【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于核心种质构建，尤其涉及一种基于snp分子标记构建芒果核心种质的方法。
技术介绍
1、芒果(mangifera indica l.)作为一种重要的热带水果，其种质资源丰富，但传统的种质鉴定方法复杂耗时。随着分子生物学和基因组学的发展，snp分子标记成为了一种有效的种质鉴定和遗传多样性分析工具。
2、fankel和brown于1984年最早提出核心种质(core collection)的概念。认为核心种质是保存的种质资源的一个核心子集，以最少数量的遗传资源最大限度地保存整个资源群体的遗传多样性，同时代表了整个群体的地理分布。因此核心种质可以作为种质资源群体研究和利用的切入点，从而提高整个种质库的管珲和利用水平。一般来讲，核心种质是从现有的种质中按照科学的取样方法与技术，选出约10％样品组成，在一定程度上，代表了某一种及其近缘野生种的形态特征、地理分布、基因与基因型的最大范围的遗传多样性。对于促进种质交流、利用以及基因库管理具有重要的学术和实用意义。近几十年来，核心种质发展迅速，已在多种植物上建立核心种质，特别是近几...
【技术保护点】
1.一种基于SNP分子标记构建芒果核心种质的方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.如权利要求1所述的基于SNP分子标记构建芒果核心种质的方法，其特征在于，收集来自多种不同种类芒果的样本并提取DNA，特征在于，所述的样本提取过程包括破裂细胞膜和核膜，使用生化试剂如酚-氯仿去除蛋白质和其他杂质，以及使用酒精沉淀和洗涤来纯化DNA，以便产生适于后续基因组测序和SNP位点筛选的高质量DNA；
3.如权利要求2所述的基于SNP分子标记构建芒果核心种质的方法，其特征在于，SNP位点的筛选使用生物信息学的方法和工具，包括但不限于使用GATK、SAMtools...
【技术特征摘要】
1.一种基于snp分子标记构建芒果核心种质的方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.如权利要求1所述的基于snp分子标记构建芒果核心种质的方法，其特征在于，收集来自多种不同种类芒果的样本并提取dna，特征在于，所述的样本提取过程包括破裂细胞膜和核膜，使用生化试剂如酚-氯仿去除蛋白质和其他杂质，以及使用酒精沉淀和洗涤来纯化dna，以便产生适于后续基因组测序和snp位点筛选的高质量dna；
3.如权利要求2所述的基于snp分子标记构建芒果核心种质的方法，其特征在于，snp位点的筛选使用生物信息学的方法和工具，包括但不限于使用gatk、samtools软件进行变异检测，以此对基因组数据进行深入的生物信息学分析，以便精确地找出snp位点。
4.如权利要求2所述的基于snp分子标记构建芒果核心种质的方法，其特征在于，构建芒果核心种质包括使用例如最大长度子序列法、遗传算法优化算法在所有样本中选择一部分样本，使得这部分样本的snp位点尽覆盖所有样本的snp位点，以实现在有限数量的种质资源中，包含全部遗传多样性的种质集合，从而为芒果的遗传改良和育种工作提供更全面的基因资源。
5.如权利要求1所述的基于snp分子标记构建芒果核心种质的方法，其特征在于，所述步骤一从不同地理区域收集一定数量的芒果样本，采用标准的dna提取方...
【专利技术属性】
技术研发人员：罗世杏，唐玉娟，黄国弟，冉梦阳，李日旺，赵英，李丽，张宇，
申请(专利权)人：广西壮族自治区亚热带作物研究所广西亚热带农产品加工研究所，
类型：发明
国别省市：
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