一种基于可靠性筛选的单细胞表达模式差异评估方法、介质和设备技术

技术编号:41279187 阅读:31 留言:0更新日期:2024-05-11 09:30
本发明专利技术公开了一种基于两组比较的单细胞表达模式差异评估方法、介质和设备,涉及生物信息分析技术领域。包括以下步骤:S101,合并对照组和处理组的单细胞转录组表达谱;S102,对合并后的单细胞转录组表达谱中的所有细胞进行分群;S103,对各细胞群进行细胞类型的鉴定;S104,筛选出同时存在于对照组和处理组的细胞类型,并提取其表达谱;S105,计算出该细胞类型的差异富集得分;S106,将所述细胞类型按照差异富集得分从大到小进行排名。本发明专利技术能够评估两组比较下单细胞表达谱差异大小与差异富集程度的确切指标,为科学选择后续研究方向提供依据。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物信息分析,尤其涉及一种基于两组比较的单细胞表达模式差异评估方法、介质和设备。


技术介绍

1、单细胞转录组学、单细胞atac组学(单细胞染色质转座酶可及性的高通量分析)、单细胞表观遗传组学等单细胞层级的测序技术可以获得单个细胞内数千个、数万个基因的rna和染色质信息,全面展示了各个细胞之间的基因表达差异。高通量的单细胞测序平台(如10x genomics的相关平台)利用微流控、油滴包裹和barcode标签等技术,可以实现高通量的细胞分选与捕获,能够一次性分离、并标记数百乃至数万个细胞,经过扩增、测序等处理后可获得每个细胞的转录组或染色质、位点甲基化等信息,具有细胞通量高、建库成本低、效率高等优势。结合不同细胞类型的标志性信号特征(标记基因)或细胞类型标记算法(如singler),该技术可以用于分析不同类型细胞的表达、染色质或甲基化特征,进而用于生物发育、疾病发展、免疫变化等方面的研究。

2、单细胞组学数据的分析通常包含以下步骤:过滤低质量细胞、鉴定细胞类型、初步分析各细胞类型的整体特征或表达模式、选择深入分析的细胞类型、针对目标本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于可靠性筛选的单细胞表达模式差异评估方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的基于可靠性筛选的单细胞表达模式差异评估方法,所述特征表达谱距离的求解方法如下:

3.根据权利要求1所述的基于可靠性筛选的单细胞表达模式差异评估方法,其特征在于,所述距离为欧式距离或曼哈顿距离。

4.根据权利要求1所述的基于可靠性筛选的单细胞表达模式差异评估方法,其特征在于,所述S102中,对细胞进行分群之前对细胞进行归一化和/或PCA降维。

5.根据权利要求1所述的基于可靠性筛选的单细胞表达模式差异评估方法,其特征在于,所述S103中,采...

【技术特征摘要】

1.一种基于可靠性筛选的单细胞表达模式差异评估方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的基于可靠性筛选的单细胞表达模式差异评估方法,所述特征表达谱距离的求解方法如下:

3.根据权利要求1所述的基于可靠性筛选的单细胞表达模式差异评估方法,其特征在于,所述距离为欧式距离或曼哈顿距离。

4.根据权利要求1所述的基于可靠性筛选的单细胞表达模式差异评估方法,其特征在于,所述s102中,对细胞进行分群之前对细胞进行归一化和/或pca降维。

5.根据权利要求1所述的基于可靠性筛选的单细胞表达模式差异评估方法,其特...

【专利技术属性】
技术研发人员:陈哲名
申请(专利权)人:杭州联川生物技术股份有限公司
类型:发明
国别省市:

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