【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及计算生物学，具体涉及一种无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法。
技术介绍
1、现在的新药研发市场主要是靠药物分子与受体蛋白质进行亲和力实验，从而初步确定药物分子的效果。但是简单的虚拟筛选+分子对接过于近似，中靶率较低，现有获得蛋白与分子的复合物结构的常用方法是采用分子对接软件对接，都基于经验打分函数的结构搜索，现有的结合自由能计算方法需要有精确的蛋白质-配体复合物结构，且精确的复合物结构非常难以获得。如申请号为cn201911135246.9的专利公开了一种基于渐进式神经网络预测蛋白质与配体结合自由能的方法，将蛋白质与配体的结构信息转变成一维张量，建立训练集、验证集、测试集，利用训练集训练渐进式神经网络，优化寻找超参数进行预测，计算结合自由能与分子对接结果对照，解决了将蛋白质与配体分子的三维结构转变为计算机易于计算的张量、并输入到渐进式神经网络中进行训练与优化的技术问题，进一步加快了计算速率和预测准确。此类方法采用分子对接软件对接获得复合物结构，且计算结合自由能过程非常依赖初始结构，需要有准确的蛋白质-配体复合物结构...
【技术保护点】
1.无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，其特征在于，包括：
2.如权利要求1所述的无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，其特征在于，所述步骤一中的所述WangLandau模拟方法过程中，通过对接软件产生受体蛋白和配体的粗糙结构对接结构，并对所述对接结构进行增强采样得到尽可能多的复合物结构。
3.如权利要求2所述的无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，其特征在于，所述增强采样方法通过算法减弱蛋白质-配体间的相互作用，所述算法的主要公式为式1；
4.如权利要求3所述的无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，其特征...
【技术特征摘要】
1.无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，其特征在于，包括：
2.如权利要求1所述的无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，其特征在于，所述步骤一中的所述wanglandau模拟方法过程中，通过对接软件产生受体蛋白和配体的粗糙结构对接结构，并对所述对接结构进行增强采样得到尽可能多的复合物结构。
3.如权利要求2所述的无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，其特征在于，所述增强采样方法通过算法减弱蛋白质-配体间的相互作用，所述算法的主要公式为式1；
4.如权利要求3所述的无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，其特征在于，在所述步骤一获得分子动力学轨迹之后，得到traj.dcd文件和参数文件，使用mdanalysis模块，读取轨迹文件，并将所有构象的笛卡尔坐标对齐至参考构象。
5.如权利要求1所述的无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，其特征在于，训练所述流模型过程分为两个步骤，...
【专利技术属性】
技术研发人员：付浩浩，卞恒伟，刘煦阳，邵学广，蔡文生，
申请(专利权)人：南开大学，
类型：发明
国别省市：
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