其特征在于，所述栽培桑种的种类包括广东桑、白桑栽培种和鲁桑栽培种。
9.根据权利要求7所述方法，
10.根据权利要求7～9中任意一项所述方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸20s，30个循环；72℃延伸5min。
...【技术特征摘要】
1.一种鉴定不同栽培桑种的分子标记，其特征在于，在核苷酸序列如seq id no:1所示的dna片段上第220位存在单核苷酸突变c/t，同时第229～234位存在indel分子标记，所述indel分子标记为tgccgc。
2.一种用于扩增权利要求1所述分子标记的引物，其特征在于，包括核苷酸序列如seqid no:2所示的正向引物和核苷酸序列如seq id no:3所示的反向引物。
3.一种用于鉴定不同栽培桑种的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述引物和pcr检测预混液。
4.根据权利要求3所述试剂盒，其特征在于，包括阳性参考品；
5.权利要求1所述分子标记、权利要求2所述引物或权利要求3或4所述试剂盒在鉴定栽培桑种中的应...
【专利技术属性】
技术研发人员：戴凡炜，唐翠明，罗国庆，王振江，
申请(专利权)人：广东省农业科学院蚕业与农产品加工研究所，
类型：发明
国别省市：
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